From 5b0df0aa09789ef626fc7005e2b93c58cbcdee1b Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Walmes Zeviani <walmes@ufpr.br>
Date: Thu, 21 Jul 2016 17:30:21 -0300
Subject: [PATCH] Atualiza fonte das vinhetas:

  - Remove trailing spaces and lines;
  - Carrega o pacote MRDCr.
---
 vignettes/v01_poisson.Rmd              |  3 ---
 vignettes/v02_quase_poisson.Rmd        | 12 +++------
 vignettes/v03_binomial_negativa.Rmd    |  5 +++-
 vignettes/v04_poisson_generalizada.Rmd |  1 -
 vignettes/v05_compoisson.Rmd           | 35 +++++++++++---------------
 vignettes/v08_misto.Rmd                |  9 -------
 6 files changed, 22 insertions(+), 43 deletions(-)

diff --git a/vignettes/v01_poisson.Rmd b/vignettes/v01_poisson.Rmd
index 183076f..397273e 100644
--- a/vignettes/v01_poisson.Rmd
+++ b/vignettes/v01_poisson.Rmd
@@ -18,9 +18,6 @@ source("_setup.R")
 
 ```{r}
 library(MRDCr)
-```
-
-```{r}
 # help(soja)
 ls("package:MRDCr")
 
diff --git a/vignettes/v02_quase_poisson.Rmd b/vignettes/v02_quase_poisson.Rmd
index eb8a125..00379ec 100644
--- a/vignettes/v02_quase_poisson.Rmd
+++ b/vignettes/v02_quase_poisson.Rmd
@@ -25,9 +25,6 @@ ou muito reativas), submetidas a dois tipos diferentes de intervenção
 A variável resposta aqui considerada é o número de mudanças na postura
 corporal do animal ao longo do período de observação (3 minutos).
 
-```{r, echo=FALSE, include=FALSE}
-devtools::load_all()
-```
 ```{r, results="hide", message=FALSE}
 # Pacotes requeridos.
 library("lmtest")
@@ -38,19 +35,16 @@ library("RColorBrewer")
 library("sandwich")
 library("hnp")
 library("knitr")
+library("MRDCr")
 ```
 
 ## Análise descritiva
 
 ```{r}
+data(postura)
 str(postura)
 summary(postura)
 
-# names(postura) <- c("npost", "trat", "linh")
-# postura <- postura[, c(2, 3, 1)]
-# use_data(postura, overwrite = TRUE)
-# tab <- xtabs(~trat + npost, data = postura)
-
 bwplot(npost ~ linh | trat,
        data = postura,
        main = "Mudanças de postura vs tratamento e linhagem",
@@ -74,7 +68,7 @@ mdp <- aggregate(npost ~ trat + linh,
 mdp
 ```
 
-## Regressão poisson com estimação por máxima verossimilhança
+## Regressão Poisson com estimação por máxima verossimilhança
 
