Adiciona arquivos de estrutura para elaboração do tcc

docs/01-tcc.Rnw

+%% abtex2-modelo-trabalho-academico.tex, v<VERSION> laurocesar
+%% Copyright 2012-<COPYRIGHT_YEAR> by abnTeX2 group at http://www.abntex.net.br/ 
+%%
+%% This work may be distributed and/or modified under the
+%% conditions of the LaTeX Project Public License, either version 1.3
+%% of this license or (at your option) any later version.
+%% The latest version of this license is in
+%%   http://www.latex-project.org/lppl.txt
+%% and version 1.3 or later is part of all distributions of LaTeX
+%% version 2005/12/01 or later.
+%%
+%% This work has the LPPL maintenance status `maintained'.
+%% 
+%% The Current Maintainer of this work is the abnTeX2 team, led
+%% by Lauro César Araujo. Further information are available on 
+%% http://www.abntex.net.br/
+%%
+%% This work consists of the files abntex2-modelo-trabalho-academico.tex,
+%% abntex2-modelo-include-comandos and abntex2-modelo-references.bib
+%%
+
+% ------------------------------------------------------------------------
+% ------------------------------------------------------------------------
+% abnTeX2: Modelo de Trabalho Academico (tese de doutorado, dissertacao de
+% mestrado e trabalhos monograficos em geral) em conformidade com 
+% ABNT NBR 14724:2011: Informacao e documentacao - Trabalhos academicos -
+% Apresentacao
+% ------------------------------------------------------------------------
+% ------------------------------------------------------------------------
+
+\documentclass[
+	% -- opções da classe memoir --
+	12pt,				% tamanho da fonte
+	openright,			% capítulos começam em pág ímpar (insere página vazia caso preciso)
+	twoside,			% para impressão em recto e verso. Oposto a oneside
+	a4paper,			% tamanho do papel. 
+	% -- opções da classe abntex2 --
+	%chapter=TITLE,		% títulos de capítulos convertidos em letras maiúsculas
+	%section=TITLE,		% títulos de seções convertidos em letras maiúsculas
+	%subsection=TITLE,	% títulos de subseções convertidos em letras maiúsculas
+	%subsubsection=TITLE,% títulos de subsubseções convertidos em letras maiúsculas
+	% -- opções do pacote babel --
+	english,			% idioma adicional para hifenização
+	brazil,				% o último idioma é o principal do documento
+	svgnames
+	]{abntex2}
+
+
+% ---
+% PACOTES
+% ---
+
+% ---
+% Pacotes fundamentais 
+% ---
+\usepackage{lmodern}			% Usa a fonte Latin Modern
+\usepackage[T1]{fontenc}		% Selecao de codigos de fonte.
+\usepackage[utf8]{inputenc}		% Codificacao do documento (conversão automática dos acentos)
+\usepackage{indentfirst}		% Indenta o primeiro parágrafo de cada seção.
+\usepackage{color}				% Controle das cores
+\usepackage{graphicx}			% Inclusão de gráficos
+\usepackage{microtype} 			% para melhorias de justificação
+\usepackage{amsmath,amssymb,amstext}
+\usepackage{setspace}
+
+% ---
+% Pacotes e definições adcionais, para adequações especificas
+\usepackage{tikz}				
+\usepackage{pdflscape}			% para ambiente landscape
+\usepackage{pgfgantt}			% cronograma estilo gráfico de gantt
+\usetikzlibrary{backgrounds}
+\definecolor{done}{RGB}{120, 180, 120}
+\definecolor{do}{RGB}{180, 120, 120}
+
+% ---
+
+% ---
+% Pacotes adicionais, usados apenas no âmbito do Modelo Canônico do abnteX2
+% ---
+\usepackage{lipsum}				% para geração de dummy text
+% ---
+
+% ---
+% Pacotes de citações
+% ---
+\usepackage[brazilian,hyperpageref]{backref}% Paginas com as citações
+\usepackage[alf]{abntex2cite}				% Citações padrão ABNT
