diff --git a/.build_package.R b/.build_package.R index 96db031ee97ff1c51a10fa14194d71d362eb0fc8..b242ed121aac7ad358e2fab18fd265b231dedf05 100755 --- a/.build_package.R +++ b/.build_package.R @@ -51,10 +51,15 @@ if (length(list.files("./vignettes"))) { #-------------------------------------------- # Checar conteúdo e organização do pacote. -check(cleanup = FALSE, - manual = TRUE, - vignettes = FALSE, - check_dir = "../") +checagem <- check(cleanup = FALSE, + manual = TRUE, + vignettes = FALSE, + check_dir = "../") + +if (length(checagem$errors) > 0) { + cat(checagem$errors, sep = "\n") + stop("Falha ao checar o pacote") +} #-------------------------------------------- # Construir pacote. @@ -75,4 +80,4 @@ install() unlink(lib, recursive = TRUE) -#-------------------------------------------- \ No newline at end of file +#-------------------------------------------- diff --git a/DESCRIPTION b/DESCRIPTION index 4092c8312a7ce2fc2c03c52b8ae8d2b62d3a2062..030f20002ab7b78484166f93cf668e509202b2b2 100644 --- a/DESCRIPTION +++ b/DESCRIPTION @@ -43,6 +43,7 @@ Suggests: reshape2, MASS, qcc, - multcomp + multcomp, + vcd VignetteBuilder: knitr RoxygenNote: 5.0.1 diff --git a/R/PaulinoEx9.29.R b/R/PaulinoEx9.29.R new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..15b6447dc2bc2f2eb17104ecb7e0d68e2a9fb4a2 --- /dev/null +++ b/R/PaulinoEx9.29.R @@ -0,0 +1,44 @@ +#' @name PaulinoEx9.29 +#' @title Avaliação de Políciais Militares +#' @description Em um estudo sobre a avaliação de políciais militares +#' brancos por soldados americanos negros na Segunda Guerra Mundial, +#' a resposta de cada soldado foi categorizada nos níveis 1 (quase +#' sempre imparcial), 2 (parcial e imparcial em proporções iguais) e +#' 3 (quase sempre parcial) +#' @format Um \code{data.frame} com 12 observações e 4 variáveis, em que +#' +#' \describe{ +#' +#' \item{\code{orig}}{Região de origem (Norte ou Sul).} +#' +#' \item{\code{unid}}{Região da unidade (Norte ou Sul).} +#' +#' \item{\code{condu}}{Avaliação da conduta. (1, 2, ou 3)} +#' +#' \item{\code{freq}}{Frequências observadas.} +#' +#' } +#' @keywords TC multinomial +#' @source PAULINO; SINGER (2006), Exercício 9.29, pág. 343. +#' @examples +#' +#' data(PaulinoEx9.29) +#' +#' str(PaulinoEx9.29) +#' +#' xt <- xtabs(freq ~ ., data = PaulinoEx9.29) +#' ftable(xt) +#' +#' library(lattice) +#' +#' barchart(xt, +#' horizontal = FALSE, +#' beside = FALSE, +#' stack = FALSE, +#' auto.key = list(space = "top", columns = 3, cex.title = 1, +#' rectangles = TRUE, points = FALSE, +#' title = "Avaliação da conduta"), +#' xlab = "Região de origem", +#' ylab = "Frequência") +#' +NULL \ No newline at end of file diff --git a/R/PaulinoEx9.30.R b/R/PaulinoEx9.30.R new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..300d84f0f68a80339895c5c65b12cba7018e0bfe --- /dev/null +++ b/R/PaulinoEx9.30.R @@ -0,0 +1,51 @@ +#' @name PaulinoEx9.30 +#' @title Avaliação de Políciais Militares +#' @description Em um estudo sobre a avaliação de políciais militares +#' brancos por soldados americanos negros na Segunda Guerra Mundial, +#' os soldados do exército foram classificados segundo o nível +#' educacional, a atitude face à separação racial, a região de +#' naturalidade e a preferência oir missões de combate. +#' @format Um \code{data.frame} com 24 observações e 5 variáveis, em que +#' +#' \describe{ +#' +#' \item{\code{educ}}{Nível educacional (só grade school, alguma high +#' school, high school completa).