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508c75a3
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508c75a3
authored
9 years ago
by
Walmes Marques Zeviani
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Adiciona e documenta as funções *panel.cbH.
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View file @
508c75a3
#' @name panel.cbH
#' @aliases panel.cbH
#' @export
#' @author Walmes Zeviani baseado na lista de discussão R-help.
#' @title Função para Intervalos e Bandas de Confiança com a Lattice
#'
#' @description Essa função permite representar intervalos de confiança
#' e bandas de confiança em gráficos do pacote lattice.
#'
#' @param y Valor central ou estimativa pontual.
#'
#' @param ly Limite inferior do intervalo/banda de confiança.
#'
#' @param uy Limite superior do intervalo/banda de confiança.
#'
#' @param cty Uma string que indica o tipo de representação. Atualmente
#' são aceitos os valores \code{"bars"} para intervalos de confiança
#' e \code{"bands"} para bandas de confiança.
#'
#' @param desloc Um vetor númerico nos quais os valores representam
#' quantidades a somar/subtrair dos valores de \code{x} para não
#' sobrepor intervalos. Com esse argumento pode-se representar mais
#' de um intervalor por valor de \code{x}. Não é usado quando
#' \code{cty = "bands"}
#'
#' @param fill Uma representação de cor para preencher o interior das
#' bandas de confiança. Não é usado quando \code{cty = "bars"}.
#'
#' @param alpha Nível de transparência na cor de preenchimento das
#' bandas de confiança para permitir sobrepor bandas. O valor
#' default é 0.1. Não é usado quando \code{cty = "bars"}.
#'
#' @param length Comprimento para as extremidades dos intervalos que
#' formam o "T". O valor default é 0.05. Não é usado quando
#' \code{cty = "bands"}.
#'
#' @param x,subscripts,col.line,lwd,... Argumentos passados para a
#' função \code{\link[lattice]{xyplot}}.
#'
#' @return São usadas dentro de funções do pacote \pkg{lattice}.
#'
#' @seealso \code{\link{prepanel.cbH}}.
#' @import lattice latticeExtra
#' @examples
#'
#' library(lattice)
#' library(latticeExtra)
#'
#' m0 <- lm(sqrt(dist) ~ speed, data = cars)
#' pred <- with(cars, data.frame(speed = seq(min(speed),
#' max(speed),
#' length.out = 20)))
#' aux <- predict(m0, newdata = pred, interval = "confidence")
#' pred <- cbind(pred, aux)
#'
#' xyplot(sqrt(dist) ~ speed, data = cars) +
#' as.layer(xyplot(fit ~ speed, data = pred, type = "l",
#' ly = pred$lwr, uy = pred$upr, cty = "bands",
#' fill = "blue", alpha = 0.3,
#' prepanel = prepanel.cbH,
#' panel = panel.cbH))
#'
#' m1 <- lm(weight ~ feed, data = chickwts)
#' pred <- with(chickwts, data.frame(feed = levels(feed)))
#' aux <- predict(m1, newdata = pred, interval = "confidence")
#' pred <- cbind(pred, aux)
#'
#' xyplot(weight~feed, data=chickwts)+
#' as.layer(xyplot(fit ~ feed, data = pred,
#' ly = pred$lwr, uy = pred$upr,
#' cty = "bars",
#' prepanel = prepanel.cbH,
#' desloc = rep(0.15, length(pred$fit)),
#' panel = panel.cbH))
#'
#' da <- expand.grid(trt = gl(2, 1), x = 1:7)
#' da$y <- with(da, as.integer(trt) + 0.5 * x + rnorm(x, 0, 0.4))
#' xyplot(y ~ x, groups = trt, data = da)
#'
#' m2 <- lm(y ~ trt + x, data = da)
#'
#' pred <- with(da, expand.grid(trt = levels(trt),
#' x = seq(min(x), max(x), length.out = 20)))
#' aux <- predict(m2, newdata = pred, interval = "confidence")
#' pred <- cbind(pred, aux)
#'
#' xyplot(y ~ x, groups = trt, data = da) +
#' as.layer(xyplot(fit ~ x, groups = trt, data = pred, type = "l",
#' ly = pred$lwr, uy = pred$upr,
#' cty = "bands", alpha = 0.25,
#' prepanel = prepanel.cbH,
#' panel = panel.superpose,
#' panel.groups = panel.cbH))
#'
panel.cbH
<-
function
(
x
,
y
,
ly
,
uy
,
subscripts
,
cty
,
col.line
=
plot.line
$
col
,
lwd
=
plot.line
$
lwd
,
desloc
=
NULL
,
fill
=
1
,
alpha
=
0.1
,
length
=
0.05
,
...
)
{
plot.line
<-
trellis.par.get
(
"plot.line"
)
if
(
is.null
(
desloc
))
desloc
<-
rep
(
0
,
length
(
uy
))
y
<-
as.numeric
(
y
)
x
<-
as.numeric
(
x
)
or
<-
order
(
x
)
ly
<-
as.numeric
(
ly
[
subscripts
])
uy
<-
as.numeric
(
uy
[
subscripts
])
xo
<-
x
[
or
]
yo
<-
y
[
or
]
lyo
<-
ly
[
or
]
uyo
<-
uy
[
or
]
desl
<-
desloc
[
subscripts
]
if
(
cty
==
"bands"
)
{
panel.polygon
(
c
(
xo
,
rev
(
xo
)),
c
(
lyo
,
rev
(
uyo
)),
col
=
fill
,
alpha
=
alpha
,
border
=
NA
)
panel.lines
(
xo
,
lyo
,
lty
=
3
,
lwd
=
0.5
,
col
=
col.line
)
panel.lines
(
xo
,
uyo
,
lty
=
3
,
lwd
=
0.5
,
col
=
col.line
)
}
if
(
cty
==
"bars"
)
{
panel.arrows
(
xo
+
desl
,
lyo
,
xo
+
desl
,
uyo
,
length
=
length
,
code
=
3
,
angle
=
90
,
col
=
col.line
,
lwd
=
lwd
)
}
panel.xyplot
(
x
+
desl
,
y
,
subscripts
=
subscripts
,
col.line
=
col.line
,
lwd
=
lwd
,
...
