From f6647d1f772f133005dfd78c96a1aaac7a1ba04e Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Walmes Zeviani <walmes@ufpr.br>
Date: Sat, 22 Oct 2016 13:18:47 -0200
Subject: [PATCH] Correcoes na documentacao.

---
 R/SoaresEx18.R          |  53 +++++++++++++++------------
 R/SoaresEx19.R          |  52 +++++++++++++-------------
 data-raw/SoaresEx18.txt |  14 +++----
 data-raw/SoaresEx19.txt |   2 +-
 data/SoaresEx18.rda     | Bin 256 -> 260 bytes
 data/SoaresEx19.rda     | Bin 217 -> 219 bytes
 man/SoaresEx18.Rd       |  79 +++++++++++++++-------------------------
 man/SoaresEx19.Rd       |  48 ++++++++++++------------
 8 files changed, 118 insertions(+), 130 deletions(-)

diff --git a/R/SoaresEx18.R b/R/SoaresEx18.R
index 427bee64..2a1e4800 100644
--- a/R/SoaresEx18.R
+++ b/R/SoaresEx18.R
@@ -1,40 +1,45 @@
 #' @name SoaresEx18
-#' @title Valores de creatinina fosfocinase (CFC) em 360 pacientes.
-#' @description Em um hospital do coração, foram analisados os valores 
-#'     de CFC (crestinina fosfocinase) de 360 pacientes, sendo 230 com 
-#'     infarto agudo do miocárdio.  
-#' @format Um \code{data.frame} com 6 observações e 3 variáveis.
+#' @title Valores de Creatinina Fosfocinase (CFC) em 360 Pacientes
+#' @description Em um hospital do coração, foram analisados os valores
+#'     de CFC (crestinina fosfocinase) de 360 pacientes, sendo 230 com
+#'     infarto agudo do miocárdio. Os dados estão agregados com as
+#'     frequências em cada classe.
+#' @format Um \code{data.frame} com 6 observações e 3 variáveis, em que
 #'
 #' \describe{
 #'
-#' \item{\code{cfc}}{Indice dos valores de CFC.}
+#' \item{\code{cfc}}{Índice dos valores de CFC.}
 #'
 #' \item{\code{ia}}{Infarto agudo presente ou não presente.}
 #'
-#' \item{exp}{Variável explicativa com os valores obtidos.}
+#' \item{\code{freq}}{Número de pacientes em cada classe.}
 #'
 #' }
 #' @keywords AAS
-#' @source Introdução à estatística médica/José Francisco Soares e 
-#'     Arminda lucia Siqueira. 2.ed. Belo Horizonte: COOPMED, 2002. 
-#'     Ex 18, pg 127.
+#' @source SOARES; SIQUEIRA (2002), página TODO, exercício 18.
 #' @examples
 #'
 #' library(lattice)
-#' data(SoaresEx18)
 #'
-#' coleta <- xtabs(exp ~ cfc + ia, data = SoaresEx18)
-#' barchart(coleta, horizontal = FALSE, 
-#'     stack = FALSE,
-#'     scales = list(x = list(labels = c("CFC < 80","CFC >= 280",
-#'     "80 <= CFC < 280"))),
-#'     ylab = "Frequência",
-#'     xlab = "CFC",
-#'     main = "Valores de creatinina fosfocinase (CFC) em 360 pacientes",
-#'     auto.key = list(corner = c(0.75, 0.95), 
-#'     text = c("não", 
-#'     'sim')))
-#' 
-#' 
+#' data(SoaresEx18)
+#' str(SoaresEx18)
+#'
+#' coletac <- xtabs(freq ~ cfc + ia, data = SoaresEx18)
+#' addmargins(coletac)
+#'
+#' barchart(coletac,
+#'          horizontal = FALSE,
+#'          stack = FALSE,
+#'          scales = list(x = list(labels = c("CFC < 80",
+#'                                            "80 <= CFC < 279",
+#'                                            "CFC >= 279"))),
+#'          ylab = "Frequência",
+#'          xlab = "CFC",
+#'          auto.key = list(title = "Infato do miocardio",
+#'                          cex.title = 1.1,
+#'                          columns = 2,
+#'                          text = c("não", "sim")))
+#'
+#' mosaicplot(coletac)
 #'
 NULL
diff --git a/R/SoaresEx19.R b/R/SoaresEx19.R
index a32c9f7d..e0504763 100644
--- a/R/SoaresEx19.R
+++ b/R/SoaresEx19.R
@@ -1,19 +1,19 @@
 #' @name SoaresEx19
-#' @title Eficácia do exame clínico neurológico
+#' @title Eficácia do Exame Clínico Neurológico
 #' @description A hemorragia peri-intraventricular (HPIV) é uma das
 #'     causas mais frequentes de agressão ao sistema nervoso central no
-#'     período de neonatal e a segunda causa mais frequente de morte em 
-#'     prematuros. Atualmente, o método de escolha para diagnóstico 
