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plano.md

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  • Forked from pet-estatistica / labestData
    1070 commits behind the upstream repository.

    Painel de atividades do labestData

    Este painel tem por objetivo documentar as atividades semanalmente planejadas para cada integrante bem como suas realizações conforme fluxo de trabalho adotado para o projeto labestData.

    Conteúdo previsto

    Nesta primeira fase do projeto foram definidas algumas obras nacionais para transcrição e documentação de suas tabelas de dados ao pacote. As obras escolhidas estão descritas abaixo e compreendem as disciplinas de Planejamento de Experimentos, Análise de Regressão Linear e Análise Estatística Multivariada.

    1. Borges, C. G., Demétrio, & Zocchi, S. S. (2011). Modelo de Regressão. Piracicaba, SP: USP. Sob responsabilidade de Alcides Neto

    2. MINGOTI, S.A. (2005). Análise de dados através de métodos de estatística mulq-tivariada - uma abordagem aplicada. Belo Horizonte, MG: Editora UFMG. Sob responsabilidade de Paula Alessandra e Ângela Legey

    3. Barros, W. S. & Dias, L. A. S. (2009). Biometria Experimental, UFV Viçosa, MG. Sob responsabilidade de Altamiro Basiewics

    4. Zimmermann, F.J.(2004), Estatística aplicada à pesquisa agrícola (1st ed.). Santo Antônio de Goiás, GO: Embrapa Arroz e Feijão. Sob responsabilidade de Bruna Wundervald

    5. Pimentel-Gomes, F. (2009). Curso de Estatística Experimental (15th ed.). Piracicaba: FEALQ. Sob responsabilidade de Bruno Geronymo

    6. Charnet, R., de Luna Freire, C.A., Charnet, E.M.R. & Bonvino, H. (2008). Análise de modelos de regressão linear com aplicações (2nd ed., p. 356). Editora Unicamp Sob responsabilidade de Daniel Ikenaga

    7. Ferreira, D. F. (2011). Estatística Multivariada (2nd ed.). Lavras, editora UFLA. Sob responsabilidade de Eduardo Junior

    8. Manly, B. J. F. (2005). Métodos Estatísticos Multivariados- uma introdução. Porto Alegre, RS: ARTMED Sob responsabilidade de Gabriel Klostermann

    9. Ramalho, M. A. P., Ferreira, D. F. & Oliveira, A. C. (2005). Experimentação em Genética e Melhoramento de Plantas (2th ed.). Lavras: UFLA. Sob responsabilidade de Jhenifer Veloso

    10. Banzatto, D. A., & Kronka, S. D. (2013). Experimentação Agrícola (4th ed.). Jaboticabal, SP: Funep. Sob responsabilidade de Walmes Zeviani

    Ao término desta primeira fase pretende-se ter todos os conjuntos de dados relevantes destas obras disponíveis para usuários do pacote. Ainda vignettes (vinhetas), exemplificando a análise de dados (em códigos R) referentes a cada disciplina compreendida, serão elaboradas para servirem de inspiração ou roteiro para análise dos demais dados do pacote.

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    Painel de realização

    REFERENTE A 1º SEMANA (01/03 à 08/03)

    | Integrante | Realizou as atividades propostas ? | Solicitou MR ? | |----------------------------------+----------------------+---------| | Alcides Conte Neto | S :white_check_mark: | S :white_check_mark: | | Altamiro Antonio Basiewics | S :white_check_mark: | S :white_check_mark: | | Angela Luiza Cunha Legey | S :white_check_mark: | S :white_check_mark: | | Bruna Davies Wundervald | S :white_check_mark: | S :white_check_mark: | | Bruno Geronymo | S :white_check_mark: | S :white_check_mark: | | Daniel Ikenaga | S :white_check_mark: | S :white_check_mark: | | Eduardo Elias Ribeiro Junior | S :white_check_mark: | S :white_check_mark: | | Gabriel Sartori Klostermann | S :white_check_mark: | S :white_check_mark: | | Jhenifer Caetano Veloso | S :white_check_mark: | S :white_check_mark: | | Monica Ludmila Hintz De Oliveira | N :x: | N :x: | | Paula Alessandra Zeizer Dimas | S :white_check_mark: | S :white_check_mark: | | Walmes Marques Zeviani | S :white_check_mark: | S :white_check_mark: | | Cesar Augusto Taconeli | S :white_check_mark: | S :white_check_mark: |

