diff --git a/R/capdesfo.R b/R/capdesfo.R new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..5f2342c36fdfcc8bf772c9c91c85ebc7010ba3ce --- /dev/null +++ b/R/capdesfo.R @@ -0,0 +1,70 @@ +#' @name capdesfo +#' @title Capulhos de Algodão em Função de Desfolha Artificial +#' @description Experimento conduzido sob delineamento interamente +#' casualizado com 5 repetições em casa de vegetação com plantas de +#' algodão \emph{Gossypium hirsutum} submetidas à diferentes níveis +#' de desfolha artificial de remoção foliar, em combinação com o +#' estágio fenológico no qual a desfolha foi aplicada. A unidade +#' experimental foi um vaso com duas plantas onde avaliou-se o +#' número de capulhos produzidos ao final da ciclo cultura. +#' @format Um code{data.frame} com 125 observações e 4 variáveis +#' +#' \describe{ +#' +#' \item{\code{est}}{Um fator categórico com 5 níveis que representa o +#' estágio fenológico da planto durante a aplicação da desfolha.} +#' +#' \item{\code{des}}{Um fator numérico com 5 níveis que representa o +#' nível de desfolha artificial (percentual da área da folha} +#' removida com tesoura) aplicada a todas as folhas na planta. +#' +#' \item{\code{rept}}{Inteiro que representa cada unidade experimental.} +#' +#' \item{\code{ncap}}{Inteiro que representa o número de capulhos de +#' algodão produzidos ao final da ciclo cultura.} +#' } +#' +#' @references Silva, A. M., Degrande, P. E., Suekane, R., Fernandes, +#' M. G., & Zeviani, W. M. (2012). Impacto de diferentes níveis de +#' desfolha artificial nos estádios fenológicos do +#' algodoeiro. Revista de Ciências Agrárias, 35(1), 163–172. +#' +#' Zeviani, W. M., Ribeiro, P. J., Bonat, W. H., Shimakura, S. E., & +#' Muniz, J. A. (2014). The Gamma-count distribution in the analysis +#' of experimental underdispersed data. Journal of Applied +#' Statistics, 41(12), +#' 1–11. \url{http://doi.org/10.1080/02664763.2014.922168} +#' +#' @examples +#' data(capdesfo) +#' str(capdesfo) +#' +#' library(lattice) +#' +#' xyplot(ncap ~ des | est, +#' data = capdesfo, +#' layout = c(NA, 2), +#' type = c("p", "smooth"), +#' xlab = "Níveis de desfolha artificial", +#' ylab = "Número de capulhos produzidos", +#' xlim = extendrange(c(0:1), f = 0.15), +#' jitter.x = TRUE, +#' grid = TRUE) +#' +#' # Média e variância amostral para cada unidade experimental +#' (mv <- aggregate(ncap ~ est + des, data = capdesfo, +#' FUN = function(x) c(mean = mean(x), var = var(x)))) +#' xlim <- ylim <- extendrange(c(mv$ncap), f = 0.05) +#' +#' # Evidência de subdispersão +#' xyplot(ncap[, "var"] ~ ncap[, "mean"], +#' data = mv, +#' xlim = xlim, +#' ylim = ylim, +#' ylab = "Variância Amostral", +#' xlab = "Média Amostral", +#' panel = function(x, y) { +#' panel.xyplot(x, y, type = c("p", "r"), grid = TRUE) +#' panel.abline(a = 0, b = 1, lty = 2) +#' }) +NULL diff --git a/R/capmosca.R b/R/capmosca.R new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..38325bfd2ab56e2d7f3647907737c14cc98c1bd7 --- /dev/null +++ b/R/capmosca.R @@ -0,0 +1,72 @@ +#' @name capmosca +#' @title Capulhos de Algodão em Função da Exposição à Mosca Branca +#' @description Experimento conduzido na Universidade Federal da Grande +#' Dourados (UFGD) em 2007, cujo objetivo foi avaliar os impactos da +#' exposição de plantas à alta infestação de Mosca-Branca +#' \emph{Bemisia tabaci} em componentes de produção do algodão. No +#' experimento, plantas de algodão foram expostas à alta infestação +#' da praga por períodos diferentes e ao final do experimento +#' avaliou-se o número de capulhos produzidos, o número de +#' estruturas reprodutivas, o número de nós, a altura da planta e o +#' peso dos capulhos por vaso. A condução do estudo deu-se via +#' delineamento interamente casualizado com 5 vasos, contendo duas +#' plantas, para cada período de exposição. +#' @format Um \code{data.frame} com 60 observações e 8 variáveis. +#' \describe{ +#' +#' \item{\code{dexp}}{Inteiro com 6 valores que representa os dias de +#' exposição à alta infestação de Mosca-Branca.