Adiciona código da sessão exemplos do nematoide.

R/nematoide.R

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 #' O nome das cultivares, a espécie do nematóide e outras informações
 #'     não foram dadas para preservar a originalidade da Pesquisa.
 #' @examples
+#'
+#' m0 <- glm(nema ~ offset(log(off)) + cult,
+#'           data = nematoide,
+#'           family = poisson)
+#'
+#' # Diagnóstico.
+#' par(mfrow = c(2, 2))
+#' plot(m0); layout(1)
+#'
+#' # Estimativas dos parâmetros.
+#' summary(m0)
+#'
+#' # Quadro de deviance.
+#' anova(m0, test = "Chisq")
+#'
+#' library(bbmle)
+#'
+#' # Poisson Generalizada.
+#' m1 <- pgnz(formula(m0), data = nematoide)
+#'
+#' # Diferença de deviance.
+#' 2 * diff(c(logLik(m0), logLik(m1)))
+#'
+#' # Estimativas dos parâmetros.
+#' summary(m1)
+#'
+NULL

man/nematoide.Rd

+% Generated by roxygen2: do not edit by hand
+% Please edit documentation in R/nematoide.R
+\name{nematoide}
+\alias{nematoide}
+\title{Número de Nematóides em Raízes de Feijoeiro}
+\format{Um \code{data.frame} com 94 observações e 4 variáveis.
+
+\describe{
+
+\item{\code{cult}}{Fator categórico que indica a linhagem de
+    feijoeiro semeada em vasos com solo contaminado com nematóide.}
+
+\item{\code{mfr}}{Massa fresca de raízes (g) produzida por parcela
+    (duas plantas) que foi lavada, triturada, peneirada e diluída
+    para fazer a contagem dos nematóides.}
+
+\item{\code{vol}}{Volume (ml) usado para diluir a massa fresca de
+    raízes. Esse volume foi agitado para homogeneização e depois uma
+    alíquota de 1 ml foi extraída e colocada em uma lâmina de
+    contagem.}
+
+\item{\code{nema}}{Número de nematóides na alíquota de 1 ml,
+    determinado por contagem direta na lâmina.}
+
+\item{\code{off}}{É o offset da contagem, o equivalente em massa de
+    fresca de raízes de uma aliquota de 1 ml, ou seja, é
+    \code{off = mfr/vol}.}
+
+}}
+\source{
+Cedido para fins acadêmicos por Andressa Cristina Zamboni
+    Machado, pesquisadora do Instituto Agronômico do Paraná (IAPAR),
+    e pelo técnico agrícola do IAPAR Santino Aleandro da Silva.
+
+O nome das cultivares, a espécie do nematóide e outras informações
+    não foram dadas para preservar a originalidade da Pesquisa.
+}
+\description{
+Resultados de um experimento em casa de vegetação que
+    estudou a reprodução de nematóides em cultivares/linhagens de
+    feijoeiro. O solo dos vasos foi inicialmente contaminado com
+    namatóides e as parcelas tiveram duas plantas. Ao final do
+    experimento, as raízes das duas plantas por parcela foram
+    lavadas, trituradas, peneiradas e diluídas para fazer a contagem
+    dos nematóides em aliquotas dessa solução.
+}
+\examples{
+
+m0 <- glm(nema ~ offset(log(off)) + cult,
+          data = nematoide,
+          family = poisson)
+
+# Diagnóstico.
+par(mfrow = c(2, 2))
+plot(m0); layout(1)
+
+# Estimativas dos parâmetros.
+summary(m0)
+
+# Quadro de deviance.
+anova(m0, test = "Chisq")
+
+library(bbmle)
+
+# Poisson Generalizada.
+m1 <- pgnz(formula(m0), data = nematoide)
+
+# Diferença de deviance.
+2 * diff(c(logLik(m0), logLik(m1)))
+
+# Estimativas dos parâmetros.
+summary(m1)
+
+}
+