)
}
#' @name prepanel.cbH
#' @rdname panel.cbH
#' @author Walmes Zeviani baseado na lista de discussão R-help.
#' @import lattice latticeExtra
#' @export
prepanel.cbH
<-
function
(
y
,
ly
,
uy
,
subscripts
){
ly
<-
as.numeric
(
ly
[
subscripts
])
uy
<-
as.numeric
(
uy
[
subscripts
])
y
<-
as.numeric
(
y
[
subscripts
])
list
(
ylim
=
range
(
y
,
uy
,
ly
,
finite
=
TRUE
))
}
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man/panel.cbH.Rd
0 → 100644
+
112
−
0
View file @
508c75a3
% Generated by roxygen2: do not edit by hand
% Please edit documentation in R/panel.cbH.R
\name{panel.cbH}
\alias{panel.cbH}
\alias{prepanel.cbH}
\title{Função para Intervalos e Bandas de Confiança com a Lattice}
\usage{
panel.cbH(x, y, ly, uy, subscripts, cty, col.line = plot.line$col,
lwd = plot.line$lwd, desloc = NULL, fill = 1, alpha = 0.1,
length = 0.05, ...)
prepanel.cbH(y, ly, uy, subscripts)
}
\arguments{
\item{x, subscripts, col.line, lwd, ...}{Argumentos passados para a
função \code{\link[lattice]{xyplot}}.}
\item{y}{Valor central ou estimativa pontual.}
\item{ly}{Limite inferior do intervalo/banda de confiança.}
\item{uy}{Limite superior do intervalo/banda de confiança.}
\item{cty}{Uma string que indica o tipo de representação. Atualmente
são aceitos os valores \code{"bars"} para intervalos de confiança
e \code{"bands"} para bandas de confiança.}
\item{desloc}{Um vetor númerico nos quais os valores representam
quantidades a somar/subtrair dos valores de \code{x} para não
sobrepor intervalos. Com esse argumento pode-se representar mais
de um intervalor por valor de \code{x}. Não é usado quando
\code{cty = "bands"}}
\item{fill}{Uma representação de cor para preencher o interior das
bandas de confiança. Não é usado quando \code{cty = "bars"}.}
\item{alpha}{Nível de transparência na cor de preenchimento das
bandas de confiança para permitir sobrepor bandas. O valor
default é 0.1. Não é usado quando \code{cty = "bars"}.}
\item{length}{Comprimento para as extremidades dos intervalos que
formam o "T". O valor default é 0.05. Não é usado quando
\code{cty = "bands"}.}
}
\value{
São usadas dentro de funções do pacote \pkg{lattice}.
}
\description{
Essa função permite representar intervalos de confiança
e bandas de confiança em gráficos do pacote lattice.
}
\examples{
library(lattice)
library(latticeExtra)
m0 <- lm(sqrt(dist) ~ speed, data = cars)
pred <- with(cars, data.frame(speed = seq(min(speed),
max(speed),
length.out = 20)))
aux <- predict(m0, newdata = pred, interval = "confidence")
pred <- cbind(pred, aux)
xyplot(sqrt(dist) ~ speed, data = cars) +
as.layer(xyplot(fit ~ speed, data = pred, type = "l",
ly = pred$lwr, uy = pred$upr, cty = "bands",
fill = "blue", alpha = 0.3,
prepanel = prepanel.cbH,
panel = panel.cbH))
m1 <- lm(weight ~ feed, data = chickwts)
pred <- with(chickwts, data.frame(feed = levels(feed)))
aux <- predict(m1, newdata = pred, interval = "confidence")
pred <- cbind(pred, aux)
xyplot(weight~feed, data=chickwts)+
as.layer(xyplot(fit ~ feed, data = pred,
ly = pred$lwr, uy = pred$upr,
cty = "bars",
prepanel = prepanel.cbH,
desloc = rep(0.15, length(pred$fit)),
panel = panel.cbH))
da <- expand.grid(trt = gl(2, 1), x = 1:7)
da$y <- with(da, as.integer(trt) + 0.5 * x + rnorm(x, 0, 0.4))
xyplot(y ~ x, groups = trt, data = da)
m2 <- lm(y ~ trt + x, data = da)
pred <- with(da, expand.grid(trt = levels(trt),
x = seq(min(x), max(x), length.out = 20)))
aux <- predict(m2, newdata = pred, interval = "confidence")
pred <- cbind(pred, aux)
xyplot(y ~ x, groups = trt, data = da) +
as.layer(xyplot(fit ~ x, groups = trt, data = pred, type = "l",
ly = pred$lwr, uy = pred$upr,
cty = "bands", alpha = 0.25,
prepanel = prepanel.cbH,
panel = panel.superpose,
panel.groups = panel.cbH))
}
\author{
Walmes Zeviani baseado na lista de discussão R-help.
Walmes Zeviani baseado na lista de discussão R-help.
}
\seealso{
\code{\link{prepanel.cbH}}.
}
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