Merge branch 'devel' of gitlab.c3sl.ufpr.br:pet-estatistica/labestData into devel

R/PaulinoEx10.1.R

+#' @name PaulinoEx10.1
+#' @title Efeito da Radiação Gama na Formação de Múltiplos Micronúcleos
+#' @description Estudo em que o objetivo é avaliar o efeito da dose de
+#'     radiação gama (em centigrays) na formação de múltiplos
+#'     micronúcleos em células de indivíduos normais.
+#' @format Um \code{data.frame} com 8 observações e 3 variáveis, em que
+#'
+#' \describe{
+#'
+#' \item{\code{dose}}{Dose de radiação gama (cGy).}
+#'
+#' \item{\code{freq}}{Frequência de células com múltiplos micronúcleos.}
+#'
+#' \item{\code{total}}{Total de células examinadas.}
+#'
+#' }
+#' @keywords binomial
+#' @source PAULINO; SINGER (2006), Exercício 10.1, pág. 367.
+#' @examples
+#'
+#' data(PaulinoEx10.1)
+#'
+#' str(PaulinoEx10.1)
+#'
+#' barplot(PaulinoEx10.1$freq/PaulinoEx10.1$total,
+#'         col = "darkturquoise",
+#'         names.arg = PaulinoEx10.1$dose,
+#'         ylim = c(0, 0.20),
+#'         xlab = "Dose de radiação",
+#'         ylab = "Proporção de células com múltiplos micronúcleos",
+#'         las = 1)
+#'
+#'
+NULL
\ No newline at end of file

R/PaulinoEx10.6.R

+#' @name PaulinoEx10.6
+#' @title Hipertensão Arterial Medida Através da Sensibilidade ao Sal
+#' @description Em um estudo sobre hipertensão arterial, pacientes foram
+#'     avaliados quanto a sensibilidade ao sal através de um método
+#'     usual e um método experimental (utiliza a fludrocortizona como
+#'     agente potencializador da sensibilidade). Sob cada método, o
+#'     paciente foi classificado em uma de três categorias: sensível ao
+#'     sal, inconclusivo e insensível ao sal.
+#' @format Um \code{data.frame} com 18 observações e 4 variáveis, em que
+#'
+#' \describe{
+#'
+#' \item{\code{estudo}}{Estudo em que os indivíduos foram avaliados (1 ou 2).}
+#'
+#' \item{\code{usual}}{Avaliação segundo o método usual (insensível,
+#'     inconclusivo ou sensível ao sal).}
+#'
+#' \item{\code{exper}}{Avaliação segundo o método experimental
+#'     (insensível, inconclusivo ou sensível ao sal).}
+#'
+#' \item{\code{freq}}{Número de pacientes avaliados.}
+#'
+#' }
+#' @keywords TC dicotômica
+#' @source PAULINO; SINGER (2006), Exercício 10.6, pág. 368.
+#' @examples
+#'
+#' data(PaulinoEx10.6)
+#'
+#' str(PaulinoEx10.6)
+#'
+#' xt <- xtabs(freq ~ ., data = PaulinoEx10.6)
+#' ftable(xt)
+#'
+#' library(lattice)
+#'
+#' barchart(xt,
+#'          horizontal = FALSE,
+#'          beside = FALSE,
+#'          stack = FALSE,
+#'          auto.key = list(space = "top", columns = 3, cex.title = 1,
+#'                          rectangles = TRUE, points = FALSE,
+#'                          title = "Método experimental"),
+#'          xlab = "Estudo",
+#'          ylab = "Frequências",
+#'          strip = strip.custom(
+#'              strip.names = TRUE,
+#'              var.name = "método usual"))
+#'
+NULL
\ No newline at end of file

