diff --git a/docs/cap02_revisao-de-literatura.Rnw b/docs/cap02_revisao-de-literatura.Rnw index 24f664ffe8599b8904f7bb85c666c031cc94a2dd..4d647741b534ce16a55d963d3ed794e913939fdd 100644 --- a/docs/cap02_revisao-de-literatura.Rnw +++ b/docs/cap02_revisao-de-literatura.Rnw @@ -485,7 +485,7 @@ $\nu = 1$ (painel central). <<distr-compoisson, fig.height=3.4, fig.width=6.7, fig.cap="Probabilidades pela distribuição COM-Poisson para diferentes parâmetros.">>= -library(tccPackage) +library(cmpreg) ##------------------------------------------- ## Parametros da distribuição pars <- list("p1" = log(c(1.362, 0.4)), @@ -577,7 +577,7 @@ foram escolhidos conforme restrições para redução da distribuição. <<casos-particulares, fig.height=3, fig.width=7, fig.cap="Exemplos de casos particulares da distribuição COM-Poisson.">>= -library(tccPackage) +library(cmpreg) ##------------------------------------------- ## Parametros da distribuição pars <- list("p1" = log(c(5, 1)), @@ -869,7 +869,7 @@ y2 <- sapply(rbinom(n, 1, pi), function(x) { ##------------------------------------------- ## Estimando as probabilidades -library(tccPackage) +library(cmpreg) sim <- list("s1" = as.integer(y1), "s2" = as.integer(y2)) probs <- sapply(sim, function(y) { diff --git a/docs/cap03_materiais-e-metodos.Rnw b/docs/cap03_materiais-e-metodos.Rnw index 879be4fca0aa6663173077bbfe1cf5d4fc353fd1..9b49b2d225a36a9b3001a408e02f6156e6ed6a63 100644 --- a/docs/cap03_materiais-e-metodos.Rnw +++ b/docs/cap03_materiais-e-metodos.Rnw @@ -34,7 +34,7 @@ potencialmente contempladas por modelos alternativos ao Poisson. <<data-cottonBolls, include=FALSE, echo=FALSE>>= -data(cottonBolls, package = "tccPackage") +data(cottonBolls, package = "cmpreg") niveis.des <- paste0(paste(unique(cottonBolls$des) * 100, collapse = ", "), "\\%") @@ -69,7 +69,7 @@ subdispersão. <<descr-cottonBolls, fig.height=4.2, fig.width=7, fig.cap="Número de capulhos produzidos para cada nÃvel de desfolha e estágio fenológico (esquerda) e médias e variâncias das cinco repetições em cada combinação de nÃvel de desfolha e estágio fenológico (direita).">>= -library(tccPackage) +library(cmpreg) xy1 <- xyplot(ncap ~ des | est, data = cottonBolls, layout = c(NA, 3), @@ -113,7 +113,7 @@ fonte.xy("Fonte: Traduzido de Zeviani et al. (Figura 2)") <<data-cottonBolls2, include=FALSE, echo=FALSE>>= -data(cottonBolls2, package = "tccPackage") +data(cottonBolls2, package = "cmpreg") niveis.dexp <- paste0(paste(unique(cottonBolls2$dexp), collapse = ", "), " dias") @@ -229,7 +229,7 @@ mv <- cbind(mvr[1:6, 1], mv[1:6, ], mv[7:12, ], mv[13:18, ]) <<data-soyaBeans, include=FALSE, echo=FALSE>>= -data(soyaBeans, package = "tccPackage") +data(soyaBeans, package = "cmpreg") soyaBeans <- soyaBeans[-74, ] ## outlier identificado soyaBeans <- soyaBeans[, c("K", "umid", "bloc", "ngra", "nvag")] @@ -360,7 +360,7 @@ fonte.xy("Fonte: Elaborado pelo autor.") <<data-whiteFly, include=FALSE, cache=FALSE>>= -data(whiteFly, package = "tccPackage") +data(whiteFly, package = "cmpreg") ## Somente as cultivares que contém BRS na identificação whiteFly <- droplevels(subset(whiteFly, grepl("BRS", x = cult))) @@ -435,7 +435,7 @@ fonte.xy("Fonte: Elaborado pelo autor") <<data-fish, include=FALSE, echo=FALSE>>= -data(fish, package = "tccPackage") +data(fish, package = "cmpreg") @ @@ -502,7 +502,7 @@ acomodem excesso de zeros se fazem necessários. <<data-nematodes, include=FALSE, cache=FALSE>>= -data(nematodes, package = "tccPackage") +data(nematodes, package = "cmpreg") @ @@ -587,8 +587,8 @@ requerido. Destaca-se nesse trabalho que todas as funções implementadas para ajuste e inferência dos modelos de regressão COM-Poisson estão disponÃveis, em -formato de um pacote R, \texttt{tccPackage}, no endereço -\url{https://github.com/JrEduardo/tccPackage}. No apêndice +formato de um pacote R, \texttt{cmpreg}, no endereço +\url{https://github.com/JrEduardo/cmpreg}. No apêndice \ref{capA:codigostcc} o emprego do pacote na análise de um conjunto de dados exibido no trabalho é ilustrado com códigos R. diff --git a/docs/cap04_resultados-e-discussao.Rnw b/docs/cap04_resultados-e-discussao.Rnw index 89a3cd78ed0f4508b0d000b15a52257ac8f3c181..7e9bcc834faec20496b049ab3ab76c1b20b19e99 100644 --- a/docs/cap04_resultados-e-discussao.Rnw +++ b/docs/cap04_resultados-e-discussao.Rnw @@ -17,7 +17,7 @@ realizadas. <<ajuste-cottonBolls, include=FALSE, cache=TRUE>>= ## Dados -library(tccPackage) +library(cmpreg) data(cottonBolls) ## Preditores @@ -383,7 +383,7 @@ seriam incorretas. <<ajuste-cottonBolls2, include=FALSE, cache=TRUE>>= ## Dados -library(tccPackage) +library(cmpreg) data(cottonBolls2) ## Preditores considerados @@ -831,7 +831,7 @@ abordagem semi-paramétrica. <<ajuste-soyaBeans, include=FALSE, cache=TRUE>>= ## Dados -library(tccPackage) +library(cmpreg) data(soyaBeans) soyaBeans <- soyaBeans[-74, ] soyaBeans <- transform(soyaBeans, K = factor(K)) @@ -1758,7 +1758,7 @@ Poisson. <<ajuste-fish, include=FALSE, cache=TRUE>>= ## Dados -data(fish, package = "tccPackage") +data(fish, package = "cmpreg") ## Preditores f1 <- npeixes ~ campista + npessoas | @@ -2100,7 +2100,7 @@ barreira, conforme apresentado, se torna uma abordagem atrativa. <<ajuste-nematodes, include=FALSE, cache=FALSE>>= -library(tccPackage) +library(cmpreg) library(lme4) data(nematodes)