cap03.Rmd

title: "Repositório Local"
author: "Gabriel Sartori"
date: "29/10/2015"
output:
  html_document:
    highlight: pygments
    theme: flatly
    keep_md: yes
if [ -d meu1repo ] # Script para verificação da pasta meurepo1, retorna pasta limpa.
then
    echo "Diretório existe. Então apagar pasta .git"
    cd meu1repo
    ls -a
    if [ -d .git ]
    then
        echo "Já existe projeto git aqui. Apagar."
        rm -rf .git/
        rm -rf *
    fi
else
    echo "Diretório não existe."
    mkdir meu1repo
fi

```{r, engine="sh"}
cd meu1repo ## Diretório de teste de comandos
## Padrão de instruções Git.
git <instrução> <complementos ...>
## Mostra as informações/definições do usuário.
git config --list
user.name=Knight Rider
user.email=batman@justiceleague.org
cd meu1repo/

## Inicia um repositório sob versionamento Git.
git init


```{r, engine ="bash", eval = FALSE}
tree -a
.
└── .git
    ├── branches
    ├── config
    ├── description
    ├── HEAD
    ├── hooks
    │   ├── applypatch-msg.sample
    │   ├── commit-msg.sample
    │   ├── post-update.sample
    │   ├── pre-applypatch.sample
    │   ├── pre-commit.sample
    │   ├── prepare-commit-msg.sample
    │   ├── pre-push.sample
    │   ├── pre-rebase.sample
    │   └── update.sample
    ├── info
    │   └── exclude
    ├── objects
    │   ├── info
    │   └── pack
    └── refs
        ├── heads
        └── tags

10 directories, 13 files

cd meu1repo

## Cria o arquivo README.txt com a linha - Meu primeiro repositório Git.
echo "Meu primeiro repositório Git" > README.txt

## Lista os arquivos do diretório.
tree
cd meu1repo

## Reconhecimento do Git sobre aquivo criado.
git status
cd meu1repo

## O primeiro `add` submete o arquivo ao versionamento.
git add README.txt
git status
cd meu1repo
git config user.name "Knight Rider"
git config user.email "batman@justiceleague.org"

## Registro de versão.
git commit -m "Cria arquivo com título"
git tag versao1
git status
# Podemos marcar uma tag com um commit
git tag -a versao2 -m "Versão 2 está pronta"

# Ver todas as tags
git tag

# Excluir tags
git tag -d versao1

# git mv antigo novo

git mv README LEIAME
git rm README
cd meu1repo

## Adiciona mais linhas ao README.txt
echo "
A filosofia do Linux é 'Ria na face do perigo'.
Ôpa. Errado. 'Faça você mesmo'. É, é essa.
                            -- Lunus Torvalds" >> README.txt

## Cria uma lista de pontos sobre o porquê de usar o Linux.
echo "Por que usar o Linux?

* É livre
* É seguro
* É customizavel" > porqueLinux.txt
cd meu1repo

## Mostra o conteúdo do arquivo.
less README.txt
cd meu1repo

## Mostra o conteúdo do arquivo.
less porqueLinux.txt
cd meu1repo

git status
cd meu1repo

## Mostra o histórico de commits.
git log
cd meu1repo

## Diferença nos arquivos versionados.
git diff
cd meu1repo

## Adiciona o arquivo ao processo de reastreamento.
git add porqueLinux.txt
git status
No ramo master
Changes not staged for commit:
  (utilize "git add <arquivo>..." para atualizar o que será submetido)
  (utilize "git checkout -- <arquivo>..." para descartar mudanças no diretório de trabalho)

	modificado: porqueLinux.txt

nenhuma modificação adicionada à submissão (utilize "git add" e/ou "git commit -a")

cd meu1repo

git log --oneline
cd meu1repo

git diff HEAD@{1}
cd meu1repo

git diff HEAD@{2} HEAD@{0}
cd meu1repo

git diff --name-only HEAD@{2} HEAD@{0}
cd meu1repo

echo "Por que usar o Linux?

* É livre
* É seguro
* É customizável
* Tem repositórios de software
* Atualização constante
* Desempenho" > porqueLinux.txt
cd meu1repo