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    Planejamento semanal

    Todas as terças-feiras o grupo desenvolvedor do pacote descreve suas propostas de atividade para a semana vigente. Abaixo temos as atividades de cada integrante descritas para a semana do período 08/03 à 15/03:

    1. Alcides Conte Neto

      • Listar todas as tabelas presentes na obra de sua responsabilidade e criar os respectivos issues no GitLab; e
      • Incluir todas as tabelas presentes no 1º capítulo (+- 8)
    2. Altamiro Antonio Basiewics

      • Listar todas as tabelas presentes na obra de sua responsabilidade e criar os respectivos issues no GitLab; e
      • Incluir mais 3 tabelas
    3. Angela Luiza Cunha Legey

      • Listar todas as tabelas presentes na parte obra de sua responsabilidade e criar os respectivos issues no GitLab; e
      • Incluir mais 5 tabelas
    4. Bruna Davies Wundervald

      • Incluir mais 5 tabelas
    5. Bruno Geronymo

      • Listar todas as tabelas presentes na obra de sua responsabilidade e criar os respectivos issues no GitLab; e
      • Incluir mais 3 tabelas
    6. Daniel Ikenaga

      • Listar todas as tabelas presentes na obra de sua responsabilidade e criar os respectivos issues no GitLab; e
      • Incluir mais 2 ou 3 tabelas; e
      • Checar o build de verificação do pacote (para correção do erro gerado no seu ramo)
    7. Eduardo Elias Ribeiro Junior

      • Realizar as eventuais correções de MR e incorporá-los ao ramo devel; e
      • Incluir mais 3 tabelas (issue#28)
    8. Gabriel Sartori Klostermann

      • Listar todas as tabelas presentes na obra de sua responsabilidade e criar os respectivos issues no GitLab; e
      • Incluir mais 2 tabelas
    9. Jhenifer Caetano Veloso

      • Incluir mais 5 tabelas
    10. Monica Ludmila Hintz De Oliveira

      • Concluir as atividades da semana anterior; e
      • Listar todas as tabelas presentes na obra de sua responsabilidade e criar os respectivos issues no GitLab; e
      • Incluir mais 3 tabelas
    11. Paula Alessandra Zeizer Dimas

      • Listar todas as tabelas presentes na parte obra de sua responsabilidade e criar os respectivos issues no GitLab; e
      • Incluir mais 2 tabelas
    12. Walmes Marques Zeviani

      • Realizar as eventuais correções de MR e incorporá-los ao ramo devel; e
      • Incluir mais 3 tabelas (issue#8)
    13. Cesar Augusto Taconeli

      • Realizar as eventuais correções de MR e incorporá-los ao ramo devel

    As ativides descritas para esta semana deveram ser realizadas, nos seus ramos específicos, e solicitado MR ao respectivo responsável pelo merge até as 12h00 do dia 15/03. Após esta data o painel de realização será atualizado com o status das atividades propostas.

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    Mini roteiro do projeto

    A cada semana nós devemos criar novos ramos para realização das atividades propostas. Porém devemos nos atentar ao criá-los. Estes ramos devem necessariamente sair do ramo devel e não é necessário a incorporação do ramo de trabalho anterior (solicitado por MR) para que este seja criado. Abaixo temos os comandos GIT para criar o ramo a partir do devel.

    ## Atualiza todos os ramos com a versão do servidor
    git pull
    
    ## Retorna para o ramo devel
    git checkout devel
    
    ## Cria um ramo para atividades propostas no issue00
    git branch fulano00
    
    ## Vai para o ramo criado
    git checkout fulano00
    

    Com isso já estamos em um ramo criado especificamente para o desenvolvimento das atividades propostas no issue#00, assim podemos prosseguir com o trabalho propriamente dito, a adição de conjunto de dados.