 ```{r}
 # Ajuste do modelo Poisson.
diff --git a/vignettes/v03_binomial_negativa.Rmd b/vignettes/v03_binomial_negativa.Rmd
index e6d7464..0e93cfb 100644
--- a/vignettes/v03_binomial_negativa.Rmd
+++ b/vignettes/v03_binomial_negativa.Rmd
@@ -27,7 +27,6 @@ seguintes variáveis:
 
 ```{r, results = "hide", message = FALSE}
 # Pacotes necessários.
-
 library(lattice)
 library(MASS)
 library(effects)
@@ -325,3 +324,7 @@ cat(format(Sys.time(),
            format = "Atualizado em %d de %B de %Y.\n\n"))
 sessionInfo()
 ```
+
+```{r, include=FALSE}
+detach("package:effects")
+```
diff --git a/vignettes/v04_poisson_generalizada.Rmd b/vignettes/v04_poisson_generalizada.Rmd
index d64a1fb..d4c949b 100644
--- a/vignettes/v04_poisson_generalizada.Rmd
+++ b/vignettes/v04_poisson_generalizada.Rmd
@@ -16,7 +16,6 @@ source("_setup.R")
 
 ```{r, message=FALSE, error=FALSE, warning=FALSE}
 # Definições da sessão.
-# devtools::load_all("../")
 library(lattice)
 library(latticeExtra)
 library(bbmle)
diff --git a/vignettes/v05_compoisson.Rmd b/vignettes/v05_compoisson.Rmd
index a1a6bcd..3da6455 100755
--- a/vignettes/v05_compoisson.Rmd
+++ b/vignettes/v05_compoisson.Rmd
@@ -39,42 +39,37 @@ $\lambda_i = \exp(X_i\beta)$
 
 * Reparametrização do parâmetro $\nu$ para $\phi = \log(\nu)$. Assim o
   espaço paramétrico do modelo são os reais $\Re^n$.
-  
+
 * Truncamento da série infinita $Z(\lambda_i)$. `sumto` é tomado como
   argumento da função.
 
 * Para o cálculo de $Z(\lambda_i)$ faz-se, minimizando problemas de
   _overflow_
 $$
-\sum_{j=0}^\infty \lambda_i^j (j!)^{-\nu} = 
+\sum_{j=0}^\infty \lambda_i^j (j!)^{-\nu} =
 \sum_{j=0}^\infty \exp \left ( \log \left(
-    \lambda_i^j (j!)^{-\nu} \right ) \right ) = 
+    \lambda_i^j (j!)^{-\nu} \right ) \right ) =
 \sum_{j=0}^\infty \exp(i \log(\lambda_i) - \nu \log(i!))
 $$
 
 
 ```{r}
-
 llcmp
-
 ```
 
 ## Ajuste geral ##
 
 _Framework_ implementado em R que utiliza a forma de escrita de
-preditores no estilo de fórmulas, similar as funções `lm`, `glm`. 
+preditores no estilo de fórmulas, similar as funções `lm`, `glm`.
 
 ```{r}
-
 cmp
-
 ```
 
 Um exemplo de como são construídas as matrizes, definidos os chutes
 iniciais e ajustados os modelos na função:
 
 ```{r}
-
 set.seed(2016)
 x <- rep(1:3, 3)
 y <- rpois(9, lambda = x)
@@ -303,7 +298,7 @@ key <- list(
     rect = list(col = cols, alpha = 0.1, lty = 3, border = NA),
     text = list(c("COM-Poisson", "Poisson")))
 
-## Gráfico dos valores preditos e IC de 95% para média 
+## Gráfico dos valores preditos e IC de 95% para média
 update(xy, type = c("p", "g"), key = key, alpha = 0.7) +
     as.layer(xyplot(fit ~ dexp,
                     groups = modelo,
@@ -699,14 +694,14 @@ xy1 <- xyplot(nvag ~ K | umid, data = soja,
        as.table = TRUE,
        strip = strip.custom(
            strip.names = TRUE, var.name = "Umidade")) +
-    as.layer(    
+    as.layer(
         segplot(
             K ~ lwr + upr | umid,
             centers = fit, groups = modelo, data = da.nv,
             grid = TRUE, horizontal = FALSE, draw = FALSE,
             lwd = 2, pch = 1:nlevels(da$modelo) + 3,
             panel = panel.segplot.by, f = 0.1, as.table = TRUE)
-    )    
+    )
 
 xy2 <- xyplot(ngra ~ K | umid, data = soja,
        xlab = "Nível de adubação potássica",
@@ -717,14 +712,14 @@ xy2 <- xyplot(ngra ~ K | umid, data = soja,
        as.table = TRUE,
        strip = strip.custom(
            strip.names = TRUE, var.name = "Umidade")) +
-    as.layer(    
+    as.layer(
         segplot(
             K ~ lwr + upr | umid,
             centers = fit, groups = modelo, data = da.ng,
             grid = TRUE, horizontal = FALSE, draw = FALSE,
             lwd = 2, pch = 1:nlevels(da$modelo) + 3,
             panel = panel.segplot.by, f = 0.1, as.table = TRUE)
-    )    
+    )
 
