From f6647d1f772f133005dfd78c96a1aaac7a1ba04e Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Walmes Zeviani <walmes@ufpr.br> Date: Sat, 22 Oct 2016 13:18:47 -0200 Subject: [PATCH] Correcoes na documentacao. --- R/SoaresEx18.R | 53 +++++++++++++++------------ R/SoaresEx19.R | 52 +++++++++++++------------- data-raw/SoaresEx18.txt | 14 +++---- data-raw/SoaresEx19.txt | 2 +- data/SoaresEx18.rda | Bin 256 -> 260 bytes data/SoaresEx19.rda | Bin 217 -> 219 bytes man/SoaresEx18.Rd | 79 +++++++++++++++------------------------- man/SoaresEx19.Rd | 48 ++++++++++++------------ 8 files changed, 118 insertions(+), 130 deletions(-) diff --git a/R/SoaresEx18.R b/R/SoaresEx18.R index 427bee64..2a1e4800 100644 --- a/R/SoaresEx18.R +++ b/R/SoaresEx18.R @@ -1,40 +1,45 @@ #' @name SoaresEx18 -#' @title Valores de creatinina fosfocinase (CFC) em 360 pacientes. -#' @description Em um hospital do coração, foram analisados os valores -#' de CFC (crestinina fosfocinase) de 360 pacientes, sendo 230 com -#' infarto agudo do miocárdio. -#' @format Um \code{data.frame} com 6 observações e 3 variáveis. +#' @title Valores de Creatinina Fosfocinase (CFC) em 360 Pacientes +#' @description Em um hospital do coração, foram analisados os valores +#' de CFC (crestinina fosfocinase) de 360 pacientes, sendo 230 com +#' infarto agudo do miocárdio. Os dados estão agregados com as +#' frequências em cada classe. +#' @format Um \code{data.frame} com 6 observações e 3 variáveis, em que #' #' \describe{ #' -#' \item{\code{cfc}}{Indice dos valores de CFC.} +#' \item{\code{cfc}}{Índice dos valores de CFC.} #' #' \item{\code{ia}}{Infarto agudo presente ou não presente.} #' -#' \item{exp}{Variável explicativa com os valores obtidos.} +#' \item{\code{freq}}{Número de pacientes em cada classe.} #' #' } #' @keywords AAS -#' @source Introdução à estatística médica/José Francisco Soares e -#' Arminda lucia Siqueira. 2.ed. Belo Horizonte: COOPMED, 2002. -#' Ex 18, pg 127. +#' @source SOARES; SIQUEIRA (2002), página TODO, exercício 18. #' @examples #' #' library(lattice) -#' data(SoaresEx18) #' -#' coleta <- xtabs(exp ~ cfc + ia, data = SoaresEx18) -#' barchart(coleta, horizontal = FALSE, -#' stack = FALSE, -#' scales = list(x = list(labels = c("CFC < 80","CFC >= 280", -#' "80 <= CFC < 280"))), -#' ylab = "Frequência", -#' xlab = "CFC", -#' main = "Valores de creatinina fosfocinase (CFC) em 360 pacientes", -#' auto.key = list(corner = c(0.75, 0.95), -#' text = c("não", -#' 'sim'))) -#' -#' +#' data(SoaresEx18) +#' str(SoaresEx18) +#' +#' coletac <- xtabs(freq ~ cfc + ia, data = SoaresEx18) +#' addmargins(coletac) +#' +#' barchart(coletac, +#' horizontal = FALSE, +#' stack = FALSE, +#' scales = list(x = list(labels = c("CFC < 80", +#' "80 <= CFC < 279", +#' "CFC >= 279"))), +#' ylab = "Frequência", +#' xlab = "CFC", +#' auto.key = list(title = "Infato do miocardio", +#' cex.title = 1.1, +#' columns = 2, +#' text = c("não", "sim"))) +#' +#' mosaicplot(coletac) #' NULL diff --git a/R/SoaresEx19.R b/R/SoaresEx19.R index a32c9f7d..e0504763 100644 --- a/R/SoaresEx19.R +++ b/R/SoaresEx19.R @@ -1,19 +1,19 @@ #' @name SoaresEx19 -#' @title Eficácia do exame clínico neurológico +#' @title Eficácia do Exame Clínico Neurológico #' @description A hemorragia peri-intraventricular (HPIV) é uma das #' causas mais frequentes de agressão ao sistema nervoso central no -#' período de neonatal e a segunda causa mais frequente de morte em -#' prematuros. Atualmente, o método de escolha para diagnóstico +#' período de neonatal e a segunda causa mais frequente de morte em +#' prematuros. Atualmente, o método de escolha para diagnóstico #' consiste em técnicas não invasivas (ultra-sonografia e tomografia -#' computacionalizada). Tavares (1995) estudou a ocorrência desta -#' enfermidade em 120 dos 129 recém-nascidos com peso menor que -#' 2000 g, nascidos no Hospital das Clínias da UFMG, no peíodo de +#' computacionalizada). Tavares (1995) estudou a ocorrência desta +#' enfermidade em 120 dos 129 recém-nascidos com peso menor que +#' 2000 g, nascidos no Hospital das Clínias da UFMG, no peíodo de #' 18/01/1994 a 17/05/1995. Para avaliar a eficácia do exame clínico #' neurológico, as crianças foram examinadas por um pediatra clínico -#' com formação em neonatologia, sem o conhecimento prévio dos -#' exames ultrasonográficos, que confirmam ou não diagnóstico +#' com formação em neonatologia, sem o conhecimento prévio dos +#' exames ultrasonográficos, que confirmam ou não diagnóstico #' fornecido pelo médico. -#' @format Um \code{data.frame} com 4 observações e 3 variáveis. +#' @format Um \code{data.frame} com 4 observações e 3 variáveis, em que #' #' \describe{ #' @@ -21,29 +21,31 @@ #' #' \item{\code{ex}}{Exame neurológico alterado ou normal.} #' -#' \item{ef}{Eficiência do exame.} +#' \item{\code{freq}}{Eficiência do exame.} #' #' } #' @keywords AAS -#' @source Introdução à estatística médica/José Francisco Soares e -#' Arminda lucia Siqueira. 2.ed. Belo Horizonte: COOPMED, 2002. -#' Ex 19, pg 128. +#' @source SOARES; SIQUEIRA (2002), pág. 128, exercício 19. TODO citar +#' Tavares (1995), colocar a referência completa. #' @examples #' #' library(lattice) +#' #' data(SoaresEx19) +#' str(SoaresEx19) +#' +#' a <- xtabs(freq ~ hpiv + ex, data = SoaresEx19) +#' addmargins(a) +#' +#' mosaicplot(a) #' -#' a <- xtabs(ef ~ hpiv + ex, data = SoaresEx19) -#' barchart(a, horizontal = FALSE, -#' stack = FALSE, -#' scales=list(x=list(labels=c("Ausente","Presente"))), -#' ylab = "Frequência", -#' xlab = "HPIV", -#' main = "Eficácia do exame clínico neurológico", -#' auto.key = list(corner = c(0.95, 0.95), -#' text = c("Exame Neurológico Alterado", -#' 'Exame