    ##======================================================================
    ## Passo 1 - Ler e inserir os dados na pasta ./data-raw/
    
    ## Usando o R ----------------------------------------------------------
    
    ## Transcreva os dados das tabelas
    ex <- expand.grid(X1 = 1:6, X2 = LETTERS[1:4])
    x3 <- scan()
    CiclanoTb0.0 <- data.frame(X1 = ex$X1, X2 = ex$X2, X3 = x3)
    
    ## Salve a tabela em formato txt no diretório ./data-raw/
    write.table(CiclanoTb0.0,
                file = "./data-raw/CiclanoTb0.0.txt",
                sep = "\t",
                row.names = FALSE)
    
    ## Você pode usar a função write2txt() definida em:
    ## https://gitlab.c3sl.ufpr.br/snippets/34.
    write2txt(CiclanoTb0.0)
    
    ## Usando outro software -----------------------------------------------
    
    ## Transcreva os dados da tabela no software e salve-os no formato txt
    ## na pasta ./data-raw/
    
    ## Leia os dados na sessão R, para utilizá-los posteriormente
    CiclanoTb0.0 <- read.table("./data-raw/CiclanoTb0.0.txt",
                               header = TRUE, sep = "\t")
    
    ##======================================================================
    ## Passo 2 - Inserir os dados no diretório ./data/
    library(devtools)
    use_data(CiclanoTb0.0)
    
    ## Você pode usar a função write2rda() definida em:
    ## https://gitlab.c3sl.ufpr.br/snippets/34.
    write2rda(CiclanoTb0.0)
    
    ##======================================================================
    ## Passo 3 - Escreva a documentação utilizando as tags roxygen2
    
    ## Dica: rode os códigos da sessão exemplo aqui, para verificar se os
    ## gráficos/tabelas são realizadas corretamente.
    table(CiclanoTb0.0)
    plot(X1 ~ X2, data = CiclanoTb0.0)
    
    ## Você pode usar a função write2Rdoc() definida em:
    ## https://gitlab.c3sl.ufpr.br/snippets/34. Essa função cria o arquivo
    ## com nome do objeto e algumas já escreve algumas informações,
    ## retiradas do próprio objeto. Depois de usar, abra o arquivo e
    ## preencha o restante.
    write2Rdoc(CiclanoTb0.0)
    
    ##======================================================================
    ## Passo 4 - Gere e check a documentação (insere um arquivo no diretório
    ## ./man/). Obs.: O aviso sobre o NAMESPACE pode ser ignorado, pois o
    ## document() tenta criar um NAMESPACE onde já há um existente, mas isso
    ## não é problema pois ambos são arquivos sem conteúdo relevante.
    document()
    check_man()
    
    ##======================================================================
    ## Passo 5 - Verifique a constituição e organização do pacote (caso haja
    ## ERROS, WARNINGS ou mais de um NOTE. Corrija o problema e continue do
    ## passo 4)
    check()
    

    Após todos os passos concluídos devemos ter os arquivos .txt, .rda, .R e .Rd devidamente criados. Podemos voltar ao terminal e comitar nossas contribuições.

    ## Adiciona os 4 arquivos criados e commita as alterações
    git add data-raw/. data/. R/. man/CiclanoTb0.0
    git commit -m "Adiciona tabela 0.0 do livro do Ciclano"
    
    ## Desconsidera as alterações realizadas nos arquivos que são gerados
    ## automaticamente
    git checkout .
    
    ## Enviando as alterações para o servidor
    git push origin fulano00
    

    Agora com tudo commitado podemos seguir para o próximo conjunto de dados e refazer todos os passos descritos na sessão R.

    Vale ressaltar que este mini roteiro compreende a rotina básica para inclusão de um conjunto de dados, se for necessária a inclusão de um biblioteca para elaboração de gráficos ou análises ou ainda forem criadas funções para o pacote os arquivos NAMESPACE e DESCRIPTION deverão ser alterados e essas alterações commitadas.

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