diff --git a/vignettes/v04_poisson_generelizada.Rmd b/vignettes/v04_poisson_generelizada.Rmd index 16354ee03311cf1b00065f541e8154ed1fb54c26..26553438e8207d9207320af073ff2aee92f5b9dc 100644 --- a/vignettes/v04_poisson_generelizada.Rmd +++ b/vignettes/v04_poisson_generelizada.Rmd @@ -245,7 +245,7 @@ library(corrplot) # Função de log-Verossimilhança da Poisson Generalizada na # parametrização de modelo de regressão. -PG_ll <- function(theta, y, X, offset = NULL) { +llpg <- function(theta, y, X, offset = NULL) { # theta: vetor de parâmetros; # theta[1]: parâmetro de dispersão (alpha); # theta[-1]: parâmetro de locação (lambda); @@ -279,10 +279,10 @@ L <- list(y = y, X = cbind(rep(1, length(y)))) start <- c(alpha = 0, lambda = 1) -parnames(PG_ll) <- names(start) +parnames(llpg) <- names(start) # Como \alpha foi fixado em 1, essa ll corresponde à Poisson. -n0 <- mle2(minuslogl = PG_ll, +n0 <- mle2(minuslogl = llpg, start = start, data = L, fixed = list(alpha = 0), vecpar = TRUE) @@ -291,7 +291,7 @@ c(coef(n0)["lambda"], coef(glm(y ~ offset(log(L$offset)), family = poisson))) # Estimando o \alpha. -n1 <- mle2(PG_ll, start = start, data = L, vecpar = TRUE) +n1 <- mle2(llpg, start = start, data = L, vecpar = TRUE) coef(n1) # Perfil de verossimilhança dos parâmetros. @@ -346,10 +346,10 @@ L <- with(soja, list(y = nvag, offset = 1, X = model.matrix(m0))) # Usa as estimativas do Poisson como valore iniciais. start <- c(alpha = 0, coef(m0)) -parnames(PG_ll) <- names(start) +parnames(llpg) <- names(start) # Com alpha fixo em 0 corresponde à Poisson. -m2 <- mle2(PG_ll, start = start, data = L, +m2 <- mle2(llpg, start = start, data = L, fixed = list(alpha = 0), vecpar = TRUE) # Mesma medida de ajuste e estimativas. @@ -357,7 +357,7 @@ c(logLik(m2), logLik(m0)) cbind(coef(m2)[-1], coef(m0)) # Poisson Generalizada. -m3 <- mle2(PG_ll, start = start, data = L, vecpar = TRUE) +m3 <- mle2(llpg, start = start, data = L, vecpar = TRUE) # Teste para nulinidade do parâmetro de dispersão (H_0: alpha == 0). anova(m3, m2) @@ -512,16 +512,16 @@ summary(m0) L <- with(capdesfo, list(y = ncap, offset = 1, X = model.matrix(m0))) start <- c(alpha = log(1), coef(m0)) -parnames(PG_ll) <- names(start) +parnames(llpg) <- names(start) # Modelo Poisson também. -m2 <- mle2(PG_ll, start = start, data = L, +m2 <- mle2(llpg, start = start, data = L, fixed = list(alpha = 0), vecpar = TRUE) c(logLik(m2), logLik(m0)) # Modelo Poisson Generalizado. -m3 <- mle2(PG_ll, start = start, data = L, vecpar = TRUE) +m3 <- mle2(llpg, start = start, data = L, vecpar = TRUE) logLik(m3) anova(m3, m2) @@ -682,16 +682,16 @@ summary(m0) L <- with(ninfas, list(y = ntot, offset = off, X = model.matrix(m0))) start <- c(alpha = 0, coef(m0)) -parnames(PG_ll) <- names(start) +parnames(llpg) <- names(start) # Modelo Poisson também. -m2 <- mle2(PG_ll, start = start, data = L, +m2 <- mle2(llpg, start = start, data = L, fixed = list(alpha = 0), vecpar = TRUE) c(logLik(m2), logLik(m0)) # Modelo Poisson Generalizado. -m3 <- mle2(PG_ll, start = start, data = L, vecpar = TRUE) +m3 <- mle2(llpg, start = start, data = L, vecpar = TRUE) logLik(m3) anova(m3, m2)