+
+% --- 
+% CONFIGURAÇÕES DE PACOTES
+% --- 
+
+% ---
+% Configurações do pacote backref
+% Usado sem a opção hyperpageref de backref
+\renewcommand{\backrefpagesname}{Citado na(s) página(s):~}
+% Texto padrão antes do número das páginas
+\renewcommand{\backref}{}
+% Define os textos da citação
+\renewcommand*{\backrefalt}[4]{
+  \ifcase #1 %
+  Nenhuma citação no texto.%
+  \or
+  Citado na página #2.%
+  \else
+  Citado #1 vezes nas páginas #2.%
+  \fi}%
+% ---
+
+% ---
+% Informações de dados para CAPA e FOLHA DE ROSTO
+% ---
+\titulo{Extensões e Aplicações Modelo de Regressão
+  Conway-Maxwell-Poisson para Modelagem de Dados de Contagem}
+\vspace{2cm}
+\autor{Eduardo Elias Ribeiro Junior}
+\local{Curitiba}
+\data{\Sexpr{format(Sys.time(), "%Y")}}
+\instituicao{Universidade Federal do Paraná
+  \par
+  Setor de Ciências Exatas
+  \par
+  Departamento de Estatística
+}
+\orientador[Orientador:]{Prof. Dr. Walmes Marques Zeviani}
+\tipotrabalho{Trabalho de Conclusão de Curso}
+% O preambulo deve conter o tipo do trabalho, o objetivo, 
+% o nome da instituição e a área de concentração 
+\preambulo{Trabalho de Conclusão de Curso apresentado à disciplina
+    Laboratório B do Curso de Graduação em Estatística da Universidade
+    Federal do Paraná, como exigência parcial para obtenção do grau de
+    Bacharel em Estatística.}
+% ---
+
+% ---
+% Configurações de aparência do PDF final
+
+% informações do PDF
+\makeatletter
+\hypersetup{
+  % pagebackref=true,
+  pdftitle={\@title}, 
+  pdfauthor={\@author},
+  pdfsubject={\imprimirpreambulo},
+  pdfcreator={LaTeX with abnTeX2},
+  % pdfkeywords={abnt}{latex}{abntex}{abntex2}{projeto de pesquisa}, 
+  colorlinks=true,	% false: boxed links; true: colored links
+  linkcolor=blue,     % color of internal links
+  citecolor=blue, % color of links to bibliography
+  filecolor=magenta, % color of file links
+  urlcolor=blue,
+  bookmarksdepth=4
+}
+\addto\captionsbrazil{
+  \renewcommand{\bibname}{REFER\^ENCIAS}
+}
+\makeatother
+% --- 
+
+% --- 
+% Espaçamentos entre linhas e parágrafos 
+% --- 
+
+% O tamanho do parágrafo é dado por:
+\setlength{\parindent}{1.3cm}
+
+% Controle do espaçamento entre um parágrafo e outro:
+\setlength{\parskip}{0.2cm}  % tente também \onelineskip
+
+% ---
+% compila o indice
+% ---
+\makeindex
+% ---
+
+% ----
+% Início do documento
+% ----
+\begin{document}
+
+<<setup, include=FALSE>>=
+source("_setup.R")
+@
+
+
+% Seleciona o idioma do documento (conforme pacotes do babel)
+% \selectlanguage{english}
+\selectlanguage{brazil}
+
+% Retira espaço extra obsoleto entre as frases.
+\frenchspacing 
+
+% ----------------------------------------------------------
+% ELEMENTOS PRÉ-TEXTUAIS
+% ----------------------------------------------------------
+% \pretextual
+
+% ---
+% Capa
+% ---
+\tikz[remember picture,overlay] \node[opacity=1,inner sep=0pt] at 
+(current page.center){
+  \includegraphics[width=\paperwidth,
+  height=\paperheight]{images/ufpr_bg}};
+
+\begin{center}
+  {\Large \textsf{Universidade Federal do Paraná}}
+  \vspace{-0.5cm}
+\end{center}
+
+\imprimircapa
+
+% ---
+
+% ---
+% Folha de rosto
+% ---
+\imprimirfolhaderosto
+% ---
+
+% ---
+% Dedicatória
+% ---
+% \begin{dedicatoria}
+%    \vspace*{\fill}
+%    \centering
+%    \noindent
+%    \textit{ Este trabalho é dedicado às crianças adultas que,\\
+%    quando pequenas, sonharam em se tornar cientistas.} \vspace*{\fill}
+% \end{dedicatoria}