} +#' +#' \item{\code{vaso}}{Fator que indica o vaso no qual foram mensurados +#' os componentes de produção do algodão.} +#' +#' \item{\code{planta}}{Fator que indica a planta na qual foram +#' mensurados os componentes de produção do algodão.} +#' +#' \item{\code{alt}}{Altura da planta, mensurada em centímetros.} +#' +#' \item{\code{pesocap}}{Peso dos capulhos de algodão, mesurado para +#' cada vaso (que contém duas plantas). No \code{data.frame} somente +#' a primeira planta do vaso contém a observação do peso.} +#' +#' \item{\code{nerep}}{Contagem do número de estruturas reprodutivas da +#' planta.} +#' +#' \item{\code{ncapu}}{Contagem do número de capulhos produzidos.} +#' +#' \item{\code{nnos}}{Contagem do número de nós da planta.} +#' +#' } +#' +#' @examples +#' data(capmosca) +#' str(capmosca) +#' +#' library(lattice) +#' +#' # Número de capulhos produzidos por vaso +#' da <- aggregate(ncapu ~ vaso + dexp, data = capmosca, FUN = sum) +#' xyplot(ncapu ~ dexp, +#' data = da, +#' jitter.x = TRUE, +#' type = c("p", "g", "smooth")) +#' +#' # Número de capulhos produzidos por planta +#' xyplot(ncapu ~ dexp, groups = planta, +#' data = capmosca, +#' jitter.x = TRUE, +#' type = c("p", "g", "smooth")) +#' +#' # Número de estruturas reprodutivas da planta +#' xyplot(nerep ~ dexp, groups = planta, +#' data = capmosca, +#' jitter.x = TRUE, +#' type = c("p", "g", "smooth")) +#' +#' # Número de nós da planta +#' xyplot(nnos ~ dexp, groups = planta, +#' data = capmosca, +#' jitter.x = TRUE, +#' type = c("p", "g", "smooth")) +#' +NULL diff --git a/R/ninfas.R b/R/ninfas.R new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..729403af7cd0312ea51fbcab4145bb53b7dc24b2 --- /dev/null +++ b/R/ninfas.R @@ -0,0 +1,66 @@ +#' @name ninfas +#' @title Ninfas de Mosca-Branca em Lavoura de Soja +#' @description Experimento conduzido em casa de vegetação sob o +#' delineamento de blocos casualizados. No experimento foram +#' avaliadas plantas de diferentes cultivares de soja contabilizando +#' o número de ninfas de mosca-branca nos folíolos dos terços +#' superior, médio e inferior das plantas. As avaliações ocorreram +#' em 6 datas dentre os 38 dias do estudo. +#' @format Um \code{data.frame} com 240 observações e 8 variáveis. +#' \describe{ +#' +#' \item{\code{data}}{Data em que foram avaliadas as plantas de soja.} +#' +#' \item{\code{dias}}{Inteiro que indica o número de dias após o +#' experimento no ato da avaliação.} +#' +#' \item{\code{cult}}{Fator com a identificação da cultivar de +#' soja. Foram 10 cultivares avaliadas neste experimento.} +#' +#' \item{\code{bloco}}{Fator com 4 níveis que representam os blocos +#' utilizados para controle de variação local.} +#' +#' \item{\code{nsup}}{Número de ninfas de mosca-branca nos folíolos do +#' terço superior.} +#' +#' \item{\code{nmed}}{Número de ninfas de mosca-branca nos folíolos do +#' terço médio.} +#' +#' \item{\code{ninf}}{Número de ninfas de mosca-branca nos folíolos do +#' terço inferior.} +#' +#' \item{\code{ntot}}{Número de ninfas de mosca-branca considerando +#' todos os folíolos (soma de \code{nsup}, \code{nmed}, +#' \code{ntot}).