} +#' +#' \item{\code{sep}}{Atitude perante separação racial (não contra ou +#' contra).} +#' +#' \item{\code{ntur}}{Região de naturalidade (sul, norte).} +#' +#' \item{\code{missao}}{Preferência por missão de combate (sim ou não).} +#' +#' \item{\code{freq}}{Frequências observadas.} +#' +#' } +#' @keywords TC dicotomica +#' @source PAULINO; SINGER (2006), Exercício 9.30, pág. 344. +#' @examples +#' +#' data(PaulinoEx9.30) +#' +#' str(PaulinoEx9.30) +#' +#' xt <- xtabs(freq ~ ., data = PaulinoEx9.30) +#' ftable(xt) +#' +#' library(lattice) +#' library(latticeExtra) +#' +#' useOuterStrips( +#' barchart(freq ~ educ | sep + natur, groups = missao, +#' horizontal = FALSE, +#' data = PaulinoEx9.30, +#' auto.key = list(space = "top", columns = 2, +#' cex.title = 1, rectangles = TRUE, +#' points = FALSE, +#' title = "Preferência por missão"), +#' xlab = "Nível educacional", +#' ylab = "Frequência") +#' ) +#' +NULL \ No newline at end of file diff --git a/R/PaulinoEx9.31.R b/R/PaulinoEx9.31.R new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..d8625b8ea6953fe1b34f6d299096b6d2f6572160 --- /dev/null +++ b/R/PaulinoEx9.31.R @@ -0,0 +1,47 @@ +#' @name PaulinoEx9.31 +#' @title Efeito de Dois Agentes Sexualmente Transmissíveis em Dois +#' Grupos de Mulheres +#' @description Estudo envolvendo um grupo de mulheres com displasia +#' historicamente confirmada (os casos) e um outro grupo de mulheres +#' com ausência da mesma (os controles). Cada uma destas mulheres +#' foi então analisada em termos da exposição a cada um dos agentes +#' sexualmente transmissíveis (o vírus tipo 2 da herpes simples e a +#' \emph{Clamídia trachomatis}, na etiologia da displasia cervical), +#' categorizados em dois níveis (1 para uma maior prevalência de +#' anticorpos e 2 para uma menor prevalência), analisando os +#' possíveis efeitos desses agentes nessas mulheres. +#' @format Um \code{data.frame} com 24 observações e 5 variáveis, em que +#' +#' \describe{ +#' +#' \item{\code{parc}}{Fator sócio-comportamental definido pelo número +#' total de parceiros sexuais categorizado em 3 níveis (1-3, 4-10 e +#' > 10).} +#' +#' \item{\code{herpes}}{Vírus do tipo 2 do herpes simples (1 para maior +#' prevalência e 2 para menor).} +#' +#' \item{\code{calmid}}{Vírus do tipo \emph{Clamídia trachomatis} (1 +#' para maior prevalência e 2 para menor).} +#' +#' \item{\code{grupo}}{Grupo em que foi dividido as mulheres (casos ou +#' controles).} +#' +#' \item{\code{freq}}{Frequências observadas.} +#' +#' } +#' @keywords retrospetivo +#' @source PAULINO; SINGER (2006), Exercício 9.31, pág. 345. +#' @examples +#' +#' data(PaulinoEx9.31) +#' +#' str(PaulinoEx9.31) +#' +#' xt <- xtabs(freq ~., PaulinoEx9.31) +#' ftable(xt) +#' +#' library(vcd) +#' doubledecker(xt) +#' +NULL \ No newline at end of file diff --git a/R/PaulinoTb11.10.R b/R/PaulinoTb11.10.R new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..7df4eac6258b367c52f9fcfdff50ac41e9425d33 --- /dev/null +++ b/R/PaulinoTb11.10.R @@ -0,0 +1,51 @@ +#' @name PaulinoTb11.10 +#' @title