+% ---
+
+% ---
+% Agradecimentos
+% ---
+\begin{agradecimentos}
+\lipsum[1]
+
+\end{agradecimentos}
+% ---
+
+% ---
+% Epígrafe
+% ---
+\begin{epigrafe}
+    \vspace*{\fill}
+	\begin{flushright}
+		\textit{``The numbers are where the scientific \\ discussion
+		should start, not end.}\\
+		--- Steven N. Goodman
+	\end{flushright}
+\end{epigrafe}
+% ---
+
+% ---
+% RESUMOS
+% ---
+
+% resumo em português
+\setlength{\absparsep}{18pt} % ajusta o espaçamento dos parágrafos do resumo
+\begin{resumo}
+    \lipsum[1]
+    \textbf{Palavras-chave}: COM-Poisson. Dados de contagem. 
+\end{resumo}
+
+% ---
+% inserir lista de ilustrações
+% ---
+\pdfbookmark[0]{\listfigurename}{lof}
+\listoffigures*
+\cleardoublepage
+% ---
+
+% ---
+% inserir lista de tabelas
+% ---
+\pdfbookmark[0]{\listtablename}{lot}
+\listoftables*
+\cleardoublepage
+% ---
+
+% ---
+% inserir lista de abreviaturas e siglas
+% ---
+\begin{siglas}
+  \item[ABNT] Associação Brasileira de Normas Técnicas
+  \item[abnTeX] ABsurdas Normas para TeX
+\end{siglas}
+% ---
+
+% ---
+% inserir lista de símbolos
+% ---
+\begin{simbolos}
+  \item[$ \Gamma $] Letra grega Gama
+  \item[$ \Lambda $] Lambda
+  \item[$ \zeta $] Letra grega minúscula zeta
+  \item[$ \in $] Pertence
+\end{simbolos}
+% ---
+
+% ---
+% inserir o sumario
+% ---
+\pdfbookmark[0]{\contentsname}{toc}
+\tableofcontents*
+\cleardoublepage
+% ---
+
+% ----------------------------------------------------------
+% ELEMENTOS TEXTUAIS
+% ----------------------------------------------------------
+\textual
+
+\chapter{Introdução}
+\label{cap:introducao}
+<<cap01, child = "cap01_introducao.Rnw">>=
+@
+
+\chapter{Revisão de Literatura}
+\label{cap:revisao-de-literatura}
+<<cap02, child = "cap02_revisao-de-literatura.Rnw">>=
+@
+
+\chapter{Material e Métodos}
+\label{cap:materiais-e-metodos}
+<<cap03, child = "cap03_materiais-e-metodos.Rnw">>=
+@
+
+\chapter{Resultados e Discussão}
+\label{cap:resultados-e-discussao}
+<<cap04, child = "cap04_resultados-e-discussao.Rnw">>=
+@
+
+\chapter{Considerações Finais}
+\label{cap:consideracoes-finais}
+<<cap05, child = "cap05_consideracoes-finais.Rnw">>=
+@
+
+% ---
+\phantompart
+
+% ---
+% Conclusão
+% ---
+
+% ----------------------------------------------------------
+% ELEMENTOS PÓS-TEXTUAIS
+% ----------------------------------------------------------
+\postextual
+
+% ----------------------------------------------------------
+% Referências bibliográficas
+% ----------------------------------------------------------
+\bibliography{compois}
+
+% ----------------------------------------------------------
+% Apêndices
+% ----------------------------------------------------------
+
+% ---
+% Inicia os apêndices
+% ---
+\begin{apendicesenv}
+
+% Imprime uma página indicando o início dos apêndices
+\partapendices
+
+\chapter{Lipsum}
+\lipsum[20]
+
+\end{apendicesenv}
+% ---
+
+% ----------------------------------------------------------
+% Anexos
+% ----------------------------------------------------------
+
+% ---
+% Inicia os anexos
+% ---
+\begin{anexosenv}
+
+% Imprime uma página indicando o início dos anexos
+\partanexos
+
+\chapter{Lipsum}
+\lipsum[30]
+
+\end{anexosenv}
+
+%---------------------------------------------------------------------
+% INDICE REMISSIVO
+%---------------------------------------------------------------------
+\phantompart
+\printindex
+%---------------------------------------------------------------------
+
+\end{document}