+#'     período de neonatal e a segunda causa mais frequente de morte em
+#'     prematuros. Atualmente, o método de escolha para diagnóstico
 #'     consiste em técnicas não invasivas (ultra-sonografia e tomografia
-#'     computacionalizada). Tavares (1995) estudou a ocorrência desta 
-#'     enfermidade em 120 dos 129 recém-nascidos com peso menor que 
-#'     2000 g, nascidos no Hospital das Clínias da UFMG, no peíodo de 
+#'     computacionalizada). Tavares (1995) estudou a ocorrência desta
+#'     enfermidade em 120 dos 129 recém-nascidos com peso menor que
+#'     2000 g, nascidos no Hospital das Clínias da UFMG, no peíodo de
 #'     18/01/1994 a 17/05/1995. Para avaliar a eficácia do exame clínico
 #'     neurológico, as crianças foram examinadas por um pediatra clínico
-#'     com formação em neonatologia, sem o conhecimento prévio dos 
-#'     exames ultrasonográficos, que confirmam ou não diagnóstico 
+#'     com formação em neonatologia, sem o conhecimento prévio dos
+#'     exames ultrasonográficos, que confirmam ou não diagnóstico
 #'     fornecido pelo médico.
-#' @format Um \code{data.frame} com 4 observações e 3 variáveis.
+#' @format Um \code{data.frame} com 4 observações e 3 variáveis, em que
 #'
 #' \describe{
 #'
@@ -21,29 +21,31 @@
 #'
 #' \item{\code{ex}}{Exame neurológico alterado ou normal.}
 #'
-#' \item{ef}{Eficiência do exame.}
+#' \item{\code{freq}}{Eficiência do exame.}
 #'
 #' }
 #' @keywords AAS
-#' @source Introdução à estatística médica/José Francisco Soares e 
-#'     Arminda lucia Siqueira. 2.ed. Belo Horizonte: COOPMED, 2002. 
-#'     Ex 19, pg 128.
+#' @source SOARES; SIQUEIRA (2002), pág. 128, exercício 19. TODO citar
+#'     Tavares (1995), colocar a referência completa.
 #' @examples
 #'
 #' library(lattice)
+#'
 #' data(SoaresEx19)
+#' str(SoaresEx19)
+#'
+#' a <- xtabs(freq ~ hpiv + ex, data = SoaresEx19)
+#' addmargins(a)
+#'
+#' mosaicplot(a)
 #'
-#' a <- xtabs(ef ~ hpiv + ex, data = SoaresEx19)
-#' barchart(a, horizontal = FALSE, 
-#'     stack = FALSE,
-#'     scales=list(x=list(labels=c("Ausente","Presente"))),
-#'     ylab = "Frequência",
-#'     xlab = "HPIV",
-#'     main = "Eficácia do exame clínico neurológico",
-#'     auto.key = list(corner = c(0.95, 0.95), 
-#'     text = c("Exame Neurológico Alterado", 
-#'     'Exame Neurológico Normal')))
-#' 
-#' 
+#' barchart(a,
+#'          horizontal = FALSE,
+#'          stack = FALSE,
+#'          scales = list(x = list(labels = c("Ausente", "Presente"))),
+#'          ylab = "Frequência",
+#'          xlab = "HPIV",
+#'          auto.key = list(text = c("Exame Neurológico Alterado",
+#'                                   "Exame Neurológico Normal")))
 #'
 NULL
diff --git a/data-raw/SoaresEx18.txt b/data-raw/SoaresEx18.txt
index 2259f023..916a9e48 100644
--- a/data-raw/SoaresEx18.txt
+++ b/data-raw/SoaresEx18.txt
@@ -1,7 +1,7 @@
-cfc	ia	exp
-< 80	sim	15
-< 80	não	114
-80-279	sim	118
-80-279	não	15
->279	sim	97
->279	não	1
+cfc	ia	freq
+<80	sim	15
+<80	não	114
+[80, 279)	sim	118
+[80, 279)	não	15
+>=279	sim	97
+>=279	não	1
diff --git a/data-raw/SoaresEx19.txt b/data-raw/SoaresEx19.txt
index 93ab5f99..72ce6054 100644
--- a/data-raw/SoaresEx19.txt
+++ b/data-raw/SoaresEx19.txt
@@ -1,4 +1,4 @@
-hpiv	ex	ef
+hpiv	ex	freq
 p	a	25
 p	n	13
 a	a	31
diff --git a/data/SoaresEx18.rda b/data/SoaresEx18.rda
index aef79019dfe543cb37ac7231c44612988a88775f..2e0ce427b3762bd6ef7cf0aa6ad05ae440010161 100644
GIT binary patch
literal 260
zcmZ>Y%CIzaj8qGboI82GB?H6p`YZp9PB1vA7CdKTknqq~-+RD;frEjAfkAKs!?iRi
zPq~G!s{DhmTsU%Z!G)WGTY2q+*t#l~<SH0RNii5StF^IoEniaA?7(nw0Rsc$7tWK9
zj_~w`Oq6*ME<K;eUy@B(&A>J~#$2;m^4xQF`EnuGw60J7tctVV>Wd`a{vzbm%%sCt
zX!CfU#)T_EJS%dXSr%Q=P+T@+l|i$kV1;`Kk0T3{m8th{1)KM8CDwk}kh$&js>d0h
ze*Tkvv{_Vgd2l9AiMW8%0{QB>W+rzxJEkRVI23TySL2qrRkVt8Fh>hF>n^?9zZv*=
P8ui7CTrC17fP4)A_h4k~

