diff --git a/vignettes/v01_poisson.Rmd b/vignettes/v01_poisson.Rmd
index 183076fa6d5ab00a7484af421acc1acc7dec7bff..397273e0181e8d5fb3bd20871b6eeaffea19619e 100644
--- a/vignettes/v01_poisson.Rmd
+++ b/vignettes/v01_poisson.Rmd
@@ -18,9 +18,6 @@ source("_setup.R")
```{r}
library(MRDCr)
-```
-
-```{r}
# help(soja)
ls("package:MRDCr")
diff --git a/vignettes/v02_quase_poisson.Rmd b/vignettes/v02_quase_poisson.Rmd
index eb8a1256445da371e29a376fcbfcdb922f0ad155..00379ec14192ff756328a68c61cd25a3e42cd18e 100644
--- a/vignettes/v02_quase_poisson.Rmd
+++ b/vignettes/v02_quase_poisson.Rmd
@@ -25,9 +25,6 @@ ou muito reativas), submetidas a dois tipos diferentes de intervenção
A variável resposta aqui considerada é o número de mudanças na postura
corporal do animal ao longo do período de observação (3 minutos).
-```{r, echo=FALSE, include=FALSE}
-devtools::load_all()
-```
```{r, results="hide", message=FALSE}
# Pacotes requeridos.
library("lmtest")
@@ -38,19 +35,16 @@ library("RColorBrewer")
library("sandwich")
library("hnp")
library("knitr")
+library("MRDCr")
```
## Análise descritiva
```{r}
+data(postura)
str(postura)
summary(postura)
-# names(postura) <- c("npost", "trat", "linh")
-# postura <- postura[, c(2, 3, 1)]
-# use_data(postura, overwrite = TRUE)
-# tab <- xtabs(~trat + npost, data = postura)
-
bwplot(npost ~ linh | trat,
data = postura,
main = "Mudanças de postura vs tratamento e linhagem",
@@ -74,7 +68,7 @@ mdp <- aggregate(npost ~ trat + linh,
mdp
```
-## Regressão poisson com estimação por máxima verossimilhança
+## Regressão Poisson com estimação por máxima verossimilhança
```{r}
# Ajuste do modelo Poisson.
diff --git a/vignettes/v03_binomial_negativa.Rmd b/vignettes/v03_binomial_negativa.Rmd
index e6d746458c00bb40b29ff524a13ce97561cf8874..0e93cfb8fae9b23e92ab1ab6417d8400156395d9 100644
--- a/vignettes/v03_binomial_negativa.Rmd
+++ b/vignettes/v03_binomial_negativa.Rmd
@@ -27,7 +27,6 @@ seguintes variáveis:
```{r, results = "hide", message = FALSE}
# Pacotes necessários.
-
library(lattice)
library(MASS)
library(effects)
@@ -325,3 +324,7 @@ cat(format(Sys.time(),
format = "Atualizado em %d de %B de %Y.\n\n"))
sessionInfo()
```
+
+```{r, include=FALSE}
+detach("package:effects")
+```
diff --git a/vignettes/v04_poisson_generalizada.Rmd b/vignettes/v04_poisson_generalizada.Rmd
index d64a1fbd551f9210965a99a9bd2feaece1e2a379..d4c949b02ac0ced659123a46d7355844cf8a3a9a 100644
--- a/vignettes/v04_poisson_generalizada.Rmd
+++ b/vignettes/v04_poisson_generalizada.Rmd
@@ -16,7 +16,6 @@ source("_setup.R")
```{r, message=FALSE, error=FALSE, warning=FALSE}
# Definições da sessão.
-# devtools::load_all("../")
library(lattice)
library(latticeExtra)
library(bbmle)
diff --git a/vignettes/v05_compoisson.Rmd b/vignettes/v05_compoisson.Rmd
index a1a6bcd58f752607b6ecdc18b9ee5bd905eec1b1..3da64558df320d18b5e9d592c0e23b71123143a8 100755
--- a/vignettes/v05_compoisson.Rmd
+++ b/vignettes/v05_compoisson.Rmd
@@ -39,42 +39,37 @@ $\lambda_i = \exp(X_i\beta)$
* Reparametrização do parâmetro $\nu$ para $\phi = \log(\nu)$. Assim o
espaço paramétrico do modelo são os reais $\Re^n$.
-
+
* Truncamento da série infinita $Z(\lambda_i)$. `sumto` é tomado como
argumento da função.
* Para o cálculo de $Z(\lambda_i)$ faz-se, minimizando problemas de
_overflow_
$$
-\sum_{j=0}^\infty \lambda_i^j (j!)^{-\nu} =
+\sum_{j=0}^\infty \lambda_i^j (j!)^{-\nu} =
\sum_{j=0}^\infty \exp \left ( \log \left(
- \lambda_i^j (j!)^{-\nu} \right ) \right ) =
+ \lambda_i^j (j!)^{-\nu} \right ) \right ) =
\sum_{j=0}^\infty \exp(i \log(\lambda_i) - \nu \log(i!))
$$
```{r}
-
llcmp
-
```
## Ajuste geral ##
_Framework_ implementado em R que utiliza a forma de escrita de
-preditores no estilo de fórmulas, similar as funções `lm`, `glm`.
+preditores no estilo de fórmulas, similar as funções `lm`, `glm`.