} +#' +#' } +#' +#' @references Suekane, R., Degrande, P. E., de Lima Junior, I. S., de +#' Queiroz, M. V. B. M., & Rigoni, E. R. (2013). Danos da +#' Mosca-Branca Bemisia Tabaci e distribuição vertical das ninfas em +#' cultivares de soja em casa de vegetação. Arquivos do Instituto +#' Biológico, 80(2), 151-158. +#' @examples +#' data(ninfas) +#' str(ninfas) +#' +#' library(lattice) +#' +#' xyplot(ntot ~ dias | cult, +#' data = ninfas, +#' type = c("p", "spline"), +#' grid = TRUE, +#' as.table = TRUE, +#' layout = c(NA, 2)) +#' +#' # Somente as cultivares que contém BRS na identificação +#' da <- droplevels(subset(ninfas, grepl("BRS", x = cult))) +#' +#' xyplot(ntot ~ dias | cult, +#' data = da, +#' type = c("p", "spline"), +#' grid = TRUE, +#' as.table = TRUE, +#' layout = c(NA, 2)) +NULL + diff --git a/R/peixe.R b/R/peixe.R new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..2a9430cff3cc24dbf1610b2717b8c3b2fa2a6147 --- /dev/null +++ b/R/peixe.R @@ -0,0 +1,41 @@ +#' @name peixe +#' @title Peixes Capturados por Pescadores em um Parque Estadual +#' @description Dados sobre 250 grupos que foram ao parque ao parque +#' estadual para pescar. As informações coletadas foram refentes a +#' presenção ou não de um campista, ao número de crianças no grupo e +#' ao número de indivíduos no grupo. +#' @format Um \code{data.frame} com 250 observações e 4 variáveis. +#' \describe{ +#' +#' \item{\code{campista}}{Fator com dois níveis que representa a +#' presença (\code{1}) ou ausência (\code{0}) de um campista no +#' grupo.} +#' +#' \item{\code{ncriancas}}{Número de crianças no grupo.} +#' +#' \item{\code{npessoas}}{Número total de pessoas no grupo.} +#' +#' \item{\code{npeixes}}{Número de peixes capturados pelo grupo.} +#' +#' } +#' +#' @references Calvin, J. A. (1998). Regression Models for Categorical +#' and Limited Dependent Variables. Technometrics, 40(1), 80-81. +#' @examples +#' +#' data(peixe) +#' (proptb <- prop.table(table(peixe$npeixes))) +#' plot(proptb) +#' +#' library(lattice) +#' # Contagens (marginal aos efeitos das covariáveis) +#' histogram(~npeixes, data = peixe, nint = 50) +#' +#' # Contagens com relação as covariáveis +#' xyplot(npeixes ~ ncriancas + npessoas, +#' groups = campista, +#' data = peixe, +#' jitter.x = TRUE, +#' type = c("p", "g", "smooth")) +#' +NULL diff --git a/data-raw/capdesfo.txt b/data-raw/capdesfo.txt new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..98704c0e29dfcfd1699bae3a152eb70e7d4a7a2f --- /dev/null +++ b/data-raw/capdesfo.txt @@ -0,0 +1,126 @@ +est des rept ncap +vegetativo 0 1 10 +vegetativo 0 2 9 +vegetativo 0 3 8 +vegetativo 0 4 8 +vegetativo 0 5 10 +vegetativo 0.25 1 11 +vegetativo 0.25 2 9 +vegetativo 0.25 3 10 +vegetativo 0.25 4 10 +vegetativo 0.25 5 10 +vegetativo 0.5 1 8 +vegetativo 0.5 2 8 +vegetativo 0.5 3 10 +vegetativo 0.5 4 8 +vegetativo 0.5 5 9 +vegetativo 0.75 1 9 +vegetativo 0.75 2 7 +vegetativo 0.75 3 7 +vegetativo 0.75 4 8 +vegetativo 0.75 5 9 +vegetativo 1 1 8 +vegetativo 1 2 6 +vegetativo 1 3 6 +vegetativo 1 4 5 +vegetativo 1 5 6 +botao floral 0 1 7 +botao floral 0 2 8 +botao floral 0 3 8 +botao floral 0 4 9 +botao floral 0 5 10 +botao floral 0.25 1 9 +botao floral 0.25 2 12 +botao floral 0.25 3 7 +botao floral 0.25 4 10 +botao floral 0.25 5 9 +botao floral 0.5 1 8 +botao floral 0.5 2 9 +botao floral 0.5 3 9 +botao floral 0.5 4 10 +botao floral 0.5 5 8 +botao floral 0.75 1 11 +botao floral 0.75 2 10 +botao floral 0.75 3 7 +botao floral 0.75 4 8 +botao floral 0.75 5 8 +botao floral 1 1 7 +botao floral 1 2 7 +botao floral 1 3 7 +botao floral 1 4 7 +botao floral 1 5 8 +florecimento 0 1 10 +florecimento 0 2 9 +florecimento 0 3 8 +florecimento 0 4 12 +florecimento 0 5 8 +florecimento 0.25 1 7 +florecimento 0.25 2 5 +florecimento 0.25 3 5 +florecimento 0.25 4 7 +florecimento 0.25 5 5 +florecimento 0.5 1 6 +florecimento 0.5 2 5 +florecimento 0.5 3 7 +florecimento 0.5 4 4 +florecimento 0.5 5 7 +florecimento 0.75 1 8 +florecimento 0.75 2 5 +florecimento 0.75 3 7 +florecimento 0.75 4 6 +florecimento 0.75 5 4 +florecimento 1 1 5 +florecimento 1 2 5 +florecimento 1 3 4 +florecimento 1 4 4 +florecimento 1 5 5 +maca 0 1 8 +maca 0 2 10 +maca 0 3 7 +maca 0 4 8 +maca 0 5 10 +maca 0.25 1 9 +maca 0.25 2 6 +maca 0.25 3 6 +maca 0.25 4 8 +maca 0.25 5 6 +maca 0.5 1 9 +maca 0.5 2 7 +maca 0.5 3 11 +maca 0.5 4 8 +maca 0.5 5 9 +maca 0.75 1 6 +maca 0.75 2 6 +maca 0.75 3 6 +maca 0.75 4 6 +maca 0.75 5 7 +maca 1 1 3 +maca 1 2 3 +maca 1 3 2 +maca 1 4 4 +maca 1 5 3 +capulho 0 1 11 +capulho 0 2 7 +capulho 0 3 9 +capulho 0 4 12 +capulho 0 5 11 +capulho 0.25 1 9 +capulho 0.25 2 13 +capulho 0.25 3 8 +capulho 0.25 4 10 +capulho 0.25 5 10 +capulho 0.5 1 9 +capulho 0.5 2 7 +capulho 0.5 3 7 +capulho 0.5 4 9 +capulho 0.5 5 9 +capulho 0.75 1 8 +capulho 0.75 2 8 +capulho 0.75 3 10 +capulho 0.75 4 8 +capulho 0.75 5 10 +capulho 1 1 9 +capulho 1 2 8 +capulho 1 3 10 +capulho 1 4 8 +capulho 1 5 10 diff --git a/data-raw/capmosca.txt b/data-raw/capmosca.txt new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..727dda7c9e2e9c9689c6e2158cda99bd7e14c995 --- /dev/null +++ b/data-raw/capmosca.txt @@ -0,0 +1,61 @@ +dexp vaso planta alt pesocap nerep ncapu nnos +0 1 1 70.5 25.25 4 4 13 +0 1 2 67.5 NA 4 4 14 +0 2 1 72 28.49 3 2 14 +0 2 2 70 NA 5 5 15 +0 3 1 64 31.8 5 5 15 +0 3 2 64.5 NA 5 5 11 +0 4 1 67.5 32.06 5 5 14 +0 4 2 61 NA 5 5 11 +0 5 1 70 29.84 4 4 14 +0 5 2 70 NA 5 5 15 +1 1 1 77 16.95 4 3 17 +1 1 2 67 NA 2 2 18 +1 2 1 74 26.95 3 3 17 +1 2 2 76 NA 4 4 15 +1 3 1 67 25.71 5 3 17 +1 3 2 70.5 NA 5 5 15 +1 4 1 76 27.3 4 4 16 +1 4 2 74.5 NA 4 4 16 +1 5 1 69 33.47 5 5 16 +1 5 2 73 NA 6 6 16 +2 1 1 86.5 21.19 6 5 14 +2 1 2 78 NA 3 3 16 +2 2 1 84 10.24 2 1 21 +2 2 2 91.5 NA 3 2 17 +2 3 1 69.5 23.94 4 4 15 +2 3 2 72.5 NA 4 3 15 +2 4 1 72.5 33.75 4 4 14 +2 4 2 70 NA 4 3 16 +2 5 1 69 25.33 5 5 15 +2 5 2 83 NA 4 4 18 +3 1 1 77.5 27.97 4 4 15 +3 1 2 60 NA 3 3 12 +3 2 1 80 24.75 6 6 17 +3 2 2 61 NA 4 3 13 +3 3 1 81.5 25.3 3 3 15 +3 3 2 76.5 NA 3 3 15 +3 4 1 81 24.84 3 3 16 +3 4 2 77 NA 3 3 17 +3 5 1 72 24.12 2 2 16 +3 5 2 80 NA 4 4 18 +4 1 1 81 27.53 3 3 14 +4 1 2 76.5 NA 5 5 13 +4 2 1 86.5 14.68 2 2 17 +4 2 2 79 NA 3 3 16 +4 3 1 77 27.36 4 4 16 +4 3 2 87 NA 4 4 17 +4 4 1 82 24.27 3 2 16 +4 4 2 80.5 NA 5 5 17 +4 5 1 91 32.47 5 5 18 +4 5 2 83.5 NA 4 4 14 +5 1 1 71 26.39 4 4 17 +5 1 2 71 NA 3 3 14 +5 2 1 86 26.87 5 5 15 +5 2 2 60.5 NA 3 3 16 +5 3 1 88 24.6 3 3 16 +5 3 2 84.5 NA 3 3 17 +5 4 1 75 30.68 6 6 14 +5 4 2 92 NA 4 4 19 +5 5 1 65 23.5 4 4 15 +5 5 2 72 NA 3 3 14 diff --git a/data-raw/ninfas.txt b/data-raw/ninfas.txt new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..aa50f0df44af7e3408cbb3f55d707a7896eb47ce --- /dev/null +++ b/data-raw/ninfas.txt @@ -0,0 +1,241 @@ +data dias cult bloco nsup nmed ninf ntot +2009-12-11 0 BRS 245 RR I 168 71 39 278 +2009-12-11 0 BRS 245 RR II 30 46 22 98 +2009-12-11 0 BRS 245 RR III 28 36 7 71 +2009-12-11 0 BRS 245 RR IV 6 1 31 38 +2009-12-11 0 BRS 243 RR I 31 22 28 81 +2009-12-11 0 BRS 243 RR II 4 6 10 20 +2009-12-11 0 BRS 243 RR III 3 12 27 42 +2009-12-11 0 BRS 243 RR IV 48 76 13 137 +2009-12-11 0 BRS 246 RR I 100 50 34 184 +2009-12-11 0 BRS 246 RR II 54 15 7 76 +2009-12-11 0 BRS 246 RR III 1 50 12 63 +2009-12-11 0 BRS 246 RR IV 9 2 13 24 +2009-12-11 0 BRS 239 I 40 32 44 116 +2009-12-11 0 BRS 239 II 76 38 16 130 +2009-12-11 0 BRS 239 III 52 43 25 120 +2009-12-11 0 BRS 239 IV 23 41 16 80 +2009-12-11 0 EMBRAPA 48 I 84 61 56 201 +2009-12-11 0 EMBRAPA 48 II 129 189 133 451 +2009-12-11 0 EMBRAPA 48 III 84 35 12 131 +2009-12-11 0 EMBRAPA 48 IV 34 17 30 81 +2009-12-11 0 CD 214 RR I 17 137 3 157 +2009-12-11 0 CD 214 RR II 107 95 31 233 +2009-12-11 0 CD 214 RR III 130 120 26 276 +2009-12-11 0 CD 214 RR IV 0 34 25 59 +2009-12-11 0 CD 202 I 16 21 12 49 +2009-12-11 0 CD 202 II 260 34 44 338 +2009-12-11 0 CD 202 III 91 67 19 177 +2009-12-11 0 CD 