From 75533b038f2e4b3fc39ac2e0836cb40c235d5f3b Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Pedro Folloni Pesserl <fpesserl7@gmail.com>
Date: Sun, 26 Feb 2023 12:05:13 -0300
Subject: [PATCH] tshell:p3: fix xgrep path

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 tshell/tshell_p3.sh | 6 +++++-
 1 file changed, 5 insertions(+), 1 deletion(-)

diff --git a/tshell/tshell_p3.sh b/tshell/tshell_p3.sh
index 8436ce0..e30664b 100755
--- a/tshell/tshell_p3.sh
+++ b/tshell/tshell_p3.sh
@@ -1,5 +1,8 @@
 #!/bin/bash
 
+XGREP=xgrep
+command xgrep &> /dev/null || XGREP=/home/soft/xgrep/bin/xgrep
+
 if [ $# -ne 2 ]; then
 	>&2 echo "Uso: ./tshell_p3.sh <axml> <acsv>"
 	exit 1
@@ -37,7 +40,7 @@ CSV=$(realpath $CSV)
 
 # converter o arquivo xml.gz para o formato csv
 zcat $XML | \
-xgrep -tx "//PMID|//ArticleTitle|//Abstract|//MeshHeadingList" | \
+$XGREP -tx "//PMID|//ArticleTitle|//Abstract|//MeshHeadingList" | \
 # o sed acha os campos úteis -- PMID seguido de ArticleTitle seguido
 # de Abstract, seguido ou não de MeshHeadingList -- e converte no
 # formato csv. No caso de não haver MeshHeadingList para um dado artigo,
@@ -80,4 +83,5 @@ sed -En '
 	};
 	bx;
 }' | \
+# remover as quebras de linhas necessárias
 awk 'BEGIN {RS=""} {gsub(/<\n/, "<", $0); print $0}' >> $CSV
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