acesso.rst

Acesso ao cluster

Esta página destina a mostrar meios de interagir com o cluster do C3SL. Acessar remotamente o cluster e copiar arquivos do computador pessoal para o cluster e depois copiar arquivos do cluster para computador pessoal.

Formas de acesso

• Acesso via ssh
  • Acesso ssh Linux
    • ssh terminal Linux
      • Exemplo de acesso por terminal Linux
  • Acesso ssh windows
    • Termius
• Copiar de arquivos para o cluster
  • Comando scp
    • Exemplo de cópia com scp
  • Comando rsync
    • Exemplo de cópia com comando rsync

Acesso via ssh

A forma de acessar o cluster é por meio do protocolo de acesso ssh (secure shell).

O nome do cluster para acesso é: c3hpc.c3sl.ufpr.br

Acesso ssh Linux

A principal forma de utilizar o ssh no Linux é por meio do terminal.

ssh terminal Linux

Abra o terminal e digite o comando: ssh <login>@c3hpc.c3sl.ufpr.br.

Onde:

• <login> é o seu usuário do cluster

Exemplo de acesso por terminal Linux

odair:~/ $ ssh odair@c3hpc.c3sl.ufpr.br
Linux c3hpc 5.10.0-16-amd64 #1 SMP Debian 5.10.127-1 (2022-06-30) x86_64
================================================================================

Suporte: c3hpc@c3sl.ufpr.br

===============================================================================
Last login: Wed Aug 31 19:28:56 2022 from 2801:82:80ff:8001:216:ccff:feaa:77
➜  ~

Acesso ssh windows

TODO

Termius

TODO

Copiar de arquivos para o cluster

Para copiar arquivos para o cluster é possível utilizar os comandos: scp ou rsync

Comando scp

O comando scp (secure copy) funciona da mesma maneira que o comando cp só que precisa passar o servidor para onde está copiando.

Para copiar um arquivo local para o cluster utilize o comando:

scp <arquivo> <login>@c3hpc.c3sl.ufpr.br:~/<destino>

Onde:

• <arquivo> é o nome ou caminho para o arquivo que deseja copiar.
• <login> É o seu usuário no cluster.
• <destino> É o nome ou caminho de destino do arquivo no cluster.

Para copiar diretórios é necessário passar a opção -r

scp -r <diretório> <login>@c3hpc.c3sl.ufpr.br:~/<destino>

Exemplo de cópia com scp

O exemplo a seguir mostra como copiar um arquivo ou diretório com scp para sua conta no cluster:

[odair@zaros ~]$ scp -r experimentos/ odair@c3hpc.c3sl.ufpr.br:~/
exp2                         100%    0     0.0KB/s   00:00
exp1                         100%    0     0.0KB/s   00:00
script.sh                    100%    0     0.0KB/s   00:00
[odair@zaros ~]$

Para copiar do cluster para sua máquina local é só inverter a ordem dos parâmetros:

[odair@zaros ~]$ scp -r  odair@c3hpc.c3sl.ufpr.br:~/experimentos resultados
[odair@zaros ~]$ ls resultados/
exp1  exp2  script.sh
[odair@zaros ~]$

Comando rsync

O comando rsync é mais robusto que o scp, e segue a mesma lógica de uso.

Para copiar um arquivo local para o cluster use:

rsync -avhHP <arquivo> <login>@c3hpc.c3sl.ufpr.br:~/<destino>

Para copiar um arquivo remoto do cluster para a sua máquina utilize:

rsync -avhHP <login>@c3hpc.c3sl.ufpr.br:/<arquivo> <destino>

Onde:

• <arquivo> É o nome ou caminho para o arquivo que deseja copiar.
• <login> É o seu usuário no cluster.
• <destino> É o nome ou caminho de destino do arquivo no cluster.

Os parâmetros utilizados no comando do rsync significam:

• -a Copiar tanto arquivo quanto diretório.
• -v Mostrar uma saída mais detalhada.
• -h Mostrar valores em unidades humanas, como MB, GB
• -H Copiar e manter hard-links.
• -P Mostrar o progresso durante a cópia

Exemplo de cópia com comando rsync

Copiando diretório local para o cluster:

[odair@zaros ~]$ rsync -avhHP experimentos_v2/ odair@c3hpc.c3sl.ufpr.br:~/experimentos_v2/
sending incremental file list
created directory /home/odair/experimentos_v2
./
exp1
              0 100%    0,00kB/s    0:00:00 (xfr#1, to-chk=2/4)
exp2
              0 100%    0,00kB/s    0:00:00 (xfr#2, to-chk=1/4)
script.sh
              0 100%    0,00kB/s    0:00:00 (xfr#3, to-chk=0/4)

sent 233 bytes  received 130 bytes  242,00 bytes/sec
total size is 0  speedup is 0,00
[odair@zaros ~]$

Copiando diretório remoto do cluster para máquina local

[odair@zaros ~]$ rsync -avhHP odair@c3hpc.c3sl.ufpr.br:~/experimentos_v2/ resultados_2
receiving incremental file list
created directory resultados_2
./
exp1
                  0 100%    0,00kB/s    0:00:00 (xfr#1, to-chk=2/4)
exp2
                  0 100%    0,00kB/s    0:00:00 (xfr#2, to-chk=1/4)
script.sh
                  0 100%    0,00kB/s    0:00:00 (xfr#3, to-chk=0/4)

sent 88 bytes  received 235 bytes  129,20 bytes/sec
total size is 0  speedup is 0,00
[odair@zaros ~]$ ls resultados_2/
exp1  exp2  script.sh
[odair@zaros ~]$

Tip

Recomendo criar um alias no .bashrc ou .zshrc para comandos de cópias, uma sugestão de alias é:

alias copy="rsync -ahH --info=progress2 --mkpath"

O parametro --mkpath cria subdiretórios no destino, caso ele não exista, consulte man rsync para mais informações

Com esse alias basta fazer:

copy <arquivo> <login>@c3hpc.c3sl.ufpr.br:<destino>

copy <login>@c3hpc.c3sl.ufpr.br:<arquivo> <destino>