202 IV 5 2 7 14 +2009-12-11 0 M 7908 RR I 27 37 29 93 +2009-12-11 0 M 7908 RR II 103 72 32 207 +2009-12-11 0 M 7908 RR III 50 60 32 142 +2009-12-11 0 M 7908 RR IV 53 26 41 120 +2009-12-11 0 VMAX RR I 24 12 11 47 +2009-12-11 0 VMAX RR II 67 6 15 88 +2009-12-11 0 VMAX RR III 0 0 0 0 +2009-12-11 0 VMAX RR IV 12 26 36 74 +2009-12-11 0 CD 219 RR I 0 22 16 38 +2009-12-11 0 CD 219 RR II 391 208 88 687 +2009-12-11 0 CD 219 RR III 53 81 23 157 +2009-12-11 0 CD 219 RR IV 38 39 93 170 +2009-12-19 8 BRS 245 RR I 147 54 37 238 +2009-12-19 8 BRS 245 RR II 98 65 17 180 +2009-12-19 8 BRS 245 RR III 0 53 4 57 +2009-12-19 8 BRS 245 RR IV 16 11 6 33 +2009-12-19 8 BRS 243 RR I 79 96 38 213 +2009-12-19 8 BRS 243 RR II 4 20 19 43 +2009-12-19 8 BRS 243 RR III 19 2 12 33 +2009-12-19 8 BRS 243 RR IV 8 3 5 16 +2009-12-19 8 BRS 246 RR I 77 42 32 151 +2009-12-19 8 BRS 246 RR II 72 110 23 205 +2009-12-19 8 BRS 246 RR III 64 17 14 95 +2009-12-19 8 BRS 246 RR IV 25 7 13 45 +2009-12-19 8 BRS 239 I 53 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0 1 2 +2010-01-11 31 CD 214 RR I 2 0 1 3 +2010-01-11 31 CD 214 RR II 3 7 4 14 +2010-01-11 31 CD 214 RR III 4 16 8 28 +2010-01-11 31 CD 214 RR IV 1 0 4 5 +2010-01-11 31 CD 202 I 12 2 0 14 +2010-01-11 31 CD 202 II 7 1 4 12 +2010-01-11 31 CD 202 III 1 0 0 1 +2010-01-11 31 CD 202 IV 3 1 0 4 +2010-01-11 31 M 7908 RR I 2 9 3 14 +2010-01-11 31 M 7908 RR II 11 6 4 21 +2010-01-11 31 M 7908 RR III 4 1 1 6 +2010-01-11 31 M 7908 RR IV 55 10 0 65 +2010-01-11 31 VMAX RR I 1 1 1 3 +2010-01-11 31 VMAX RR II 23 7 0 30 +2010-01-11 31 VMAX RR III 5 1 4 10 +2010-01-11 31 VMAX RR IV 10 0 0 10 +2010-01-11 31 CD 219 RR I 65 12 4 81 +2010-01-11 31 CD 219 RR II 217 145 27 389 +2010-01-11 31 CD 219 RR III 10 2 1 13 +2010-01-11 31 CD 219 RR IV 11 4 0 15 +2010-01-18 38 BRS 245 RR I 5 9 12 26 +2010-01-18 38 BRS 245 RR II 3 0 1 4 +2010-01-18 38 BRS 245 RR III 0 0 0 0 +2010-01-18 38 BRS 245 RR IV 3 2 1 6 +2010-01-18 38 BRS 243 RR I 6 0 7 13 +2010-01-18 38 BRS 243 RR II 1 0 0 1 +2010-01-18 38 BRS 243 RR III 0 0 0 0 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+2010-01-18 38 VMAX RR IV 6 1 3 10 +2010-01-18 38 CD 219 RR I 49 12 2 63 +2010-01-18 38 CD 219 RR II 110 42 28 180 +2010-01-18 38 CD 219 RR III 7 3 0 10 +2010-01-18 38 CD 219 RR IV 4 3 4 11 diff --git a/data-raw/peixe.txt b/data-raw/peixe.txt new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..59702c1cf05a568b68793ba9a71b2597b13cce17 --- /dev/null +++ b/data-raw/peixe.txt @@ -0,0 +1,251 @@ +campista ncriancas npessoas npeixes +0 0 1 0 +1 0 1 0 +0 0 1 0 +1 1 2 0 +0 0 1 1 +1 2 4 0 +0 1 3 0 +0 3 4 0 +1 2 3 0 +1 0 1 1 +0 1 4 0 +1 2 3 0 +0 0 3 1 +0 0 3 2 +1 0 1 0 +1 0 1 1 +0 1 4 0 +1 2 3 0 +1 1 2 1 +0 1 3 0 +0 1 4 1 +1 0 4 5 +1 1 2 0 +1 0 2 3 +1 0 3 30 +1 0 2 0 +1 0 4 13 +0 1 2 0 +0 0 1 0 +0 3 4 0 +0 0 1 0 +1 1 3 0 +1 0 4 11 +1 1 4 5 +1 0 1 0 +0 0 2 1 +1 1 2 1 +1 1 4 7 +1 1 3 0 +1 1 4 14 +1 0 1 0 +1 0 4 32 +0 2 3 0 +1 0 4 1 +0 2 4 0 +1 0 1 0 +1 1 2 0 +0 0 1 1 +1 1 2 5 +0 1 2 0 +1 1 2 1 +1 1 2 0 +1 0 4 22 +0 0 2 0 +1 0 3 15 +1 0 1 0 +1 0 1 0 +1 0 1 0 +1 1 4 5 +1 0 1 4 +0 0 2 2 +1 1 2 0 +0 1 2 2 +1 0 4 32 +0 3 4 0 +1 0 1 0 +0 0 1 1 +0 2 3 0 +1 0 1 0 +1 1 2 0 +1 0 3 7 +0 3 4 0 +0 2 4 0 +1 2 3 0 +1 0 1 0 +0 0 2 0 +0 2 3 0 +1 0 1 0 +0 1 2 0 +0 0 4 2 +1 1 4 3 +0 1 2 1 +1 0 3 5 +0 0 1 0 +1 0 1 2 +0 1 3 1 +0 1 4 0 +1 0 1 1 +1 0 4 149 +1 2 3 0 +1 1 3 1 +0 0 2 0 +1 0 3 0 +0 1 2 1 +0 2 4 0 +1 1 3 0 +0 2 4 0 +0 0 4 2 +1 0 2 2 +0 0 4 29 +1 0 1 3 +1 0 2 0 +0 2 4 0 +0 0 3 5 +1 0 2 0 +0 1 4 0 +1 0 1 0 +0 1 3 0 +1 1 4 0 +1 1 4 1 +1 0 1 7 +1 0 2 1 +0 0 1 0 +0 1 4 2 +0 2 3 0 +0 0 2 2 +0 1 2 0 +0 1 4 0 +1 1 3 0 +1 2 3 1 +0 1 2 0 +0 0 1 0 +1 3 4 0 +0 0 1 0 +1 3 4 0 +0 1 4 3 +1 0 1 4 +1 0 3 3 +0 0 2 3 +1 0 4 8 +1 0 3 2 +1 0 1 1 +0 0 4 6 +1 2 4 0 +1 1 