Neurológico Normal'))) -#' -#' +#' barchart(a, +#' horizontal = FALSE, +#' stack = FALSE, +#' scales = list(x = list(labels = c("Ausente", "Presente"))), +#' ylab = "Frequência", +#' xlab = "HPIV", +#' auto.key = list(text = c("Exame Neurológico Alterado", +#' "Exame Neurológico Normal"))) #' NULL diff --git a/data-raw/SoaresEx18.txt b/data-raw/SoaresEx18.txt index 2259f023..916a9e48 100644 --- a/data-raw/SoaresEx18.txt +++ b/data-raw/SoaresEx18.txt @@ -1,7 +1,7 @@ -cfc ia exp -< 80 sim 15 -< 80 não 114 -80-279 sim 118 -80-279 não 15 ->279 sim 97 ->279 não 1 +cfc ia freq +<80 sim 15 +<80 não 114 +[80, 279) sim 118 +[80, 279) não 15 +>=279 sim 97 +>=279 não 1 diff --git a/data-raw/SoaresEx19.txt b/data-raw/SoaresEx19.txt index 93ab5f99..72ce6054 100644 --- a/data-raw/SoaresEx19.txt +++ b/data-raw/SoaresEx19.txt @@ -1,4 +1,4 @@ -hpiv ex ef +hpiv ex freq p a 25 p n 13 a a 31 diff --git a/data/SoaresEx18.rda b/data/SoaresEx18.rda index aef79019dfe543cb37ac7231c44612988a88775f..2e0ce427b3762bd6ef7cf0aa6ad05ae440010161 100644 GIT binary patch literal 260 zcmZ>Y%CIzaj8qGboI82GB?H6p`YZp9PB1vA7CdKTknqq~-+RD;frEjAfkAKs!?iRi zPq~G!s{DhmTsU%Z!G)WGTY2q+*t#l~<SH0RNii5StF^IoEniaA?7(nw0Rsc$7tWK9 zj_~w`Oq6*ME<K;eUy@B(&A>J~#$2;m^4xQF`EnuGw60J7tctVV>Wd`a{vzbm%%sCt zX!CfU#)T_EJS%dXSr%Q=P+T@+l|i$kV1;`Kk0T3{m8th{1)KM8CDwk}kh$&js>d0h ze*Tkvv{_Vgd2l9AiMW8%0{QB>W+rzxJEkRVI23TySL2qrRkVt8Fh>hF>n^?9zZv*= P8ui7CTrC17fP4)A_h4k~ literal 256 zcmZ>Y%CIzaj8qGb%=a{&&A@Q1{>p!&6ATW_1y9)+BpmeB?;dbq;9%fjU=ZBEa4k(r zD|6Ybs+n@jGEI2-eSKF>_%eSbv&-d>ipg%x0vDv%9GA@w$kj@fTh_q9*1%xGq;T(= zm_tgQL&k)bzQ{sWwVABSj6Q1*-%+~ErmxTadHU%G+B^YUm$8IOh+CY!H-n+WWNO%? zmv&LvhrFX*CW*C}sT>qcSSBoSsLZjWW4+mo4oQZ*OY2v2>aGvieYBrjqV#FO-U&X= z0TG?@9>v1e%v{sl*psuB&izu;R9~;NN?JPZW6(mYbCZ`DI#kCutM`UKW?~Fb|5&aP M+{(%JWwPZ40M7Yf&Hw-a diff --git a/data/SoaresEx19.rda b/data/SoaresEx19.rda index ccbd78e3e2e67ea7319057f55eb6b8c2e94b8a5e..ecb714888ee9edeffde560c163038ccea33597a6 100644 GIT binary patch literal 219 zcmZ>Y%CIzaj8qGb)Yu)%!N9QL|AGHT9tsVN1`2Ep5)S(5e-Ah?FtBc5*wGZ~^JTHA z$z|sYrY4z-otdu~E^Bt+nZ>N^%i}Ad67r?v5Ca2)39s7Zwh)u|Ef>{&o_q}#)=E)6 z{>I!{GWJc`o%eSqGMzYaaFxsSwUxiTs%sB4`dw6Gwvx}=)S%&+=4l{es5#+QLR^Z; zgx%JX%#0gXU3pmgb=T!5haTBAmY)CIDf+ghN$Z2*hV5=uPj_A{zEl+Z>)4~_KA-vw bH({=c2R1)1h*RR+uzQl`p_WG1TQ3{{hm~Ol literal 217 zcmZ>Y%CIzaj8qGb+}5D<gMneg{{#PxJQNxj4HVcIBpme9?;dbqU|`+Auq|P#^F=jb zUulh$iyapZzT)-eNMT@LV8~DjwfAUTaDmO?vcm~kl_tI>Lk;GID%+YJuTLn}Rb#GS zn8YDadE#fH=9G?*O~&~XRX?|#RyE(9$gnJFGUGJ)eHSf+JF`6vL=1H}a!n*6c|5{) zNis8T3Z1EZSn6)!r-@nG6}vOP9(jH5MCX$9{%3KuS;sy$-m%R3)b{4_nw{rU19>z> YRa)bhF?MvQJ$mP{oJ&aT0!ust0HwHBRR910 diff --git a/man/SoaresEx18.Rd b/man/SoaresEx18.Rd index 4526c8ac..aff7516a 100644 --- a/man/SoaresEx18.Rd +++ b/man/SoaresEx18.Rd @@ -1,73 +1,52 @@ % Generated by roxygen2: do not edit by hand -% Please edit documentation in R/SoaresEx18.R, R/SoaresTb4.9.R +% Please edit documentation in R/SoaresEx18.R \name{SoaresEx18} \alias{SoaresEx18} -\title{Valores de creatinina fosfocinase (CFC) em 360 pacientes.