diff --git a/R/PaulinoEx10.1.R b/R/PaulinoEx10.1.R new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..cc165abb18a1e3a9bb0ddf2b5329c862c52e1993 --- /dev/null +++ b/R/PaulinoEx10.1.R @@ -0,0 +1,34 @@ +#' @name PaulinoEx10.1 +#' @title Efeito da Radiação Gama na Formação de Múltiplos Micronúcleos +#' @description Estudo em que o objetivo é avaliar o efeito da dose de +#' radiação gama (em centigrays) na formação de múltiplos +#' micronúcleos em células de indivíduos normais. +#' @format Um \code{data.frame} com 8 observações e 3 variáveis, em que +#' +#' \describe{ +#' +#' \item{\code{dose}}{Dose de radiação gama (cGy).} +#' +#' \item{\code{freq}}{Frequência de células com múltiplos micronúcleos.} +#' +#' \item{\code{total}}{Total de células examinadas.} +#' +#' } +#' @keywords binomial +#' @source PAULINO; SINGER (2006), Exercício 10.1, pág. 367. +#' @examples +#' +#' data(PaulinoEx10.1) +#' +#' str(PaulinoEx10.1) +#' +#' barplot(PaulinoEx10.1$freq/PaulinoEx10.1$total, +#' col = "darkturquoise", +#' names.arg = PaulinoEx10.1$dose, +#' ylim = c(0, 0.20), +#' xlab = "Dose de radiação", +#' ylab = "Proporção de células com múltiplos micronúcleos", +#' las = 1) +#' +#' +NULL \ No newline at end of file diff --git a/R/PaulinoEx10.6.R b/R/PaulinoEx10.6.R new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..307396cfe6642cc36b6c44704047ea2d84c25f22 --- /dev/null +++ b/R/PaulinoEx10.6.R @@ -0,0 +1,50 @@ +#' @name PaulinoEx10.6 +#' @title Hipertensão Arterial Medida Através da Sensibilidade ao Sal +#' @description Em um estudo sobre hipertensão arterial, pacientes foram +#' avaliados quanto a sensibilidade ao sal através de um método +#' usual e um método experimental (utiliza a fludrocortizona como +#' agente potencializador da sensibilidade). Sob cada método, o +#' paciente foi classificado em uma de três categorias: sensível ao +#' sal, inconclusivo e insensível ao sal. +#' @format Um \code{data.frame} com 18 observações e 4 variáveis, em que +#' +#' \describe{ +#' +#' \item{\code{estudo}}{Estudo em que os indivíduos foram avaliados (1 ou 2).} +#' +#' \item{\code{usual}}{Avaliação segundo o método usual (insensível, +#' inconclusivo ou sensível ao sal).} +#' +#' \item{\code{exper}}{Avaliação segundo o método experimental +#' (insensível, inconclusivo ou sensível ao sal).} +#' +#' \item{\code{freq}}{Número de pacientes avaliados.} +#' +#' } +#' @keywords TC dicotômica +#' @source PAULINO; SINGER (2006), Exercício 10.6, pág. 368. +#' @examples +#' +#' data(PaulinoEx10.6) +#' +#' str(PaulinoEx10.6) +#' +#' xt <- xtabs(freq ~ ., data = PaulinoEx10.6) +#' ftable(xt) +#' +#' library(lattice) +#' +#' barchart(xt, +#' horizontal = FALSE, +#' beside = FALSE, +#' stack = FALSE, +#' auto.key = list(space = "top", columns = 3, cex.title = 1, +#' rectangles = TRUE, points = FALSE, +#' title = "Método experimental"), +#' xlab = "Estudo", +#' ylab = "Frequências", +#' strip = strip.custom( +#' strip.names = TRUE, +#' var.name = "método usual")) +#' +NULL \ No newline at end of file diff --git a/R/PaulinoTb10.4.R b/R/PaulinoTb10.4.R new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..a09ee355facf1e8716d810e13b4104ca9c4b6567 --- /dev/null +++ b/R/PaulinoTb10.4.R @@ -0,0 +1,52 @@ +#' @name PaulinoTb10.4 +#' @title Suscetibilidade à Síndrome de Malária Cerebral +#' @description Estudo de genética experimental cujo objetivo é mapear +#' a suscetibilidade à síndrome de malária cerebral (SMC) em +#' camundongos. Para a realização do estudo, foram considerados os +#' genótipos em dois loci, identificados como relevantes para o +#' fenótipo (doença) em causas em animais de progenia F2 resultantes +#' do retrocruzamento da progenia F1 (obtida por cruzamento entre +#' uma estripe suscetível (s) e outra resistente (r)) com os seus +#' progenitores da estripe suscetível. +#' @format Um \code{data.frame} com 8 observações e 4 variáveis, em que +#' +#' \describe{ +#' +#' \item{\code{locus1}}{Genótipos localizados no locus 1.