```{r}
-
cmp
-
```
Um exemplo de como são construídas as matrizes, definidos os chutes
iniciais e ajustados os modelos na função:
```{r}
-
set.seed(2016)
x <- rep(1:3, 3)
y <- rpois(9, lambda = x)
@@ -303,7 +298,7 @@ key <- list(
rect = list(col = cols, alpha = 0.1, lty = 3, border = NA),
text = list(c("COM-Poisson", "Poisson")))
-## Gráfico dos valores preditos e IC de 95% para média
+## Gráfico dos valores preditos e IC de 95% para média
update(xy, type = c("p", "g"), key = key, alpha = 0.7) +
as.layer(xyplot(fit ~ dexp,
groups = modelo,
@@ -699,14 +694,14 @@ xy1 <- xyplot(nvag ~ K | umid, data = soja,
as.table = TRUE,
strip = strip.custom(
strip.names = TRUE, var.name = "Umidade")) +
- as.layer(
+ as.layer(
segplot(
K ~ lwr + upr | umid,
centers = fit, groups = modelo, data = da.nv,
grid = TRUE, horizontal = FALSE, draw = FALSE,
lwd = 2, pch = 1:nlevels(da$modelo) + 3,
panel = panel.segplot.by, f = 0.1, as.table = TRUE)
- )
+ )
xy2 <- xyplot(ngra ~ K | umid, data = soja,
xlab = "Nível de adubação potássica",
@@ -717,14 +712,14 @@ xy2 <- xyplot(ngra ~ K | umid, data = soja,
as.table = TRUE,
strip = strip.custom(
strip.names = TRUE, var.name = "Umidade")) +
- as.layer(
+ as.layer(
segplot(
K ~ lwr + upr | umid,
centers = fit, groups = modelo, data = da.ng,
grid = TRUE, horizontal = FALSE, draw = FALSE,
lwd = 2, pch = 1:nlevels(da$modelo) + 3,
panel = panel.segplot.by, f = 0.1, as.table = TRUE)
- )
+ )
## x11(width = 10, height = 50)
print(xy1, split = c(1, 1, 1, 2), more = TRUE)
@@ -733,7 +728,7 @@ print(xy2, split = c(1, 2, 1, 2), more = FALSE)
```
<!--==================================================================== -->
-<!---->
+<!---->
# Capulhos de algodão sob efeito de desfolha #
@@ -938,7 +933,7 @@ key <- list(
rect = list(col = cols, alpha = 0.1, lty = 3, border = NA),
text = list(c("COM-Poisson", "Poisson")))
-## Gráfico dos valores preditos e IC de 95% para média
+## Gráfico dos valores preditos e IC de 95% para média
update(xy, type = c("p", "g"), key = key, alpha = 0.7) +
as.layer(xyplot(fit ~ des | est,
groups = modelo,
@@ -965,7 +960,7 @@ llcmp3 <- function (params, y, X, offset = NULL, sumto = 50) {
betas <- params[-1]
phi <- params[1]
nu <- exp(phi)
- if (is.null(offset))
+ if (is.null(offset))
offset <- 0
##-------------------------------------------
## Reparametrização para a média
@@ -973,7 +968,7 @@ llcmp3 <- function (params, y, X, offset = NULL, sumto = 50) {
Xb <- nu * log(mu + (nu - 1)/(2 * nu))
##-------------------------------------------
i <- 0:sumto
- zs <- sapply(Xb, function(loglambda) sum(exp(i * loglambda -
+ zs <- sapply(Xb, function(loglambda) sum(exp(i * loglambda -
nu * lfactorial(i))))
Z <- sum(log(zs))
ll <- sum(y * Xb - nu * lfactorial(y)) - Z
@@ -993,14 +988,14 @@ cmp3 <- function (formula, data, start = NULL, sumto = NULL, ...) {
y <- model.response(frame)
X <- model.matrix(terms, frame)
## off <- model.offset(frame)
- ## if (is.null(sumto))
+ ## if (is.null(sumto))
## sumto <- ceiling(max(y)^1.5)
if (is.null(start)) {
m0 <- glm.fit(x = X, y = y, family = poisson())
start <- c(phi = 0, m0$coefficients)
}
bbmle::parnames(llcmp3) <- names(start)
- model <- bbmle::mle2(llcmp3, start = start, data = list(y = y,
+ model <- bbmle::mle2(llcmp3, start = start, data = list(y = y,
X = X), vecpar = TRUE, ...)
return(model)
}
diff --git a/vignettes/v08_misto.Rmd b/vignettes/v08_misto.Rmd
index df0274d55cdacda9a42ef4dd89cadee787650776..5ef603cbe4a89f98f2d5621fad8272769de4413e 100644
--- a/vignettes/v08_misto.Rmd
+++ b/vignettes/v08_misto.Rmd
@@ -26,10 +26,6 @@ library(multcomp)
library(MRDCr)
```
-```{r, eval=FALSE, include=FALSE}
-opts_chunk$set(eval = FALSE)
-```
-
## Acomodando superdispersão com efeito aleatório ##
```{r}
@@ -47,9 +43,6 @@ nematoide$ue <- 1:nrow(nematoide)
m2 <- glmer(nema ~ offset(log(off)) + (1 | cult) + (1 | ue),
data = nematoide, family = poisson)
summary(m2)
-
-# ???
-
```
## Número de Grãos em Soja ##
@@ -137,7 +130,6 @@ xyplot(fit ~ K | umid, data = pred,
prepanel = prepanel.cbH,
desloc = 6 * scale(as.integer(pred$modelo), scale = FALSE),
panel = panel.cbH)
-
```
## Resfriamento de Cobertura em Aviários na Mortalidade das Aves ##
@@ -296,7 +288,6 @@ xyplot(fit ~ idade | modelo, groups = resfr, data = pred,
panel.groups = panel.cbH,
panel = panel.superpose) +
as.layer(xyplot(nap ~ idade, groups = resfr, data = confterm))
-
```
## Informações da sessão