} -\format{Um \code{data.frame} com 6 observações e 3 variáveis. +\title{Valores de Creatinina Fosfocinase (CFC) em 360 Pacientes} +\format{Um \code{data.frame} com 6 observações e 3 variáveis, em que \describe{ -\item{\code{cfc}}{Indice dos valores de CFC.} +\item{\code{cfc}}{Índice dos valores de CFC.} \item{\code{ia}}{Infarto agudo presente ou não presente.} -\item{exp}{Variável explicativa com os valores obtidos.} +\item{\code{freq}}{Número de pacientes em cada classe.} }} \source{ -Introdução à estatística médica/José Francisco Soares e - Arminda lucia Siqueira. 2.ed. Belo Horizonte: COOPMED, 2002. - Ex 18, pg 127. - -Introdução à estatística médica/José Francisco Soares e - Arminda lucia Siqueira. 2.ed. Belo Horizonte: COOPMED, 2002. - Ex 18, pg 127. +SOARES; SIQUEIRA (2002), página TODO, exercício 18. } \description{ -Em um hospital do coração, foram analisados os valores - de CFC (crestinina fosfocinase) de 360 pacientes, sendo 230 com - infarto agudo do miocárdio. - -Em um hospital do coração, foram analisados os valores - de CFC (crestinina fosfocinase) de 360 pacientes, sendo 230 com - infarto agudo do miocárdio. +Em um hospital do coração, foram analisados os valores + de CFC (crestinina fosfocinase) de 360 pacientes, sendo 230 com + infarto agudo do miocárdio. Os dados estão agregados com as + frequências em cada classe. } \examples{ library(lattice) -data(SoaresEx18) - -coleta <- xtabs(exp ~ cfc + ia, data = SoaresEx18) -barchart(coleta, horizontal = FALSE, - stack = FALSE, - scales = list(x = list(labels = c("CFC < 80","CFC >= 280", - "80 <= CFC < 280"))), - ylab = "Frequência", - xlab = "CFC", - main = "Valores de creatinina fosfocinase (CFC) em 360 pacientes", - auto.key = list(corner = c(0.75, 0.95), - text = c("não", - 'sim'))) - - - -library(lattice) data(SoaresEx18) - -coleta <- xtabs(exp ~ cfc + ia, data = SoaresEx18) -barchart(coleta, horizontal = FALSE, - stack = FALSE, - scales = list(x = list(labels = c("CFC >= 280","CFC < 80", - "80 <= CFC < 280"))), - ylab = "Frequência", - xlab = "CFC", - main = "Valores de creatinina fosfocinase (CFC) em 360 pacientes", - auto.key = list(corner = c(0.75, 0.95), - text = c("não", - 'sim'))) - - +str(SoaresEx18) + +coletac <- xtabs(freq ~ cfc + ia, data = SoaresEx18) +addmargins(coletac) + +barchart(coletac, + horizontal = FALSE, + stack = FALSE, + scales = list(x = list(labels = c("CFC < 80", + "80 <= CFC < 279", + "CFC >= 279"))), + ylab = "Frequência", + xlab = "CFC", + auto.key = list(title = "Infato do miocardio", + cex.title = 1.1, + columns = 2, + text = c("não", "sim"))) + +mosaicplot(coletac) } \keyword{AAS} diff --git a/man/SoaresEx19.Rd b/man/SoaresEx19.Rd index 