} +#' +#' \item{\code{locus2}}{Genótipos no locus 2.} +#' +#' \item{\code{smc}}{Suscetibilidade ao SMC (suscetíveis ou resistentes).} +#' +#' \item{\code{freq}}{Número de camundongos.} +#' +#' } +#' @keywords TC binomial +#' @source PAULINO; SINGER (2006), Tabela 10.4, pág. 361. +#' @examples +#' +#' data(PaulinoTb10.4) +#' +#' str(PaulinoTb10.4) +#' +#' xt <- xtabs(freq ~ ., data = PaulinoTb10.4) +#' ftable(xt) +#' +#' library(lattice) +#' +#' barchart(freq ~ locus1 | locus2, groups = smc, +#' data = PaulinoTb10.4, +#' horizontal = FALSE, +#' beside = FALSE, +#' stack = FALSE, +#' auto.key = list(space = "top", columns = 2, cex.title = 1, +#' rectangles = TRUE, points = FALSE, +#' title = "SMC"), +#' xlab = "Locus1", +#' ylab = "Frequências", +#' ylim = c(0,45), +#' strip = strip.custom( +#' strip.names = TRUE, +#' var.name = "Locus2")) +#' +NULL \ No newline at end of file diff --git a/data-raw/PaulinoEx10.1.txt b/data-raw/PaulinoEx10.1.txt new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..dc737dd964be403d684072afe385d6b493be6a69 --- /dev/null +++ b/data-raw/PaulinoEx10.1.txt @@ -0,0 +1,9 @@ +dose freq total +0 1 2373 +20 6 2662 +50 25 1991 +100 47 2047 +200 82 2611 +300 207 2442 +400 254 2398 +500 285 1746 diff --git a/data-raw/PaulinoEx10.6.txt b/data-raw/PaulinoEx10.6.txt new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..55fa15c10775b15bff5f13c09fefdc6cc2458336 --- /dev/null +++ b/data-raw/PaulinoEx10.6.txt @@ -0,0 +1,19 @@ +estudo usual exper freq +1 insensivel insensivel 5 +1 insensivel inconclusivo 2 +1 insensivel sensivel 2 +1 inconclusivo insensivel 1 +1 inconclusivo inconclusivo 3 +1 inconclusivo sensivel 1 +1 sensivel insensivel 2 +1 sensivel inconclusivo 2 +1 sensivel sensivel 9 +2 insensivel insensivel 3 +2 insensivel inconclusivo 2 +2 insensivel sensivel 2 +2 inconclusivo insensivel 3 +2 inconclusivo inconclusivo 5 +2 inconclusivo sensivel 2 +2 sensivel insensivel 5 +2 sensivel inconclusivo 3 +2 sensivel sensivel 8 diff --git a/data-raw/PaulinoTb10.4.txt b/data-raw/PaulinoTb10.4.txt new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..622259968c98a488ebde1b3385183fb42140d897 --- /dev/null +++ b/data-raw/PaulinoTb10.4.txt @@ -0,0 +1,9 @@ +locus1 locus2 smc freq +s1s1 s2s2 suscetiveis 35 +s1s1 s2s2 resistentes 10 +s1s1 s2r2 suscetiveis 25 +s1s1 s2r2 resistentes 23 +s1r1 s2s2 suscetiveis 27 +s1r1 s2s2 resistentes 21 +s1r1 s2r2 suscetiveis 9 +s1r1 s2r2 resistentes 40 diff --git a/data/PaulinoEx10.1.rda b/data/PaulinoEx10.1.rda new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..fe1ccb89e22110edabc259f775fd3c06068db422 Binary files /dev/null and b/data/PaulinoEx10.1.rda differ diff --git a/data/PaulinoEx10.6.rda b/data/PaulinoEx10.6.rda new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..dbaba756aba44ed698b59996681d9251ee8e63d2 Binary files /dev/null and b/data/PaulinoEx10.6.rda differ diff --git a/data/PaulinoTb10.4.rda b/data/PaulinoTb10.4.rda new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..872cde8a9052b36385e548d09daf946008ec5e01 Binary files /dev/null and b/data/PaulinoTb10.4.rda differ diff --git a/man/PaulinoEx10.1.Rd b/man/PaulinoEx10.1.Rd new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..33257984d44d873efe23f597be2d480fcef80b57 --- /dev/null +++ b/man/PaulinoEx10.1.Rd @@ -0,0 +1,46 @@ +% Generated by roxygen2: do not edit by hand +% Please edit documentation in R/PaulinoEx10.1.R +\name{PaulinoEx10.1} +\alias{PaulinoEx10.1} +\title{Efeito da Radiação Gama na Formação de Múltiplos Micronúcleos} +\format{Um \code{data.frame} com 8 observações e 3 variáveis, em que + +\describe{ + +\item{\code{dose}}{Dose de radiação gama (cGy).} + +\item{\code{freq}}{Frequência de células com múltiplos micronúcleos.} + +\item{\code{total}}{Total de células examinaddas.