 ## x11(width = 10, height = 50)
 print(xy1, split = c(1, 1, 1, 2), more = TRUE)
@@ -733,7 +728,7 @@ print(xy2, split = c(1, 2, 1, 2), more = FALSE)
 ```
 
 <!--==================================================================== -->
-<!----> 
+<!---->
 
 # Capulhos de algodão sob efeito de desfolha #
 
@@ -938,7 +933,7 @@ key <- list(
     rect = list(col = cols, alpha = 0.1, lty = 3, border = NA),
     text = list(c("COM-Poisson", "Poisson")))
 
-## Gráfico dos valores preditos e IC de 95% para média 
+## Gráfico dos valores preditos e IC de 95% para média
 update(xy, type = c("p", "g"), key = key, alpha = 0.7) +
     as.layer(xyplot(fit ~ des | est,
                     groups = modelo,
@@ -965,7 +960,7 @@ llcmp3 <- function (params, y, X, offset = NULL, sumto = 50) {
     betas <- params[-1]
     phi <- params[1]
     nu <- exp(phi)
-    if (is.null(offset)) 
+    if (is.null(offset))
         offset <- 0
     ##-------------------------------------------
     ## Reparametrização para a média
@@ -973,7 +968,7 @@ llcmp3 <- function (params, y, X, offset = NULL, sumto = 50) {
     Xb <- nu * log(mu + (nu - 1)/(2 * nu))
     ##-------------------------------------------
     i <- 0:sumto
-    zs <- sapply(Xb, function(loglambda) sum(exp(i * loglambda - 
+    zs <- sapply(Xb, function(loglambda) sum(exp(i * loglambda -
                                                  nu * lfactorial(i))))
     Z <- sum(log(zs))
     ll <- sum(y * Xb - nu * lfactorial(y)) - Z
@@ -993,14 +988,14 @@ cmp3 <- function (formula, data, start = NULL, sumto = NULL, ...) {
     y <- model.response(frame)
     X <- model.matrix(terms, frame)
     ## off <- model.offset(frame)
-    ## if (is.null(sumto)) 
+    ## if (is.null(sumto))
     ##     sumto <- ceiling(max(y)^1.5)
     if (is.null(start)) {
         m0 <- glm.fit(x = X, y = y, family = poisson())
         start <- c(phi = 0, m0$coefficients)
     }
     bbmle::parnames(llcmp3) <- names(start)
-    model <- bbmle::mle2(llcmp3, start = start, data = list(y = y, 
+    model <- bbmle::mle2(llcmp3, start = start, data = list(y = y,
         X = X), vecpar = TRUE, ...)
     return(model)
 }
diff --git a/vignettes/v08_misto.Rmd b/vignettes/v08_misto.Rmd
index df0274d..5ef603c 100644
--- a/vignettes/v08_misto.Rmd
+++ b/vignettes/v08_misto.Rmd
@@ -26,10 +26,6 @@ library(multcomp)
 library(MRDCr)
 ```
 
-```{r, eval=FALSE, include=FALSE}
-opts_chunk$set(eval = FALSE)
-```
-
 ## Acomodando superdispersão com efeito aleatório ##
 
 ```{r}
@@ -47,9 +43,6 @@ nematoide$ue <- 1:nrow(nematoide)
 m2 <- glmer(nema ~ offset(log(off)) + (1 | cult) + (1 | ue),
             data = nematoide, family = poisson)
 summary(m2)
-
-# ???
-
 ```
 
 ## Número de Grãos em Soja ##
@@ -137,7 +130,6 @@ xyplot(fit ~ K | umid, data = pred,
        prepanel = prepanel.cbH,
        desloc = 6 * scale(as.integer(pred$modelo), scale = FALSE),
        panel = panel.cbH)
-
 ```
 
 ## Resfriamento de Cobertura em Aviários na Mortalidade das Aves ##
@@ -296,7 +288,6 @@ xyplot(fit ~ idade | modelo, groups = resfr, data = pred,
        panel.groups = panel.cbH,
        panel = panel.superpose) +
     as.layer(xyplot(nap ~ idade, groups = resfr, data = confterm))
-
 ```
 
 ## Informações da sessão
-- 
GitLab