Número de Animais Mortos por Contaminação do Petróleo +#' @description Estudo cuja finalidade é avaliar o efeito da +#' contaminação de um estuário por derramamento de petróleo na fauna +#' local. Cada animal foi submetido a um tratamento obtido da +#' classificação cruzada dos níveis contaminação por petróleo (sim +#' ou controle) e salinidade de aclimatação. Os animais foram +#' observados por 72 horas e o número de sobreviventes foi +#' registrado a cada 12 horas. +#' @format Um \code{data.frame} com 48 observações e 4 variáveis, em que +#' +#' \describe{ +#' +#' \item{\code{grupo}}{grupo em que pertnce o animal (petróleo ou +#' controle).} +#' +#' \item{\code{salin}}{Salinidade de aclimatação (0.8\%, 1.4\%, 2.4\%, +#' 3.4\%).} +#' +#' \item{\code{tempo}}{Tempo de exposição dos animais, em horas.} +#' +#' \item{\code{animais}}{Número de animais sobreviventes.} +#' +#' } +#' @keywords TC +#' @source PAULINO; SINGER (2006), Tabela 11.10, pág. 400. +#' @examples +#' +#' data(PaulinoTb11.10) +#' +#' str(PaulinoTb11.10) +#' +#' xt <- xtabs(animais ~ ., data = PaulinoTb11.10) +#' ftable(xt) +#' +#' library(lattice) +#' +#' barchart(animais ~ factor(tempo) | factor(salin), groups = grupo, +#' horizontal = FALSE, +#' data = PaulinoTb11.10, +#' auto.key = list(space = "top", columns = 2, +#' cex.title = 1, rectangles = TRUE, +#' points = FALSE, +#' title = "Grupo de animais"), +#' xlab = "Tempo de exposição", +#' strip = strip.custom( +#' strip.names = TRUE, +#' var.name = "Salinidade"), +#' ylab = "Frequência") +#' +NULL \ No newline at end of file diff --git a/data-raw/PaulinoEx9.29.txt b/data-raw/PaulinoEx9.29.txt new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..c6edbc264c476d99a75d0c7f3fc6c9c0c7cb9800 --- /dev/null +++ b/data-raw/PaulinoEx9.29.txt @@ -0,0 +1,13 @@ +orig unid condu freq +norte norte 1 118 +norte norte 2 207 +norte norte 3 134 +norte sul 1 181 +norte sul 2 514 +norte sul 3 542 +sul norte 1 253 +sul norte 2 313 +sul norte 3 200 +sul sul 1 653 +sul sul 2 1006 +sul sul 3 760 diff --git a/data-raw/PaulinoEx9.30.txt b/data-raw/PaulinoEx9.30.txt new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..28fabee0000fdbef2eec0c0060cd81ceda8385e4 --- /dev/null +++ b/data-raw/PaulinoEx9.30.txt @@ -0,0 +1,25 @@ +educ sep natur missao freq +grade school nao contra sul sim 2051 +grade school nao contra sul nao 20738 +grade school nao contra norte sim 518 +grade school nao contra norte nao 3182 +grade school contra sul sim 1050 +grade school contra sul nao 7027 +grade school contra norte sim 600 +grade school contra norte nao 2558 +al. high school nao contra sul sim 382 +al. high school nao contra sul nao 2165 +al. high school nao contra norte sim 320 +al. high school nao contra norte nao 960 +al. high school contra sul sim 349 +al. high school contra sul nao 1832 +al. high school contra norte sim 489 +al. high school contra norte nao 1141 +high school com. nao contra sul sim 351 +high school com. nao contra sul nao 1714 +high school com. nao contra norte sim 245 +high school com. nao contra norte nao 630 +high school com. contra sul sim 478 +high school com. contra sul nao 1798 +high school com. contra norte sim 609 +high school com. contra norte nao 1256 diff --git a/data-raw/PaulinoEx9.31.txt