2d068d7f..03a08004 100644 --- a/man/SoaresEx19.Rd +++ b/man/SoaresEx19.Rd @@ -2,8 +2,8 @@ % Please edit documentation in R/SoaresEx19.R \name{SoaresEx19} \alias{SoaresEx19} -\title{Eficácia do exame clínico neurológico} -\format{Um \code{data.frame} com 4 observações e 3 variáveis. +\title{Eficácia do Exame Clínico Neurológico} +\format{Um \code{data.frame} com 4 observações e 3 variáveis, em que \describe{ @@ -11,46 +11,48 @@ \item{\code{ex}}{Exame neurológico alterado ou normal.} -\item{ef}{Eficiência do exame.} +\item{\code{freq}}{Eficiência do exame.} }} \source{ -Introdução à estatística médica/José Francisco Soares e - Arminda lucia Siqueira. 2.ed. Belo Horizonte: COOPMED, 2002. - Ex 19, pg 128. +SOARES; SIQUEIRA (2002), pág. 128, exercício 19. TODO citar + Tavares (1995), colocar a referência completa. } \description{ A hemorragia peri-intraventricular (HPIV) é uma das causas mais frequentes de agressão ao sistema nervoso central no - período de neonatal e a segunda causa mais frequente de morte em - prematuros. Atualmente, o método de escolha para diagnóstico + período de neonatal e a segunda causa mais frequente de morte em + prematuros. Atualmente, o método de escolha para diagnóstico consiste em técnicas não invasivas (ultra-sonografia e tomografia - computacionalizada). Tavares (1995) estudou a ocorrência desta - enfermidade em 120 dos 129 recém-nascidos com peso menor que - 2000 g, nascidos no Hospital das Clínias da UFMG, no peíodo de + computacionalizada). Tavares (1995) estudou a ocorrência desta + enfermidade em 120 dos 129 recém-nascidos com peso menor que + 2000 g, nascidos no Hospital das Clínias da UFMG, no peíodo de 18/01/1994 a 17/05/1995. Para avaliar a eficácia do exame clínico neurológico, as crianças foram examinadas por um pediatra clínico - com formação em neonatologia, sem o conhecimento prévio dos - exames ultrasonográficos, que confirmam ou não diagnóstico + com formação em neonatologia, sem o conhecimento prévio dos + exames ultrasonográficos, que confirmam ou não diagnóstico fornecido pelo médico. } \examples{ library(lattice) + data(SoaresEx19) +str(SoaresEx19) -a <- xtabs(ef ~ hpiv + ex, data = SoaresEx19) -barchart(a, horizontal = FALSE, - stack = FALSE, - scales=list(x=list(labels=c("Ausente","Presente"))), - ylab = "Frequência", - xlab = "HPIV", - main = "Eficácia do exame clínico neurológico", - auto.key = list(corner = c(0.95, 0.95), - text = c("Exame Neurológico Alterado", - 'Exame Neurológico Normal'))) +a <- xtabs(freq ~ hpiv + ex, data = SoaresEx19) +addmargins(a) +mosaicplot(a) +barchart(a, + horizontal = FALSE, + stack = FALSE, + scales = list(x = list(labels = c("Ausente", "Presente"))), + ylab = "Frequência", + xlab = "HPIV", + auto.key = list(text = c("Exame Neurológico Alterado", + "Exame Neurológico Normal"))) } \keyword{AAS} -- GitLab