## Depois de corrigir palavras e adicionar conteúdo.
git status

O Git sugere você aplicar *add* para preparar para *commit*. Caso as
modificações sejam um engano e não mais desejadas, você pode
desfazê-las, abandonar a correção/inclusão das palavras usando
`checkout`. Vamos aplicá-lo para ver como funciona.

```{r, engine="bash", echo=-c(1:2)}
cd meu1repo

## Palavras corrigidas e mais itens adicionados.
less porqueLinux.txt
cd meu1repo

## Abandona modificações feitas presentes no arquivo.
git checkout -- porqueLinux.txt
cd meu1repo

less porqueLinux.txt
cd meu1repo

## Depois de desfazer as modificações no porqueLinux.txt
git status
cd meu1repo

echo "Por que usar o Linux?

* É livre
* É seguro
* É customizável
* Tem repositórios de software
* Atualização constante
* Desempenho" > porqueLinux.txt
cd meu1repo

git status
cd meu1repo

## Modificações no diretório vs último commit.
git diff
cd meu1repo

## Último commit vs dois ancestrais, usando ~.
git diff HEAD~1 HEAD~0
cd meu1repo

## Último commit vs seu ancestral, usando @{}.
git diff HEAD@{1} HEAD@{0}
cd meu1repo

## Último commit vs dois ancestrais.
## git diff HEAD~2 HEAD~0
git diff HEAD@{2} HEAD@{0}
cd meu1repo

## Mostra referências para commits os ancentrais.
git reflog
cd meu1repo

## Adiciona e commita.
git add porqueLinux.txt
git commit -m "Novos argumentos."
cd meu1repo

## Mostra quem, onde e o que fez em cada arquivo.
git blame README.txt
cd meu1repo

## Lista ramos (all), locais e remotos.
## git branch    ## Só ramos locais
## git branch -r ## Só ramos remotos
git branch -a ## Todos os ramos.
cd meu1repo

## Cria um ramo para adição de conteúdo, novo segmento.
git branch feature01
cd meu1repo

## Novo ramo criado aparece.
git branch
cd meu1repo

## Muda o HEAD de ramo.
git checkout feature01
cd meu1repo

## Situação no novo ramo.
git status
cd meu1repo

## Histórico de commits.
git log --oneline
## Tenta ir para o diretório downloads, se não conseguir é porque não
## existe então cria um diretório download para então entrar nele.
if [ -d downloads ]
then
    echo "Diretório existe."
    cd downloads
else
    echo "Diretório não existe."
    mkdir downloads
    cd downloads
fi

## Se não existir o aquivo vif.R, então baixar da internet.
if [ ! -f vif.R ]
then
    echo "Arquivo vif.R não existe. Baixando..."
    wget 'http://people.ufpr.br/~giolo/CE071/Exemplos/vif.R'
else
    echo "Arquivo vif.R já existe."
fi

## Copiar o arquivo vif.R para o meu1repo (-v: verbose).
cp -v vif.R ../meu1repo/
cd meu1repo

## Baixando arquivo da internet. Uma função do R.
wget 'http://people.ufpr.br/~giolo/CE071/Exemplos/vif.R'
## Printa o seria o output da wget mas sem usar a wget para não
## encarecer a compilação. Insere o instante da compilação. Esconde
## também o IP da máquina com ???.??.???.??.

cat << EOF
--$(date +"%Y-%m-%d %H:%M:%S")--  http://people.ufpr.br/~giolo/CE071/Exemplos/vif.R
Resolving people.ufpr.br (people.ufpr.br)... ???.??.???.??, 2801:82:8020:0:8377:0:100:20
Connecting to people.ufpr.br (people.ufpr.br)|???.??.???.??|:80... connected.
HTTP request sent, awaiting response... 200 OK
Length: 560
Saving to: ‘vif.R’

     0K                                                       100% 44,0M=0s

$(date +"%Y-%m-%d %H:%M:%S") (44,0 MB/s) - ‘vif.R’ saved [560/560]
EOF
cd meu1repo

## Situação do repositório após o download.
git status
cd meu1repo

git add vif.R
git commit -m "Adiciona função R para VIF."
cd meu1repo

## Estrutura do diretório.
tree
cd meu1repo

## Histórico de commits.
git reflog
cd meu1repo

git status
cd meu1repo

## Volta para o ramo master.
git checkout master
cd meu1repo

## Estrutura do diretório.
tree
cd meu1repo

## Mostra todas as modificações, cada linha modificada de cada arquivo.
git diff master feature01
cd meu1repo

## Mostra só os arquivos modificados.
git diff --name-only master feature01
cd meu1repo

## Mesclando as modificações em feature01 no master.
git merge feature01 master
cd meu1repo

git log --oneline
cd meu1repo

## Referencias aos commits.
git reflog