} + +}} +\source{ +PAULINO; SINGER (2006), Exercício 10.1, pág. 367. +} +\description{ +Estudo em que o objetivo é avaliar o efeito da dose de + radiação gama (em centigrays) na formação de múltiplos + micronúcleos em células de indivíduos normais. +} +\examples{ + +data(PaulinoEx10.1) + +str(PaulinoEx10.1) + +barplot(PaulinoEx10.1$freq, + col = "darkturquoise", + names.arg = PaulinoEx10.1$dose, + ylim = c(0, 300), + xlab = "Dose de radiação", + ylab = "Frequência") + +library(lattice) + +xyplot(freq/total ~ dose, data = PaulinoEx10.1, + xlab = "Dose de radiação", + ylab = "Proporção de células") + +} +\keyword{binomial} + diff --git a/man/PaulinoEx10.6.Rd b/man/PaulinoEx10.6.Rd new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..17fd77f703fbb442734dd4683dd98dee7fcef84c --- /dev/null +++ b/man/PaulinoEx10.6.Rd @@ -0,0 +1,59 @@ +% Generated by roxygen2: do not edit by hand +% Please edit documentation in R/PaulinoEx10.6.R +\name{PaulinoEx10.6} +\alias{PaulinoEx10.6} +\title{Hipertensão Arterial Medida Através da Sensibilidade ao Sal} +\format{Um \code{data.frame} com 18 observações e 4 variáveis, em que + +\describe{ + +\item{\code{estudo}}{Paciente avaliado no estudo 1 ou 2.} + +\item{\code{usual}}{Avaliação segundo o método usual (insensível, + inconclusivo ou sensível ao sal).} + +\item{\code{exper}}{Avaliação segundo o método experimental + (insensível, inconclusivo ou sensível ao sal).} + +\item{\code{freq}}{Número de pacientes avaliados.} + +}} +\source{ +PAULINO; SINGER (2006), Exercício 10.6, pág. 368. +} +\description{ +Em um estudo sobre hipertensão arterial, pacientes foram + avaliados quanto a sensibilidade ao sal através de um método + usual e um método experimental (utiliza a fludrocortizona como + agente potencializador da sensibilidade). Sob cada método, o + paciente foi classificado em uma das três categorias: sensível ao + sal, inconclusivo e insensível ao sal. +} +\examples{ + +data(PaulinoEx10.6) + +str(PaulinoEx10.6) + +xt <- xtabs(freq ~ ., data = PaulinoEx10.6) +ftable(xt) + +library(lattice) + +barchart(xt, + horizontal = FALSE, + beside = FALSE, + stack = FALSE, + auto.key = list(space = "top", columns = 3, cex.title = 1, + rectangles = TRUE, points = FALSE, + title = "Método experimental"), + xlab = "Estudo", + ylab = "Frequências", + strip = strip.custom( + strip.names = TRUE, + var.name = "método usual")) + +} +\keyword{TC} +\keyword{dicotômica} + diff --git a/man/PaulinoTb10.4.Rd b/man/PaulinoTb10.4.Rd new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..81914c1bdcf522bc129cbe87cc92263169ded8b1 --- /dev/null +++ b/man/PaulinoTb10.4.Rd @@ -0,0 +1,60 @@ +% Generated by roxygen2: do not edit by hand +% Please edit documentation in R/PaulinoTb10.4.R +\name{PaulinoTb10.4} +\alias{PaulinoTb10.4} +\title{Suscetibilidade à Síndrome de Malária Celebral} +\format{Um \code{data.frame} com 8 observações e 4 variáveis, em que + +\describe{ + +\item{\code{locus1}}{Genótipos localizados no locus 1.} + +\item{\code{locus2}}{Genótipos no locus 2.} + +\item{\code{smc}}{Suscetibilidade ao SMC (suscetíveis, resistentes).} + +\item{\code{freq}}{Número de camundongos.} + +}} +\source{ +PAULINO; SINGER (2006), Tabela 10.4, pág. 361. +} +\description{ +Estudo de genética experimental cujo objetivo é mapear + a suscetibilidade à síndrome de malária celebral (SMC) em + camundongos. Para a realização do estudo, foram considerados os + genótipos em dois loci, identificados como relevantes para o + fenótipo (doença) em causas em animais de progenia F2 resultantes + do retrocruzamento da progenia F1 (obtida por cruzamento entre + uma estripe suscetível (s) e outra resistente (r)) com os seus + progenitores da estripe suscetível. +} +\examples{ + +data(PaulinoTb10.4) + +str(PaulinoTb10.4) + +xt <- xtabs(freq ~ ., data = PaulinoTb10.4) +ftable(xt) + +library(lattice) + +barchart(freq ~ locus1 | locus2, groups = smc, + data = PaulinoTb10.4, + horizontal = FALSE, + beside = FALSE, + stack = FALSE, + auto.key = list(space = "top", columns = 2, cex.title = 1, + rectangles = TRUE, points = FALSE, + title = "SMC"), + xlab = "Locus1", + ylab = "Frequências", + strip = strip.custom( + strip.names = TRUE, + var.name = "Locus2")) + +} +\keyword{TC} +\keyword{binomial} +