Merge remote-tracking branch 'origin'

scripts/ce089-04.R

@@ -62,6 +62,8 @@ fsim <- c(fsim, fobs)
 # P-valor do teste.
 sum(fsim >= fobs)/length(fsim)
 
+choose(12, 4) * choose(8, 4)
+
 #-----------------------------------------------------------------------
 # Teste de aleatorização para a correlação.
 
@@ -93,7 +95,7 @@ sim <- matrix(NA,
               ncol = length(cont),
               nrow = length(cont),
               dimnames = list(cont, cont))
-sim[lower.tri(sim)] <- x
+sim[lower.tri(sim)] <- s
 sim
 
 # j <- scan()
@@ -105,7 +107,7 @@ jum[lower.tri(jum)] <- j
 jum
 
 # Correlação entre as distância (fere a suposição de independência).
-cor(s, j)
+k <- cor(s, j)
 
 # Empilha os valores de similaridade.
 simd <- do.call(expand.grid, dimnames(sim))
@@ -113,24 +115,46 @@ simd$s <- c(sim)
 # simd <- na.omit(simd)
 simd
 
+K <- replicate(499, {
     # Troca os nomes de linhas e colunas.
     i <- sample(cont)
     colnames(jum) <- i
     rownames(jum) <- i
-
     # Empilha os valores de pulos.
     jumi <- do.call(expand.grid, dimnames(jum))
     jumi$j <- c(jum)
     # jumi <- na.omit(jumi)
-jumi
-
+    # jumi
     # Junta as duas tabelas.
     da <- na.omit(merge(jumi, simd))
     cor(da$j, da$s)
+})
+
+head(K)
+tail(K)
+
+K <- c(k, K)
+
+hist(K)
+abline(v = k, col = 2)
+
+plot(density(K))
 
 # Mantel Matrix Randomization Test.
 RSiteSearch("mantel randomization")
 
+jumd <- as.dist(jum)
+simd <- as.dist(sim)
+class(jumd)
+jumd
+
+library(ade4)
+
+mr <- mantel.randtest(jumd, simd, nrepet = 999)
+mr
+
+plot(mr)
+
 #-----------------------------------------------------------------------
 # Índice de Moran para medir dependência espacial.