From ead6c99833849135e3067bd96fa78cfcdd89b38f Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Pedro Folloni Pesserl <fpesserl7@gmail.com>
Date: Mon, 27 Feb 2023 17:36:47 -0300
Subject: [PATCH] replace tabs with spaces and remove binary files
---
tshell/tshell_p1.sh | 12 +++---
tshell/tshell_p2.sh | 16 ++++----
tshell/tshell_p3.sh | 96 ++++++++++++++++++++++-----------------------
3 files changed, 62 insertions(+), 62 deletions(-)
diff --git a/tshell/tshell_p1.sh b/tshell/tshell_p1.sh
index df94547..20bae0f 100755
--- a/tshell/tshell_p1.sh
+++ b/tshell/tshell_p1.sh
@@ -1,8 +1,8 @@
#!/bin/bash
if [ $# -lt 3 ] || [ $# -gt 5 ]; then
- >&2 echo "Uso: ./tshell_p1.sh <dpm> <ds> <t1> [<t2> [<t3>]]"
- exit 1
+ >&2 echo "Uso: ./tshell_p1.sh <dpm> <ds> <t1> [<t2> [<t3>]]"
+ exit 1
fi
FONTE=$1
@@ -12,20 +12,20 @@ T2=$4
T3=$5
if [ ! -d $FONTE ]; then
- >&2 echo "Erro: $FONTE não é um diretório."
- exit 2
+ >&2 echo "Erro: $FONTE não é um diretório."
+ exit 2
fi
FONTE=$(realpath $FONTE)
if [ ! -d $DESTINO ]; then
- mkdir $DESTINO
+ mkdir $DESTINO
fi
DESTINO=$(realpath $DESTINO)
cd $FONTE
for ARQ in *.csv; do
- awk '(NR>1)' $ARQ | grep -iwF "$T1" | grep -iwF "$T2" | grep -iwF "$T3" > $DESTINO/$ARQ
+ awk '(NR>1)' $ARQ | grep -iwF "$T1" | grep -iwF "$T2" | grep -iwF "$T3" > $DESTINO/$ARQ
done
cd - > /dev/null
diff --git a/tshell/tshell_p2.sh b/tshell/tshell_p2.sh
index 01b878b..3ec50fd 100755
--- a/tshell/tshell_p2.sh
+++ b/tshell/tshell_p2.sh
@@ -1,15 +1,15 @@
#!/bin/bash
if [ $# -ne 2 ]; then
- >&2 echo "Uso: ./tshell_p2.sh <dcsv> <dsin>"
- exit 1
+ >&2 echo "Uso: ./tshell_p2.sh <dcsv> <dsin>"
+ exit 1
fi
testa_diretorio() {
- if [ ! -d $1 ]; then
- >&2 echo "Erro: $1 não é um diretório."
- exit 2
- fi
+ if [ ! -d $1 ]; then
+ >&2 echo "Erro: $1 não é um diretório."