2 0 +0 0 4 5 +1 1 4 3 +0 1 3 31 +1 1 2 0 +0 0 2 2 +1 3 4 0 +1 1 2 0 +0 0 3 0 +1 1 3 0 +0 0 1 0 +0 0 2 0 +1 0 4 6 +0 0 3 9 +1 2 3 0 +1 1 2 0 +1 0 1 0 +1 1 2 0 +0 0 1 0 +0 0 2 2 +0 0 3 15 +1 0 1 1 +1 0 2 2 +1 1 3 3 +1 0 1 0 +1 0 4 65 +1 0 3 5 +0 0 1 0 +1 2 3 0 +0 1 4 0 +0 2 4 0 +0 0 1 1 +1 1 4 8 +1 0 3 0 +1 2 3 0 +1 3 4 0 +1 0 3 2 +1 1 2 4 +0 0 4 5 +0 0 2 9 +0 2 4 0 +0 0 2 0 +1 0 2 0 +0 0 1 0 +1 0 2 21 +0 0 1 0 +1 0 3 6 +0 1 2 0 +1 0 2 0 +1 1 2 0 +0 1 3 0 +1 1 4 16 +0 2 3 0 +1 2 3 0 +1 0 4 4 +1 1 2 2 +1 0 3 10 +1 0 1 0 +1 0 1 0 +0 0 1 0 +1 0 2 2 +1 0 2 1 +0 0 1 3 +1 1 3 0 +1 2 4 0 +1 0 2 21 +0 1 2 0 +0 0 2 0 +1 0 1 2 +1 1 2 0 +1 1 4 3 +1 1 3 0 +1 0 4 38 +1 3 4 0 +1 0 1 0 +0 0 1 0 +1 0 1 1 +0 0 1 3 +1 0 1 0 +0 0 2 1 +0 2 4 0 +0 1 2 0 +0 2 4 0 +0 1 3 0 +1 2 4 5 +0 2 4 0 +0 1 4 0 +0 0 3 2 +1 1 2 0 +1 0 1 0 +0 1 2 0 +1 0 2 1 +1 1 3 4 +0 0 1 0 +1 2 3 0 +1 1 2 2 +1 0 1 3 +0 2 4 0 +0 1 3 0 +0 0 2 0 +0 0 2 0 +1 0 1 1 +1 0 2 2 +1 0 1 0 +1 0 3 6 +1 0 2 4 +1 0 2 1 +1 2 4 1 +0 0 2 0 +1 1 3 1 +0 0 3 0 +1 0 2 0 +1 3 4 0 +1 1 2 0 +1 2 3 0 +1 1 2 0 diff --git a/data/capdesfo.rda b/data/capdesfo.rda new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..409051f48470193b128a5bf4e8fa110fc3f52316 Binary files /dev/null and b/data/capdesfo.rda differ diff --git a/data/capmosca.rda b/data/capmosca.rda new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..1087dfc9ffa2ce52e9f61949c004ad2918d5795d Binary files /dev/null and b/data/capmosca.rda differ diff --git a/data/ninfas.rda b/data/ninfas.rda new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..8875ab6805a1ca96df3fbc681360ef8372fc4674 Binary files /dev/null and b/data/ninfas.rda differ diff --git a/data/peixe.rda b/data/peixe.rda new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..3959e8a580d8b0e098e52d113b9c1da04acc86df Binary files /dev/null and b/data/peixe.rda differ diff --git a/man/capdesfo.Rd b/man/capdesfo.Rd new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..6ef6df2eb6053b3f77600cb0da8f23e214f2a4d8 --- /dev/null +++ b/man/capdesfo.Rd @@ -0,0 +1,76 @@ +% Generated by roxygen2: do not edit by hand +% Please edit documentation in R/capdesfo.R +\name{capdesfo} +\alias{capdesfo} +\title{Capulhos de Algodão em Função de Desfolha Artificial} +\format{Um code{data.frame} com 125 observações e 4 variáveis + +\describe{ + +\item{\code{est}}{Um fator categórico com 5 níveis que representa o + estágio fenológico da planto durante a aplicação da desfolha.} + +\item{\code{des}}{Um fator numérico com 5 níveis que representa o + nível de desfolha artificial (percentual da área da folha} + removida com tesoura) aplicada a todas as folhas na planta. + +\item{\code{rept}}{Inteiro que representa cada unidade experimental.} + +\item{\code{ncap}}{Inteiro que representa o número de capulhos de + algodão produzidos ao final da ciclo cultura.} +}} +\description{ +Experimento conduzido sob delineamento interamente + casualizado com 5 repetições em casa de vegetação com plantas de + algodão \emph{Gossypium hirsutum} submetidas à diferentes níveis + de desfolha artificial de remoção foliar, em combinação com o + estágio fenológico no qual a desfolha foi aplicada. A unidade + experimental foi um vaso com duas plantas onde avaliou-se o + número de capulhos produzidos ao final da ciclo cultura. +} +\examples{ +data(capdesfo) +str(capdesfo) + +library(lattice) + +xyplot(ncap ~ des | est, + data = capdesfo, + layout = c(NA, 2), + type = c("p", "smooth"), + xlab = "Níveis de desfolha artificial", + ylab = "Número de capulhos produzidos", + xlim = extendrange(c(0:1), f = 0.15), + jitter.x = TRUE, + grid = TRUE) + +# Média e variância amostral para cada unidade experimental +(mv <- aggregate(ncap ~ est + des, data = capdesfo, + FUN = function(x) c(mean = mean(x), var = var(x)))) +xlim <- ylim <- extendrange(c(mv$ncap), f = 0.05) + +# Evidência de subdispersão +xyplot(ncap[, "var"] ~ ncap[, "mean"], + data = mv, + xlim = xlim, + ylim = ylim, + ylab = "Variância Amostral", + xlab = "Média Amostral", + panel = function(x, y) { + panel.xyplot(x, y, type = c("p", "r"), grid = TRUE) + panel.abline(a = 0, b = 1, lty = 2) + }) +} +\references{ +Silva, A. M., Degrande, P. E., Suekane, R., Fernandes, + M. G., & Zeviani, W. M. (2012). Impacto de diferentes níveis de + desfolha artificial nos estádios fenológicos do + algodoeiro. Revista de Ciências Agrárias, 35(1), 163–172. + +Zeviani, W. M., Ribeiro, P. J., Bonat, W. H., Shimakura, S. E., & + Muniz, J. A. (2014). The Gamma-count distribution in the analysis + of experimental underdispersed data. Journal of Applied + Statistics, 41(12), + 1–11. \url{http://doi.org/10.1080/02664763.2014.922168} +} + diff --git a/man/capmosca.Rd b/man/capmosca.Rd new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..03b82da5ac45ddb1d65469087761e8a744d5793b --- /dev/null +++ b/man/capmosca.Rd @@ -0,0 +1,77 @@ +% Generated by roxygen2: do not edit by hand +% Please edit documentation in R/capmosca.R +\name{capmosca} +\alias{capmosca} +\title{Capulhos de Algodão em Função da Exposição à Mosca Branca} +\format{Um \code{data.frame} com 60 observações e 8 variáveis. + \describe{ + +\item{\code{dexp}}{Inteiro com 6 valores que representa os dias de + exposição à alta infestação de Mosca-Branca.} + +\item{\code{vaso}}{Fator que indica o vaso no qual foram mensurados + os componentes de produção do algodão.} + +\item{\code{planta}}{Fator que indica a planta na qual foram + mensurados os componentes de produção do algodão.} + +\item{\code{alt}}{Altura da planta, mensurada em centímetros.} + +\item{\code{pesocap}}{Peso dos capulhos de algodão, mesurado para + cada vaso (que contém duas plantas). No \code{data.frame} somente + a primeira planta do vaso contém a observação do peso.} + +\item{\code{nerep}}{Contagem do número de estruturas reprodutivas da + planta.} + +\item{\code{ncapu}}{Contagem do número de capulhos produzidos.} + +\item{\code{nnos}}{Contagem do número de nós da planta.} + +}} +\description{ +Experimento conduzido na Universidade Federal da Grande + Dourados (UFGD) em 2007, cujo objetivo foi avaliar os impactos da + exposição de plantas à alta infestação de Mosca-Branca + \emph{Bemisia tabaci} em componentes de produção do algodão. No + experimento, plantas de algodão foram expostas à alta infestação + da praga por períodos diferentes e ao final do experimento + avaliou-se o número de capulhos produzidos, o número de + estruturas reprodutivas, o número de nós, a altura da planta e o + peso dos capulhos por vaso. A condução do estudo deu-se via + delineamento interamente casualizado com 5 vasos, contendo duas + plantas, para cada período de exposição. +} +\examples{ +data(capmosca) +str(capmosca) + +library(lattice) + +# Número de capulhos produzidos por vaso +da <- aggregate(ncapu ~ vaso + dexp, data = capmosca, FUN = sum) +xyplot(ncapu ~ dexp, + data = da, + jitter.x = TRUE, + type = c("p", "g", "smooth")) + +# Número de capulhos produzidos por planta +xyplot(ncapu ~ dexp, groups = planta, + data = capmosca, + jitter.x = TRUE, + type = c("p", "g", "smooth")) + +# Número de estruturas reprodutivas da planta +xyplot(nerep ~ dexp, groups = planta, + data = capmosca, + jitter.x = TRUE, + type = c("p", "g", "smooth")) + +# Número de nós da planta +xyplot(nnos ~ dexp, groups = planta, + data = capmosca, + jitter.x = TRUE, + type = c("p", "g", "smooth")) + +} + diff --git a/man/ninfas.Rd b/man/ninfas.Rd new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..b4925cff0fb4bcc3342309421367eed00a6d078d --- /dev/null +++ b/man/ninfas.Rd @@ -0,0 +1,72 @@ +% Generated by roxygen2: do not edit by hand +% Please edit documentation in R/ninfas.R +\name{ninfas} +\alias{ninfas} +\title{Ninfas de Mosca-Branca em Lavoura de Soja} +\format{Um \code{data.frame} com 240 observações e 8 variáveis. + \describe{ + +\item{\code{data}}{Data em que foram avaliadas as plantas de soja.