literal 256
zcmZ>Y%CIzaj8qGb%=a{&&A@Q1{>p!&6ATW_1y9)+BpmeB?;dbq;9%fjU=ZBEa4k(r
zD|6Ybs+n@jGEI2-eSKF>_%eSbv&-d>ipg%x0vDv%9GA@w$kj@fTh_q9*1%xGq;T(=
zm_tgQL&k)bzQ{sWwVABSj6Q1*-%+~ErmxTadHU%G+B^YUm$8IOh+CY!H-n+WWNO%?
zmv&LvhrFX*CW*C}sT>qcSSBoSsLZjWW4+mo4oQZ*OY2v2>aGvieYBrjqV#FO-U&X=
z0TG?@9>v1e%v{sl*psuB&izu;R9~;NN?JPZW6(mYbCZ`DI#kCutM`UKW?~Fb|5&aP
M+{(%JWwPZ40M7Yf&Hw-a

diff --git a/data/SoaresEx19.rda b/data/SoaresEx19.rda
index ccbd78e3e2e67ea7319057f55eb6b8c2e94b8a5e..ecb714888ee9edeffde560c163038ccea33597a6 100644
GIT binary patch
literal 219
zcmZ>Y%CIzaj8qGb)Yu)%!N9QL|AGHT9tsVN1`2Ep5)S(5e-Ah?FtBc5*wGZ~^JTHA
z$z|sYrY4z-otdu~E^Bt+nZ>N^%i}Ad67r?v5Ca2)39s7Zwh)u|Ef>{&o_q}#)=E)6
z{>I!{GWJc`o%eSqGMzYaaFxsSwUxiTs%sB4`dw6Gwvx}=)S%&+=4l{es5#+QLR^Z;
zgx%JX%#0gXU3pmgb=T!5haTBAmY)CIDf+ghN$Z2*hV5=uPj_A{zEl+Z>)4~_KA-vw
bH({=c2R1)1h*RR+uzQl`p_WG1TQ3{{hm~Ol