b/data-raw/PaulinoEx9.31.txt new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..2fab32f83802783aaf037693ef1ea531d3f80420 --- /dev/null +++ b/data-raw/PaulinoEx9.31.txt @@ -0,0 +1,25 @@ +parc herpes clamid grupo freq +1-3 1 1 casos 56 +1-3 1 1 controles 42 +1-3 1 2 casos 14 +1-3 1 2 controles 28 +1-3 2 1 casos 54 +1-3 2 1 controles 78 +1-3 2 2 casos 34 +1-3 2 2 controles 83 +4-10 1 1 casos 47 +4-10 1 1 controles 57 +4-10 1 2 casos 8 +4-10 1 2 controles 29 +4-10 2 1 casos 46 +4-10 2 1 controles 74 +4-10 2 2 casos 18 +4-10 2 2 controles 48 +> 10 1 1 casos 43 +> 10 1 1 controles 80 +> 10 1 2 casos 4 +> 10 1 2 controles 16 +> 10 2 1 casos 44 +> 10 2 1 controles 56 +> 10 2 2 casos 12 +> 10 2 2 controles 23 diff --git a/data-raw/PaulinoTb11.10.txt b/data-raw/PaulinoTb11.10.txt new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..b5be972e8172bebc58312c3fa8b6d85d3ba6d4f7 --- /dev/null +++ b/data-raw/PaulinoTb11.10.txt @@ -0,0 +1,49 @@ +grupo salin tempo animais +petroleo 0.8 12 30 +petroleo 0.8 24 26 +petroleo 0.8 36 20 +petroleo 0.8 48 17 +petroleo 0.8 60 16 +petroleo 0.8 72 15 +petroleo 1.4 12 32 +petroleo 1.4 24 31 +petroleo 1.4 36 31 +petroleo 1.4 48 29 +petroleo 1.4 60 27 +petroleo 1.4 72 22 +petroleo 2.4 12 32 +petroleo 2.4 24 30 +petroleo 2.4 36 29 +petroleo 2.4 48 26 +petroleo 2.4 60 26 +petroleo 2.4 72 21 +petroleo 3.4 12 32 +petroleo 3.4 24 30 +petroleo 3.4 36 29 +petroleo 3.4 48 27 +petroleo 3.4 60 27 +petroleo 3.4 72 21 +controle 0.8 12 31 +controle 0.8 24 27 +controle 0.8 36 25 +controle 0.8 48 19 +controle 0.8 60 18 +controle 0.8 72 18 +controle 1.4 12 32 +controle 1.4 24 31 +controle 1.4 36 31 +controle 1.4 48 31 +controle 1.4 60 31 +controle 1.4 72 30 +controle 2.4 12 32 +controle 2.4 24 31 +controle 2.4 36 31 +controle 2.4 48 28 +controle 2.4 60 27 +controle 2.4 72 26 +controle 3.4 12 32 +controle 3.4 24 32 +controle 3.4 36 30 +controle 3.4 48 30 +controle 3.4 60 29 +controle 3.4 72 28 diff --git a/data/PaulinoEx9.29.rda b/data/PaulinoEx9.29.rda new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..1b69c88676a9aafc596ee9db523d3eb76e14efb7 Binary files /dev/null and b/data/PaulinoEx9.29.rda differ diff --git a/data/PaulinoEx9.30.rda b/data/PaulinoEx9.30.rda new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..4ccf419581334d57f4c50e3a4fa45c75feee65fa Binary files /dev/null and b/data/PaulinoEx9.30.rda differ diff --git a/data/PaulinoEx9.31.rda b/data/PaulinoEx9.31.rda new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..b2549bfdf96421abb9d8b5ed376deba5ea16007d Binary files /dev/null and b/data/PaulinoEx9.31.rda differ diff --git a/data/PaulinoTb11.10.rda b/data/PaulinoTb11.10.rda new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..26fbf9c66aa2db35146a48ae928df22e1f5ce2ad Binary files /dev/null and b/data/PaulinoTb11.10.rda differ diff --git a/man/PaulinoEx9.29.Rd b/man/PaulinoEx9.29.Rd new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..7e8acf6dede66f28bf2ede9ab265e6b5aa3dcf00 --- /dev/null +++ b/man/PaulinoEx9.29.Rd @@ -0,0 +1,53 @@ +% Generated by roxygen2: do not edit by hand +% Please edit documentation in R/PaulinoEx9.29.R +\name{PaulinoEx9.29} +\alias{PaulinoEx9.29} +\title{Avaliação de Políciais Militares} +\format{Um \code{data.frame} com 12 observações e 4 variáveis, em que + +\describe{ + +\item{\code{orig}}{Região de origem (Norte ou Sul).