docs/_setup.R

+library(knitr)
+opts_chunk$set(
+    warning = FALSE, 
+    message = FALSE,
+    echo = FALSE,
+    tidy = FALSE,
+    fig.width = 7,
+    fig.height = 5,
+    fig.align = "center",
+    dpi = 100,
+    dev.args = list(family = "Palatino"))
+
+## Configura opções de gráficos do knitr
+library(latticeExtra)
+mycol <- c("#E41A1C", "#377EB8", "#4DAF4A",
+           "#ff00ff", "#FF7F00", "#984EA3", "#FFFF33")
+
+## Trellis graphical style.
+ps <- list(
+    box.rectangle = list(col = 1, fill = c("gray70")),
+    box.umbrella = list(col = 1, lty = 1),
+    box.dot = list(pch = "|"),
+    dot.symbol = list(col = 1, pch = 19),
+    dot.line = list(col = "gray50", lty = 3),
+    plot.symbol = list(col = 1),
+    plot.line = list(col = 1),
+    plot.polygon = list(col = "gray95"),
+    superpose.line = list(col = mycol, lty = 1),
+    superpose.symbol = list(col = mycol, pch = 1),
+    superpose.polygon = list(col = mycol),
+    strip.background = list(col = c("gray80", "gray50")))
+trellis.par.set(ps)
+
+## Configura opções de output no documento
+options(digits = 3, OutDec = ",",
+        xtable.caption.placement = "top",
+        xtable.include.rownames = FALSE,
+        xtable.booktabs = TRUE)
+

docs/cap01_introducao.Rnw

+% ------------------------------------------------------------------------
+% CAPÍTULO 1 - INTRODUÇÃO
+% ------------------------------------------------------------------------
+
+\lipsum[1-6]
\ No newline at end of file

docs/cap02_revisao-de-literatura.Rnw

+% ------------------------------------------------------------------------
+% CAPÍTULO 2 - REVISÃO DE LITERATURA
+% ------------------------------------------------------------------------
+
+\section{Seção}
+\lipsum[1-5]
+
+\section{Seção}
+\lipsum[1-5]
+
+\section{Seção}
+\lipsum[1-8]
\ No newline at end of file

docs/cap03_materiais-e-metodos.Rnw

+% ------------------------------------------------------------------------
+% CAPÍTULO 3 - MATERIAIS E MÉTODOS
+% ------------------------------------------------------------------------
+
+\section{Seção}
+\lipsum[1-3]
+
+\subsection{Subseção}
+\lipsum[1-5]

docs/cap04_resultados-e-discussao.Rnw

+% ------------------------------------------------------------------------
+% CAPÍTULO 4 - RESULTADOS E DISCUSSÃO
+% ------------------------------------------------------------------------
+
+\lipsum[1-3]
+
+<<capdesfo, fig.cap="Experimento sobre capulhos de algodão sob efeito de desfolha">>=
+
+library(MRDCr)
+library(lattice)
+
+xyplot(ncap ~ des | est,
+       data = capdesfo,
+       layout = c(NA, 2),
+       type = c("p", "g", "smooth"),
+       xlab = "Níveis de desfolha artificial",
+       ylab = "Número de capulhos produzidos",
+       xlim = extendrange(c(0:1), f = 0.15),
+       panel = panel.beeswarm, r = 0.05)
+
+@
+
+\lipsum[1-2]
+
+<<capmosca, fig.cap="Experimento sobre capulhos de algodão sob efeito de infestação de mosca-branca">>=
+
+# Número de capulhos produzidos por planta
+xyplot(ncap ~ dexp, groups = planta,
+       data = capmosca,
+       xlab = "Dias sob exposição a alta infestação de mosca-branca",
+       ylab = "Número de capulhos produzidos",
+       auto.key = list(column = 2),
+       panel = panel.beeswarm, r = 0.08,
+       type = c("p", "g", "smooth"))
+
+@
+
+
+Verificando \textit{outputs} R \textit{inline} \Sexpr{1/3}. A
+referenciação de figuras produzidas em \textit{chunks} R é 
+\texttt{fig: + chunkname}, assim como vemos nas figuras \ref{fig:capmosca}
+e \ref{fig:capdesfo}. Para as tabelas a referenciação também é simples,
+conforme tabela \ref{tab:01}.
+
+\lipsum[1-2]
+
+<<results='asis'>>=
+xtable::xtable(mtcars[, 1:8], caption = "Dados de automóveis", 
+               label = "tab:01")
+
+## print(head(xt, 1), booktabs = FALSE)
+@
+
+Entendendo citações:
+\begin{itemize}
+    \item \citeonline{Zeviani2014}
+    \item \citeonline[p.~281]{Paula2013}
+    \item \cite{Sellers2010}
+    \item \cite[cap.~4]{RibeiroJr2012}
+    \item \apud[p.~2--3]{Zeviani2014}{Park2009}
+    \item \apudonline{Lord2010}{Shmueli2005}
+\end{itemize}
+
+

docs/cap05_consideracoes-finais.Rnw

+% ------------------------------------------------------------------------
+% CAPÍTULO 5 - CONSIDERAÇÕES FINAIS
+% ------------------------------------------------------------------------
+
+\lipsum[1-3]
\ No newline at end of file