cd meu1repo

## Volta para antes do arquivo de baixar o vif.R.
git checkout HEAD@{4}
cd meu1repo

## Qual a situação.
git status
cd meu1repo

## O histório existente nesse ponto.
git log --name-only --oneline
cd meu1repo

## Mostra o conteúdo do arquivo.
less porqueLinux.txt
cd meu1repo

## Mostra onde estamos.
git branch
cd meu1repo

## Volta para o presente.
git checkout master
cd meu1repo

git status
cd meu1repo

git log --oneline
cd meu1repo

## Fenda no tempo fechada. Sem sinal do detached HEAD.
git branch
cd meu1repo

## Sinal do passeio no tempo.
git reflog
cd meu1repo

## Volta no tempo, após commit que aumenta porqueLinux.txt.
git checkout HEAD@{6}
## Tenta ir para o diretório downloads, se não conseguir é porque não
## existe então cria um diretório download para então entrar nele.
if [ -d downloads ]
then
    echo "Diretório existe."
    cd downloads
else
    echo "Diretório não existe."
    mkdir downloads
    cd downloads
fi

## Se não existir o aquivo pimentel_racoes.txt, então baixar da internet.
if [ ! -f pimentel_racoes.txt ]
then
    echo "Arquivo pimentel_racoes.txt não existe. Baixando..."
    wget 'http://www.leg.ufpr.br/~walmes/data/pimentel_racoes.txt'
else
    echo "Arquivo pimentel_racoes.txt já existe."
fi

## Copiar o arquivo pimentel_racoes.txt para o meu1repo (-v: verbose).
cp -v pimentel_racoes.txt ../meu1repo/
cd meu1repo

## Baixa arquivo de dados da internet.
wget 'http://www.leg.ufpr.br/~walmes/data/pimentel_racoes.txt'
## Printa o seria o output da wget mas sem usar a wget para não
## encarecer a compilação. Insere o instante da compilação. Esconde
## também o IP da máquina com ???.??.???.??.

cat << EOF
--(date +"%Y-%m-%d %H:%M:%S")--  http://www.leg.ufpr.br/~walmes/data/pimentel_racoes.txt
Resolving www.leg.ufpr.br (www.leg.ufpr.br)... ???.??.???.??
Connecting to www.leg.ufpr.br (www.leg.ufpr.br)|???.??.???.??|:80... connected.
HTTP request sent, awaiting response... 200 OK
Length: 217 [text/plain]
Saving to: ‘pimentel_racoes.txt’

     0K                                                       100% 68,9M=0s

(date +"%Y-%m-%d %H:%M:%S") (68,9 MB/s) - ‘pimentel_racoes.txt’ saved [217/217]

‘pimentel_racoes.txt’ -> ‘../meu1repo/pimentel_racoes.txt’
EOF
cd meu1repo

git status
cd meu1repo

## Adiciona para registrar a inclusão do arquivo.
git add pimentel_racoes.txt
git commit -m "Adiciona aquivo de dados de experimento com rações."
cd meu1repo

git status
cd meu1repo

## Log num formato gráfico ASCII para mostrar o novo ramo.
git log --graph --oneline --decorate --date=relative --all
cd meu1repo

git branch
cd meu1repo

## Um novo ramo a partir do atual HEAD.
git checkout -b feature02
cd meu1repo

git branch
cd meu1repo

git log --graph --oneline --decorate --date=relative --all
cd meu1repo

git checkout feature01
## Tenta ir para o diretório downloads, se não conseguir é porque não
## existe então cria um diretório download para então entrar nele.
if [ -d downloads ]
then
    echo "Diretório existe."
    cd downloads
else
    echo "Diretório não existe."
    mkdir downloads
    cd downloads
fi

## Se não existir o aquivo brasilCopa2014.txt, então baixar da internet.
if [ ! -f brasilCopa2014.txt ]
then
    echo "Arquivo brasilCopa2014.txt não existe. Baixando..."
    wget 'http://www.leg.ufpr.br/~walmes/cursoR/geneticaEsalq/brasilCopa2014.txt'
else
    echo "Arquivo brasilCopa2014.txt já existe."
fi

## Copiar o arquivo brasilCopa2014.txt para o meu1repo (-v: verbose).
cp -v brasilCopa2014.txt ../meu1repo/
cd meu1repo

wget 'http://www.leg.ufpr.br/~walmes/cursoR/geneticaEsalq/brasilCopa2014.txt'
## Printa o seria o output da wget mas sem usar a wget para não
## encarecer a compilação. Insere o instante da compilação. Esconde
## também o IP da máquina com ???.??.???.??.

cat << EOF
--$(date +"%Y-%m-%d %H:%M:%S")--  http://www.leg.ufpr.br/~walmes/cursoR/geneticaEsalq/brasilCopa2014.txt
Resolving www.leg.ufpr.br (www.leg.ufpr.br)... ???.??.???.??
Connecting to www.leg.ufpr.br (www.leg.ufpr.br)|???.??.???.??|:80... connected.