} + +\item{\code{dias}}{Inteiro que indica o número de dias após o + experimento no ato da avaliação.} + +\item{\code{cult}}{Fator com a identificação da cultivar de + soja. Foram 10 cultivares avaliadas neste experimento.} + +\item{\code{bloco}}{Fator com 4 níveis que representam os blocos + utilizados para controle de variação local.} + +\item{\code{nsup}}{Número de ninfas de mosca-branca nos folíolos do + terço superior.} + +\item{\code{nmed}}{Número de ninfas de mosca-branca nos folíolos do + terço médio.} + +\item{\code{ninf}}{Número de ninfas de mosca-branca nos folíolos do + terço inferior.} + +\item{\code{ntot}}{Número de ninfas de mosca-branca considerando + todos os folíolos (soma de \code{nsup}, \code{nmed}, + \code{ntot}).} + +}} +\description{ +Experimento conduzido em casa de vegetação sob o + delineamento de blocos casualizados. No experimento foram + avaliadas plantas de diferentes cultivares de soja contabilizando + o número de ninfas de mosca-branca nos folíolos dos terços + superior, médio e inferior das plantas. As avaliações ocorreram + em 6 datas dentre os 38 dias do estudo. +} +\examples{ +data(ninfas) +str(ninfas) + +library(lattice) + +xyplot(ntot ~ dias | cult, + data = ninfas, + type = c("p", "spline"), + grid = TRUE, + as.table = TRUE, + layout = c(NA, 2)) + +# Somente as cultivares que contém BRS na identificação +da <- droplevels(subset(ninfas, grepl("BRS", x = cult))) + +xyplot(ntot ~ dias | cult, + data = da, + type = c("p", "spline"), + grid = TRUE, + as.table = TRUE, + layout = c(NA, 2)) +} +\references{ +Suekane, R., Degrande, P. E., de Lima Junior, I. S., de + Queiroz, M. V. B. M., & Rigoni, E. R. (2013). Danos da + Mosca-Branca Bemisia Tabaci e distribuição vertical das ninfas em + cultivares de soja em casa de vegetação. Arquivos do Instituto + Biológico, 80(2), 151-158. +} + diff --git a/man/peixe.Rd b/man/peixe.Rd new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..5d031de2bb260c1e895bc0bd1c1afdf589141ce5 --- /dev/null +++ b/man/peixe.Rd @@ -0,0 +1,48 @@ +% Generated by roxygen2: do not edit by hand +% Please edit documentation in R/peixe.R +\name{peixe} +\alias{peixe} +\title{Peixes Capturados por Pescadores em um Parque Estadual} +\format{Um \code{data.frame} com 250 observações e 4 variáveis. + \describe{ + +\item{\code{campista}}{Fator com dois níveis que representa a + presença (\code{1}) ou ausência (\code{0}) de um campista no + grupo.} + +\item{\code{ncriancas}}{Número de crianças no grupo.} + +\item{\code{npessoas}}{Número total de pessoas no grupo.} + +\item{\code{npeixes}}{Número de peixes capturados pelo grupo.} + +}} +\description{ +Dados sobre 250 grupos que foram ao parque ao parque + estadual para pescar. As informações coletadas foram refentes a + presenção ou não de um campista, ao número de crianças no grupo e + ao número de indivíduos no grupo. +} +\examples{ + +data(peixe) +(proptb <- prop.table(table(peixe$npeixes))) +plot(proptb) + +library(lattice) +# Contagens (marginal aos efeitos das covariáveis) +histogram(~npeixes, data = peixe, nint = 50) + +# Contagens com relação as covariáveis +xyplot(npeixes ~ ncriancas + npessoas, + groups = campista, + data = peixe, + jitter.x = TRUE, + type = c("p", "g", "smooth")) + +} +\references{ +Calvin, J. A. (1998). Regression Models for Categorical + and Limited Dependent Variables. Technometrics, 40(1), 80-81. +} +