diff --git a/docs/01-tcc.pdf b/docs/01-tcc.pdf index d33f69086398b596b038d977486dfd82f739bfd0..46150242523e7d743ea42aceea976a394d01b812 100644 Binary files a/docs/01-tcc.pdf and b/docs/01-tcc.pdf differ diff --git a/docs/cap03_materiais-e-metodos.Rnw b/docs/cap03_materiais-e-metodos.Rnw index 2be77062c0e0c7a5e0a91bca5c4ecb94ff5921a5..cfd31ea53b6567235251678659f4280e6afde49b 100644 --- a/docs/cap03_materiais-e-metodos.Rnw +++ b/docs/cap03_materiais-e-metodos.Rnw @@ -590,7 +590,7 @@ e inferência dos modelos de regressão COM-Poisson estão disponÃveis, em formato de um pacote R \texttt{tccPackage}, no endereço \url{https://github.com/jreduardo/tccPackage}. No capÃtulo \ref{cap:resultados-e-discussao} destacamos as chamadas de algumas -funções e no apêndice \ref{ap:tccPackage} mostramos o emprego do pacote +funções e no apêndice \ref{capA:codigostcc} mostramos o emprego do pacote na análise de dois conjuntos de dados exibidos no trabalho. \section{Métodos} diff --git a/docs/capA_codigostcc.Rnw b/docs/capA_codigostcc.Rnw new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..edeb700a2024c85923138e666283157b7621b67e --- /dev/null +++ b/docs/capA_codigostcc.Rnw @@ -0,0 +1,98 @@ +% ------------------------------------------------------------------------ +% APÊNDICE A - CÓDIGOS TCC +% ------------------------------------------------------------------------ + +Todos os resultados apresentados são realizados com o \textit{software} +R, cujo códigos para ajuste dos modelos COM-Poisson de efeito fixo, +aleatório e com componente de barreira foram disponibilizados em formato +de pacote no endereço \url{github.com/jreduardo/tccPackage}. Nesse +apêndice apresentamos os códigos, que utilizam as funções do pacote, +para produzir os resultados da seção \ref{sec:analise-cottonBolls2} +(modelos de regressão de efeitos fixos). Todavia, os códigos que +produzem os demais resultados apresentados no trabalho podem ser +visualizados no complemento online + +<<code-cottonBolls2, echo=TRUE, eval=FALSE>>= + +##---------------------------------------------------------------------- +## Instalando o pacote tccPackage, elaborado no trabalho +library(devtools) +install_git("git@github.com:JrEduardo/tccPackage.git") + +##---------------------------------------------------------------------- +## Análise de dados apresentados na seção ... (v.a. número de nós) + +## Carrega o pacote no workspace +library(tccPackage) + +## Dados +data(cottonBolls2) +help(cottonBolls2) + +## Preditores considerados +f1 <- nnos ~ 1 +f2 <- nnos ~ dexp +f3 <- nnos ~ dexp + I(dexp^2) + +## Ajustando os modelos Poisson +m1P.nnos <- glm(f1, data = cottonBolls2, family = poisson) +m2P.nnos <- glm(f2, data = cottonBolls2, family = poisson) +m3P.nnos <- glm(f3, data = cottonBolls2, family = poisson) + +## Ajustando os modelos Quasi-Poisson +m1Q.nnos <- glm(f1, data = cottonBolls2, family = quasipoisson) +m2Q.nnos <- glm(f2, data = cottonBolls2, family = quasipoisson) +m3Q.nnos <- glm(f3, data = cottonBolls2, family = quasipoisson) + +## Ajustando os modelos COM-Poisson +m1C.nnos <- cmp(f1, data = cottonBolls2, sumto = 30) +m2C.nnos <- cmp(f2, data = cottonBolls2, sumto = 30) +m3C.nnos <- cmp(f3, data = cottonBolls2, sumto = 30) + +##------------------------------------------- +## TRV's entre modelos encaixados +anova(m1P.nnos, m2P.nnos, m3P.nnos, test = "Chisq") +anova(m1Q.nnos, m2Q.nnos, m3Q.nnos, test = "F") +anova(m1C.nnos, m2C.nnos, m3C.nnos) + +##------------------------------------------- +## Estimativas e testes de Wald +summary(m3P.nnos) +summary(m3Q.nnos) +summary(m3C.nnos) + +##------------------------------------------- +## Testando H0: phi = 0 +cmptest(m1C.nnos, m2C.nnos, m3C.nnos) + +##------------------------------------------- +## Matrix de variância e covariância da COM-Poisson +V <- vcov(m3C.nnos); V +cov2cor(V) + +##------------------------------------------- +## Perfis de versossimilhança +prof <- profile(m3C.nnos) +plot(prof); confint(prof) + +##------------------------------------------- +## Valores preditos +da <- data.frame(dexp = 0:5) +predict(m3C.nnos, da) +predict(m3C.nnos, da, interval = "confidence") +predict(m3C.nnos, da, interval = "confidence", type = "response") +predict(m3C.nnos, da, interval = "confidence", type = "response", + level = 0.9) + +##------------------------------------------- +## Análise de resÃduos +fitted <- predict(m3C.nnos, type = "response") +rcru <- residuals(m3C.nnos) +rpea <- residuals(m3C.nnos, type = "pearson") + +plot(rcru ~ fitted) +lines(smooth.spline(fitted, rcru), col = 2) +plot(rpea ~ fitted) +lines(smooth.spline(fitted, rcru), col = 2) + +@