diff --git a/scripts/ce089-04.R b/scripts/ce089-04.R index 83770a2002fa8e0a0ebbea424e865ad5317871d8..80ccfcbb41e6c767e3e836e45621dad12f1e89bb 100644 --- a/scripts/ce089-04.R +++ b/scripts/ce089-04.R @@ -62,6 +62,8 @@ fsim <- c(fsim, fobs) # P-valor do teste. sum(fsim >= fobs)/length(fsim) +choose(12, 4) * choose(8, 4) + #----------------------------------------------------------------------- # Teste de aleatorização para a correlação. @@ -93,7 +95,7 @@ sim <- matrix(NA, ncol = length(cont), nrow = length(cont), dimnames = list(cont, cont)) -sim[lower.tri(sim)] <- x +sim[lower.tri(sim)] <- s sim # j <- scan() @@ -105,7 +107,7 @@ jum[lower.tri(jum)] <- j jum # Correlação entre as distância (fere a suposição de independência). -cor(s, j) +k <- cor(s, j) # Empilha os valores de similaridade. simd <- do.call(expand.grid, dimnames(sim)) @@ -113,24 +115,46 @@ simd$s <- c(sim) # simd <- na.omit(simd) simd -# Troca os nomes de linhas e colunas. -i <- sample(cont) -colnames(jum) <- i -rownames(jum) <- i +K <- replicate(499, { + # Troca os nomes de linhas e colunas. + i <- sample(cont) + colnames(jum) <- i + rownames(jum) <- i + # Empilha os valores de pulos. + jumi <- do.call(expand.grid, dimnames(jum)) + jumi$j <- c(jum) + # jumi <- na.omit(jumi) + # jumi + # Junta as duas tabelas. + da <- na.omit(merge(jumi, simd)) + cor(da$j, da$s) +}) + +head(K) +tail(K) + +K <- c(k, K) -# Empilha os valores de pulos. -jumi <- do.call(expand.grid, dimnames(jum)) -jumi$j <- c(jum) -# jumi <- na.omit(jumi) -jumi +hist(K) +abline(v = k, col = 2) -# Junta as duas tabelas. -da <- na.omit(merge(jumi, simd)) -cor(da$j, da$s) +plot(density(K)) # Mantel Matrix Randomization Test. RSiteSearch("mantel randomization") +jumd <- as.dist(jum) +simd <- as.dist(sim) +class(jumd) +jumd + +library(ade4) + +mr <- mantel.randtest(jumd, simd, nrepet = 999) +mr + +plot(mr) + #----------------------------------------------------------------------- # Índice de Moran para medir dependência espacial.