} + +\item{\code{unid}}{Região da unidade (Norte ou Sul).} + +\item{\code{condu}}{Avaliação da conduta. (1, 2, ou 3)} + +\item{\code{freq}}{Frequências observadas.} + +}} +\source{ +PAULINO; SINGER (2006), Exercício 9.29, pág. 343. +} +\description{ +Em um estudo sobre a avaliação de políciais militares + brancos por soldados americanos negros na Segunda Guerra Mundial, + a resposta de cada soldado foi categorizada nos níveis 1 (quase + sempre imparcial), 2 (parcial e imparcial em proporções iguais) e + 3 (quase sempre parcial) +} +\examples{ + +data(PaulinoEx9.29) + +str(PaulinoEx9.29) + +xt <- xtabs(freq ~ ., data = PaulinoEx9.29) +ftable(xt) + +library(lattice) + +barchart(xt, + horizontal = FALSE, + beside = FALSE, + stack = FALSE, + auto.key = list(space = "top", columns = 3, cex.title = 1, + rectangles = TRUE, points = FALSE, + title = "Avaliação da conduta"), + xlab = "Região de origem", + ylab = "Frequência") + +} +\keyword{TC} +\keyword{multinomial} + diff --git a/man/PaulinoEx9.30.Rd b/man/PaulinoEx9.30.Rd new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..ac036ec4b5a103a4458e716f0778999aa38f2099 --- /dev/null +++ b/man/PaulinoEx9.30.Rd @@ -0,0 +1,60 @@ +% Generated by roxygen2: do not edit by hand +% Please edit documentation in R/PaulinoEx9.30.R +\name{PaulinoEx9.30} +\alias{PaulinoEx9.30} +\title{Avaliação de Políciais Militares} +\format{Um \code{data.frame} com 24 observações e 5 variáveis, em que + +\describe{ + +\item{\code{educ}}{Nível educacional (só grade school, alguma high + school, high school completa).} + +\item{\code{sep}}{Atitude perante separação racial (não contra ou + contra).} + +\item{\code{ntur}}{Região de naturalidade (sul, norte).} + +\item{\code{missao}}{Preferência por missão de combate (sim ou não).} + +\item{\code{freq}}{Frequências observadas.} + +}} +\source{ +PAULINO; SINGER (2006), Exercício 9.30, pág. 344. +} +\description{ +Em um estudo sobre a avaliação de políciais militares + brancos por soldados americanos negros na Segunda Guerra Mundial, + os soldados do exército foram classificados segundo o nível + educacional, a atitude face à separação racial, a região de + naturalidade e a preferência oir missões de combate. +} +\examples{ + +data(PaulinoEx9.30) + +str(PaulinoEx9.30) + +xt <- xtabs(freq ~ ., data = PaulinoEx9.30) +ftable(xt) + +library(lattice) +library(latticeExtra) + +useOuterStrips( + barchart(freq ~ educ | sep + natur, groups = missao, + horizontal = FALSE, + data = PaulinoEx9.30, + auto.key = list(space = "top", columns = 2, + cex.title = 1, rectangles = TRUE, + points = FALSE, + title = "Preferência por missão"), + xlab = "Nível educacional", + ylab = "Frequência") +) + +} +\keyword{TC} +\keyword{dicotomica} + diff --git a/man/PaulinoEx9.31.Rd b/man/PaulinoEx9.31.Rd new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..12a839722977d19fa1dcfb46d5b13512baa44934 --- /dev/null +++ b/man/PaulinoEx9.31.Rd @@ -0,0 +1,55 @@ +% Generated by roxygen2: do not edit by hand +% Please edit documentation in R/PaulinoEx9.31.R +\name{PaulinoEx9.31} +\alias{PaulinoEx9.31} +\title{Efeito de Dois Agentes Sexualmente Transmissíveis em Dois + Grupos de Mulheres} +\format{Um \code{data.frame} com 24 observações e 5 variáveis, em que + +\describe{ + +\item{\code{parc}}{Fator sócio-comportamental definido pelo número + total de parceiros sexuais categorizado em 3 níveis (1-3, 4-10 e + > 10).