HTTP request sent, awaiting response... 200 OK
Length: 1254 (1,2K) [text/plain]
Saving to: ‘brasilCopa2014.txt’

     0K .                                                     100% 69,6M=0s

$(date +"%Y-%m-%d %H:%M:%S") (69,6 MB/s) - ‘brasilCopa2014.txt’ saved [1254/1254]
EOF
cd meu1repo

git add brasilCopa2014.txt
git commit -m "Arquivo sobre copa 2014 celeção brasileira."
cd meu1repo

git log --graph --oneline --decorate --date=relative --all
cd meu1repo

## Volta para o master.
git checkout master
cd meu1repo

## Mescla o feature01.
git merge feature01 master
cd meu1repo

## Mescla o feature02.
git merge feature02 master
cd meu1repo

git log --graph --oneline --decorate --date=relative --all
cd meu1repo

tree
cd meu1repo

## Remove ramos.
git branch -d feature01
git branch -d feature02
git branch
cd meu1repo

git log --graph --oneline --decorate --date=relative --all
cd meu1repo

## Muda para um ramo criado na hora.
git checkout -b feature03
## Tenta ir para o diretório downloads, se não conseguir é porque não
## existe então cria um diretório download para então entrar nele.
if [ -d downloads ]
then
    echo "Diretório existe."
    cd downloads
else
    echo "Diretório não existe."
    mkdir downloads
    cd downloads
fi

## Se não existir o aquivo bib1.txt, então baixar da internet.
if [ ! -f bib1.txt ]
then
    echo "Arquivo bib1.txt não existe. Baixando..."
    wget 'http://www.leg.ufpr.br/~walmes/data/bib1.txt'
else
    echo "Arquivo bib1.txt já existe."
fi

## Copiar o arquivo bib1.txt para o meu1repo (-v: verbose).
cp -v bib1.txt ../meu1repo/
cd meu1repo

## Baixa o arquivo.
wget 'http://www.leg.ufpr.br/~walmes/data/bib1.txt'
## Printa o seria o output da wget mas sem usar a wget para não
## encarecer a compilação. Insere o instante da compilação. Esconde
## também o IP da máquina com ???.??.???.??.

cat << EOF
--$(date +"%Y-%m-%d %H:%M:%S")--  http://www.leg.ufpr.br/~walmes/data/bib1.txt
Resolving www.leg.ufpr.br (www.leg.ufpr.br)... ???.??.???.??
Connecting to www.leg.ufpr.br (www.leg.ufpr.br)|???.??.???.??|:80... connected.
HTTP request sent, awaiting response... 200 OK
Length: 535 [text/plain]
Saving to: ‘bib1.txt’

     0K                                                       100% 35,0M=0s

$(date +"%Y-%m-%d %H:%M:%S") (35,0 MB/s) - ‘bib1.txt’ saved [535/535]
EOF
cd meu1repo

## Mostra as 4 primeiras linhas.
head -4 bib1.txt
cd meu1repo

## Substitui o conteúdo da primeira linha pelos nomes truncados em 4
## dígidos e separados por tabulação. Etapa que você pode fazer no seu
## editor de texto.
sed -i "1s/.*/rept\tvari\tbloc\ty/" bib1.txt
head -4 bib1.txt
cd meu1repo

git add bib1.txt
git commit -m "Arquivo de experimento em BIB. Trunca cabeçalho 4 digitos."
cd meu1repo

git checkout master
## Copiar o arquivo bib1.txt para o meu1repo (-v: verbose).
cd downloads
cp -v bib1.txt ../meu1repo/
cd meu1repo

## Baixa o arquivo.
wget 'http://www.leg.ufpr.br/~walmes/data/bib1.txt'
cd meu1repo

## Substitui o conteúdo da primeira linha pelo mesmo em caixa alta. Faça
## isso no seu editor de texto de preferido.
sed -i '1s/.*/\U&/' bib1.txt
head -4 bib1.txt
cd meu1repo

git add bib1.txt
git commit -m "Arquivo de experimento em BIB. Cabeçalho em caixa alta."
cd meu1repo

git diff master feature03
cd meu1repo

git log --graph --oneline --decorate --date=relative --all
cd meu1repo

## Dá mensagem de erro que informa o conflito.
git merge feature03 master
x <- system("cd meu1repo && git merge feature03 master", intern=TRUE)
cat(paste(x, collapse="\n"))

cd meu1repo

git status
cd meu1repo

## `less` printa o conteúdo do arquivo mas `head` limita para 10 linhas.
less bib1.txt | head -10
cd meu1repo

sed -i '1,3d;5d' bib1.txt
sed -i '1s/.*/\U&/' bib1.txt
cd meu1repo

## Arquivo depois da edição que resolve o conflito.
head -6 bib1.txt
cd meu1repo

git status
cd meu1repo

git add bib1.txt
git commit -m "Resolve conflito, trunca com caixa alta."
cd meu1repo

git status
cd meu1repo

git log --graph --oneline --decorate --date=relative --all
cd meu1repo

git reflog