+ exit 2
+ fi
}
DCSV=$1
@@ -23,7 +23,7 @@ DSIN=$(realpath $DSIN)
cd $DSIN
for FATOR in *; do
- CONT=$(grep -iwF -f $FATOR $DCSV/*.csv | wc -l)
- echo "${FATOR%.*}:$CONT"
+ CONT=$(grep -iwF -f $FATOR $DCSV/*.csv | wc -l)
+ echo "${FATOR%.*}:$CONT"
done
cd - > /dev/null
diff --git a/tshell/tshell_p3.sh b/tshell/tshell_p3.sh
index e30664b..23f4835 100755
--- a/tshell/tshell_p3.sh
+++ b/tshell/tshell_p3.sh
@@ -4,30 +4,30 @@ XGREP=xgrep
command xgrep &> /dev/null || XGREP=/home/soft/xgrep/bin/xgrep
if [ $# -ne 2 ]; then
- >&2 echo "Uso: ./tshell_p3.sh <axml> <acsv>"
- exit 1
+ >&2 echo "Uso: ./tshell_p3.sh <axml> <acsv>"
+ exit 1
fi
confere_arq_entrada() {
- IFS=. read -r NOME EXT <<< $1
- if [ $EXT != "xml.gz" ]; then
- >&2 echo "Erro: formato incorreto para $1 (deve ser .xml.gz)"
- exit 2
- fi
- if [ ! -f $1 ]; then
- >&2 echo "Erro: $1 não existe"
- exit 3
- fi
+ IFS=. read -r NOME EXT <<< $1
+ if [ $EXT != "xml.gz" ]; then
+ >&2 echo "Erro: formato incorreto para $1 (deve ser .xml.gz)"
+ exit 2
+ fi
+ if [ ! -f $1 ]; then
+ >&2 echo "Erro: $1 não existe"
+ exit 3
+ fi
}
confere_arq_saida() {
- IFS=. read -r NOME EXT <<< $1
- if [ $EXT != "csv" ]; then
- >&2 echo "Erro: formato incorreto para $1 (deve ser .csv)"
- exit 2
- fi
-
- echo "version+pmid<title<abstract<keywords" > $1
+ IFS=. read -r NOME EXT <<< $1
+ if [ $EXT != "csv" ]; then
+ >&2 echo "Erro: formato incorreto para $1 (deve ser .csv)"
+ exit 2
+ fi
+
+ echo "version+pmid<title<abstract<keywords" > $1
}
XML=$1
@@ -47,41 +47,41 @@ $XGREP -tx "//PMID|//ArticleTitle|//Abstract|//MeshHeadingList" | \
# insere uma linha vazia.
sed -En '
:x; /<PMID/{
- s/<PMID Version="//;
- s/">//;
- s/<\/PMID>/</;
- x;
- n;
+ s/<PMID Version="//;
+ s/">//;
+ s/<\/PMID>/</;
+ x;
+ n;
- /<ArticleTitle>/{
- s/<ArticleTitle>//;
- s/ *<\/ArticleTitle>/</;
- H;
- n;
+ /<ArticleTitle>/{
+ s/<ArticleTitle>//;
+ s/ *<\/ArticleTitle>/</;
+ H;
+ n;
- /<Abstract>/{
- s/(<Abstract>|<AbstractText[^>]*>) *//g;
- s/ *<\/AbstractText> *(|<CopyrightInformation>)/, /g;
- s/(,|<\/CopyrightInformation>) *<\/Abstract>/</g;
- H;
- x;
- p;
- n;
+ /<Abstract>/{
+ s/(<Abstract>|<AbstractText[^>]*>) *//g;
+ s/ *<\/AbstractText> *(|<CopyrightInformation>)/, /g;
+ s/(,|<\/CopyrightInformation>) *<\/Abstract>/</g;
+ H;
+ x;
+ p;
+ n;
- /<MeshHeadingList>/{
- s/(<\/DescriptorName>|<\/QualifierName>) *(<Qualifier[^>]*>|<\/MeshHeading> *)/, /g;
- s/(<MeshHeadingList> *|<MeshHeading> *<Descriptor[^>]*>|(, *|)<\/MeshHeadingList>)//g;
- p;
- d;
- };
+ /<MeshHeadingList>/{
+ s/(<\/DescriptorName>|<\/QualifierName>) *(<Qualifier[^>]*>|<\/MeshHeading> *)/, /g;
+ s/(<MeshHeadingList> *|<MeshHeading> *<Descriptor[^>]*>|(, *|)<\/MeshHeadingList>)//g;
+ p;
+ d;
+ };
- i \
+ i \
- bx;
- };
- bx;
- };
- bx;
+ bx;
+ };
+ bx;
+ };
+ bx;
}' | \
# remover as quebras de linhas necessárias
awk 'BEGIN {RS=""} {gsub(/<\n/, "<", $0); print $0}' >> $CSV
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