Adiciona exemplo de distância de matrizes.

scripts/ce089-04.R

@@ -82,6 +82,55 @@ r <- apply(Y, MARGIN = 1, FUN = cor, y = x)
 # P-valor do teste.
 sum(r >= r0)/length(r)
 
+#-----------------------------------------------------------------------
+
+# s <- scan()
+# dput(s)
+cont <- c("EA", "Afr", "Mada", "Ori", "Aus", "NZ", "SouAfr", "NorAm")
+s <- c(30, 14, 23, 30, -4, 2, -9, 50, 50, 40, 4, 9, -6, 54, 50, 11, 14,
+       5, 61, 3, -16, -16, 15, 11, 3, 14, -6, 36)/100
+sim <- matrix(NA,
+              ncol = length(cont),
+              nrow = length(cont),
+              dimnames = list(cont, cont))
+sim[lower.tri(sim)] <- x
+sim
+
+# j <- scan()
+# dput(j)
+j <- c(1, 2, 1, 2, 3, 2, 1, 1, 2, 3, 4, 3, 2, 3, 4, 5, 4, 3, 1, 2, 3, 2,
+       1, 4, 3, 5, 4, 1)
+jum <- sim
+jum[lower.tri(jum)] <- j
+jum
+
+# Correlação entre as distância (fere a suposição de independência).
+cor(s, j)
+
+# Empilha os valores de similaridade.
+simd <- do.call(expand.grid, dimnames(sim))
+simd$s <- c(sim)
+# simd <- na.omit(simd)
+simd
+
+# Troca os nomes de linhas e colunas.
+i <- sample(cont)
+colnames(jum) <- i
+rownames(jum) <- i
+
+# Empilha os valores de pulos.
+jumi <- do.call(expand.grid, dimnames(jum))
+jumi$j <- c(jum)
+# jumi <- na.omit(jumi)
+jumi
+
+# Junta as duas tabelas.
+da <- na.omit(merge(jumi, simd))
+cor(da$j, da$s)
+
+# Mantel Matrix Randomization Test.
+RSiteSearch("mantel randomization")
+
 #-----------------------------------------------------------------------
 # Índice de Moran para medir dependência espacial.