literal 217
zcmZ>Y%CIzaj8qGb+}5D<gMneg{{#PxJQNxj4HVcIBpme9?;dbqU|`+Auq|P#^F=jb
zUulh$iyapZzT)-eNMT@LV8~DjwfAUTaDmO?vcm~kl_tI>Lk;GID%+YJuTLn}Rb#GS
zn8YDadE#fH=9G?*O~&~XRX?|#RyE(9$gnJFGUGJ)eHSf+JF`6vL=1H}a!n*6c|5{)
zNis8T3Z1EZSn6)!r-@nG6}vOP9(jH5MCX$9{%3KuS;sy$-m%R3)b{4_nw{rU19>z>
YRa)bhF?MvQJ$mP{oJ&aT0!ust0HwHBRR910

diff --git a/man/SoaresEx18.Rd b/man/SoaresEx18.Rd
index 4526c8ac..aff7516a 100644
--- a/man/SoaresEx18.Rd
+++ b/man/SoaresEx18.Rd
@@ -1,73 +1,52 @@
 % Generated by roxygen2: do not edit by hand
-% Please edit documentation in R/SoaresEx18.R, R/SoaresTb4.9.R
+% Please edit documentation in R/SoaresEx18.R
 \name{SoaresEx18}
 \alias{SoaresEx18}
-\title{Valores de creatinina fosfocinase (CFC) em 360 pacientes.}
-\format{Um \code{data.frame} com 6 observações e 3 variáveis.
+\title{Valores de Creatinina Fosfocinase (CFC) em 360 Pacientes}
+\format{Um \code{data.frame} com 6 observações e 3 variáveis, em que
 
 \describe{
 
-\item{\code{cfc}}{Indice dos valores de CFC.}
+\item{\code{cfc}}{Índice dos valores de CFC.}
 
 \item{\code{ia}}{Infarto agudo presente ou não presente.}
 
-\item{exp}{Variável explicativa com os valores obtidos.}
+\item{\code{freq}}{Número de pacientes em cada classe.}
 
 }}
 \source{
-Introdução à estatística médica/José Francisco Soares e 
-    Arminda lucia Siqueira. 2.ed. Belo Horizonte: COOPMED, 2002. 
-    Ex 18, pg 127.
-
-Introdução à estatística médica/José Francisco Soares e 
-    Arminda lucia Siqueira. 2.ed. Belo Horizonte: COOPMED, 2002. 
-    Ex 18, pg 127.
+SOARES; SIQUEIRA (2002), página TODO, exercício 18.
 }
 \description{
-Em um hospital do coração, foram analisados os valores 
-    de CFC (crestinina fosfocinase) de 360 pacientes, sendo 230 com 
-    infarto agudo do miocárdio.
-
-Em um hospital do coração, foram analisados os valores 
-    de CFC (crestinina fosfocinase) de 360 pacientes, sendo 230 com 
-    infarto agudo do miocárdio.
+Em um hospital do coração, foram analisados os valores
+    de CFC (crestinina fosfocinase) de 360 pacientes, sendo 230 com
+    infarto agudo do miocárdio. Os dados estão agregados com as
+    frequências em cada classe.
 }
 \examples{
 
 library(lattice)
-data(SoaresEx18)
-
-coleta <- xtabs(exp ~ cfc + ia, data = SoaresEx18)
-barchart(coleta, horizontal = FALSE, 
-    stack = FALSE,
-    scales = list(x = list(labels = c("CFC < 80","CFC >= 280",
-    "80 <= CFC < 280"))),
-    ylab = "Frequência",
-    xlab = "CFC",
-    main = "Valores de creatinina fosfocinase (CFC) em 360 pacientes",
-    auto.key = list(corner = c(0.75, 0.95), 
-    text = c("não", 
-    'sim')))
-
-
 
-
-library(lattice)
 data(SoaresEx18)
-
-coleta <- xtabs(exp ~ cfc + ia, data = SoaresEx18)
-barchart(coleta, horizontal = FALSE, 
-    stack = FALSE,
-    scales = list(x = list(labels = c("CFC >= 280","CFC < 80",
-    "80 <= CFC < 280"))),
-    ylab = "Frequência",
-    xlab = "CFC",
-    main = "Valores de creatinina fosfocinase (CFC) em 360 pacientes",
-    auto.key = list(corner = c(0.75, 0.95), 
-    text = c("não", 
-    'sim')))
-
-
+str(SoaresEx18)
+
+coletac <- xtabs(freq ~ cfc + ia, data = SoaresEx18)
+addmargins(coletac)
+
+barchart(coletac,
+         horizontal = FALSE,
+         stack = FALSE,
+         scales = list(x = list(labels = c("CFC < 80",
+                                           "80 <= CFC < 279",
+                                           "CFC >= 279"))),
+         ylab = "Frequência",
+         xlab = "CFC",
+         auto.key = list(title = "Infato do miocardio",
+                         cex.title = 1.1,
+                         columns = 2,
+                         text = c("não", "sim")))
+
+mosaicplot(coletac)
 