} + +\item{\code{herpes}}{Vírus do tipo 2 do herpes simples (1 para maior + prevalência e 2 para menor).} + +\item{\code{calmid}}{Vírus do tipo \emph{Clamídia trachomatis} (1 + para maior prevalência e 2 para menor).} + +\item{\code{grupo}}{Grupo em que foi dividido as mulheres (casos ou + controles).} + +\item{\code{freq}}{Frequências observadas.} + +}} +\source{ +PAULINO; SINGER (2006), Exercício 9.31, pág. 345. +} +\description{ +Estudo envolvendo um grupo de mulheres com displasia + historicamente confirmada (os casos) e um outro grupo de mulheres + com ausência da mesma (os controles). Cada uma destas mulheres + foi então analisada em termos da exposição a cada um dos agentes + sexualmente transmissíveis (o vírus tipo 2 da herpes simples e a + \emph{Clamídia trachomatis}, na etiologia da displasia cervical), + categorizados em dois níveis (1 para uma maior prevalência de + anticorpos e 2 para uma menor prevalência), analisando os + possíveis efeitos desses agentes nessas mulheres. +} +\examples{ + +data(PaulinoEx9.31) + +str(PaulinoEx9.31) + +xt <- xtabs(freq ~., PaulinoEx9.31) +ftable(xt) + +library(vcd) +doubledecker(xt) + +} +\keyword{retrospetivo} + diff --git a/man/PaulinoTb11.10.Rd b/man/PaulinoTb11.10.Rd new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..0bda103ce23cd30f59ecfaccf4e87d445400303e --- /dev/null +++ b/man/PaulinoTb11.10.Rd @@ -0,0 +1,59 @@ +% Generated by roxygen2: do not edit by hand +% Please edit documentation in R/PaulinoTb11.10.R +\name{PaulinoTb11.10} +\alias{PaulinoTb11.10} +\title{Número de Animais Mortos por Contaminação do Petróleo} +\format{Um \code{data.frame} com 48 observações e 4 variáveis, em que + +\describe{ + +\item{\code{grupo}}{grupo em que pertnce o animal (petróleo ou + controle).} + +\item{\code{salin}}{Salinidade de aclimatação (0.8\%, 1.4\%, 2.4\%, + 3.4\%).} + +\item{\code{tempo}}{Tempo de exposição dos animais, em horas.} + +\item{\code{animais}}{Número de animais sobreviventes.} + +}} +\source{ +PAULINO; SINGER (2006), Tabela 11.10, pág. 400. +} +\description{ +Estudo cuja finalidade é avaliar o efeito da + contaminação de um estuário por derramamento de petróleo na fauna + local. Cada animal foi submetido a um tratamento obtido da + classificação cruzada dos níveis contaminação por petróleo (sim + ou controle) e salinidade de aclimatação. Os animais foram + observados por 72 horas e o número de sobreviventes foi + registrado a cada 12 horas. +} +\examples{ + +data(PaulinoTb11.10) + +str(PaulinoTb11.10) + +xt <- xtabs(animais ~ ., data = PaulinoTb11.10) +ftable(xt) + +library(lattice) + +barchart(animais ~ factor(tempo) | factor(salin), groups = grupo, + horizontal = FALSE, + data = PaulinoTb11.10, + auto.key = list(space = "top", columns = 2, + cex.title = 1, rectangles = TRUE, + points = FALSE, + title = "Grupo de animais"), + xlab = "Tempo de exposição", + strip = strip.custom( + strip.names = TRUE, + var.name = "Salinidade"), + ylab = "Frequência") + +} +\keyword{TC} +