 }
 \keyword{AAS}
diff --git a/man/SoaresEx19.Rd b/man/SoaresEx19.Rd
index 2d068d7f..03a08004 100644
--- a/man/SoaresEx19.Rd
+++ b/man/SoaresEx19.Rd
@@ -2,8 +2,8 @@
 % Please edit documentation in R/SoaresEx19.R
 \name{SoaresEx19}
 \alias{SoaresEx19}
-\title{Eficácia do exame clínico neurológico}
-\format{Um \code{data.frame} com 4 observações e 3 variáveis.
+\title{Eficácia do Exame Clínico Neurológico}
+\format{Um \code{data.frame} com 4 observações e 3 variáveis, em que
 
 \describe{
 
@@ -11,46 +11,48 @@
 
 \item{\code{ex}}{Exame neurológico alterado ou normal.}
 
-\item{ef}{Eficiência do exame.}
+\item{\code{freq}}{Eficiência do exame.}
 
 }}
 \source{
-Introdução à estatística médica/José Francisco Soares e 
-    Arminda lucia Siqueira. 2.ed. Belo Horizonte: COOPMED, 2002. 
-    Ex 19, pg 128.
+SOARES; SIQUEIRA (2002), pág. 128, exercício 19. TODO citar
+    Tavares (1995), colocar a referência completa.
 }
 \description{
 A hemorragia peri-intraventricular (HPIV) é uma das
     causas mais frequentes de agressão ao sistema nervoso central no
-    período de neonatal e a segunda causa mais frequente de morte em 
-    prematuros. Atualmente, o método de escolha para diagnóstico 
+    período de neonatal e a segunda causa mais frequente de morte em
+    prematuros. Atualmente, o método de escolha para diagnóstico
     consiste em técnicas não invasivas (ultra-sonografia e tomografia
-    computacionalizada). Tavares (1995) estudou a ocorrência desta 
-    enfermidade em 120 dos 129 recém-nascidos com peso menor que 
-    2000 g, nascidos no Hospital das Clínias da UFMG, no peíodo de 
+    computacionalizada). Tavares (1995) estudou a ocorrência desta
+    enfermidade em 120 dos 129 recém-nascidos com peso menor que
+    2000 g, nascidos no Hospital das Clínias da UFMG, no peíodo de
     18/01/1994 a 17/05/1995. Para avaliar a eficácia do exame clínico
     neurológico, as crianças foram examinadas por um pediatra clínico
-    com formação em neonatologia, sem o conhecimento prévio dos 
-    exames ultrasonográficos, que confirmam ou não diagnóstico 
+    com formação em neonatologia, sem o conhecimento prévio dos
+    exames ultrasonográficos, que confirmam ou não diagnóstico
     fornecido pelo médico.
 }
 \examples{
 
 library(lattice)
+
 data(SoaresEx19)
+str(SoaresEx19)
 
-a <- xtabs(ef ~ hpiv + ex, data = SoaresEx19)
-barchart(a, horizontal = FALSE, 
-    stack = FALSE,
-    scales=list(x=list(labels=c("Ausente","Presente"))),
-    ylab = "Frequência",
-    xlab = "HPIV",
-    main = "Eficácia do exame clínico neurológico",
-    auto.key = list(corner = c(0.95, 0.95), 
-    text = c("Exame Neurológico Alterado", 
-    'Exame Neurológico Normal')))
+a <- xtabs(freq ~ hpiv + ex, data = SoaresEx19)
+addmargins(a)
 
+mosaicplot(a)
 
+barchart(a,
+         horizontal = FALSE,
+         stack = FALSE,
+         scales = list(x = list(labels = c("Ausente", "Presente"))),
+         ylab = "Frequência",
+         xlab = "HPIV",
+         auto.key = list(text = c("Exame Neurológico Alterado",
+                                  "Exame Neurológico Normal")))
 
 }
 \keyword{AAS}
-- 
GitLab