R/PaulinoTb10.4.R

+#' @name PaulinoTb10.4
+#' @title Suscetibilidade à Síndrome de Malária Cerebral
+#' @description Estudo de genética experimental cujo objetivo é mapear
+#'     a suscetibilidade à síndrome de malária cerebral (SMC) em
+#'     camundongos. Para a realização do estudo, foram considerados os
+#'     genótipos em dois loci, identificados como relevantes para o
+#'     fenótipo (doença) em causas em animais de progenia F2 resultantes
+#'     do retrocruzamento da progenia F1 (obtida por cruzamento entre
+#'     uma estripe suscetível (s) e outra resistente (r)) com os seus
+#'     progenitores da estripe suscetível.
+#' @format Um \code{data.frame} com 8 observações e 4 variáveis, em que
+#'
+#' \describe{
+#'
+#' \item{\code{locus1}}{Genótipos localizados no locus 1.}
+#'
+#' \item{\code{locus2}}{Genótipos no locus 2.}
+#'
+#' \item{\code{smc}}{Suscetibilidade ao SMC (suscetíveis ou resistentes).}
+#'
+#' \item{\code{freq}}{Número de camundongos.}
+#'
+#' }
+#' @keywords TC binomial
+#' @source PAULINO; SINGER (2006), Tabela 10.4, pág. 361.
+#' @examples
+#'
+#' data(PaulinoTb10.4)
+#'
+#' str(PaulinoTb10.4)
+#'
+#' xt <- xtabs(freq ~ ., data = PaulinoTb10.4)
+#' ftable(xt)
+#'
+#' library(lattice)
+#'
+#' barchart(freq ~ locus1 | locus2, groups = smc,
+#'          data = PaulinoTb10.4,
+#'          horizontal = FALSE,
+#'          beside = FALSE,
+#'          stack = FALSE,
+#'          auto.key = list(space = "top", columns = 2, cex.title = 1,
+#'                          rectangles = TRUE, points = FALSE,
+#'                          title = "SMC"),
+#'          xlab = "Locus1",
+#'          ylab = "Frequências",
+#'          ylim = c(0,45),
+#'          strip = strip.custom(
+#'              strip.names = TRUE,
+#'              var.name = "Locus2"))
+#'
+NULL
\ No newline at end of file

data-raw/PaulinoEx10.1.txt

+dose	freq	total
+0	1	2373
+20	6	2662
+50	25	1991
+100	47	2047
+200	82	2611
+300	207	2442
+400	254	2398
+500	285	1746

data-raw/PaulinoEx10.6.txt

+estudo	usual	exper	freq
+1	insensivel	insensivel	5
+1	insensivel	inconclusivo	2
+1	insensivel	sensivel	2
+1	inconclusivo	insensivel	1
+1	inconclusivo	inconclusivo	3
+1	inconclusivo	sensivel	1
+1	sensivel	insensivel	2
+1	sensivel	inconclusivo	2
+1	sensivel	sensivel	9
+2	insensivel	insensivel	3
+2	insensivel	inconclusivo	2
+2	insensivel	sensivel	2
+2	inconclusivo	insensivel	3
+2	inconclusivo	inconclusivo	5
+2	inconclusivo	sensivel	2
+2	sensivel	insensivel	5
+2	sensivel	inconclusivo	3
+2	sensivel	sensivel	8

data-raw/PaulinoTb10.4.txt

+locus1	locus2	smc	freq
+s1s1	s2s2	suscetiveis	35
+s1s1	s2s2	resistentes	10
+s1s1	s2r2	suscetiveis	25
+s1s1	s2r2	resistentes	23
+s1r1	s2s2	suscetiveis	27
+s1r1	s2s2	resistentes	21
+s1r1	s2r2	suscetiveis	9
+s1r1	s2r2	resistentes	40

man/PaulinoEx10.1.Rd

+% Generated by roxygen2: do not edit by hand
+% Please edit documentation in R/PaulinoEx10.1.R
+\name{PaulinoEx10.1}
+\alias{PaulinoEx10.1}
+\title{Efeito da Radiação Gama na Formação de Múltiplos Micronúcleos}
+\format{Um \code{data.frame} com 8 observações e 3 variáveis, em que
+
+\describe{
+
+\item{\code{dose}}{Dose de radiação gama (cGy).}
+
+\item{\code{freq}}{Frequência de células com múltiplos micronúcleos.}
+
+\item{\code{total}}{Total de células examinaddas.}
+
+}}
+\source{
+PAULINO; SINGER (2006), Exercício 10.1, pág. 367.
+}
+\description{
+Estudo em que o objetivo é avaliar o efeito da dose de
+    radiação gama (em centigrays) na formação de múltiplos
+    micronúcleos em células de indivíduos normais.
+}
+\examples{
+
+data(PaulinoEx10.1)
+
+str(PaulinoEx10.1)
+
+barplot(PaulinoEx10.1$freq,
+        col = "darkturquoise",
+        names.arg = PaulinoEx10.1$dose,
+        ylim = c(0, 300),
+        xlab = "Dose de radiação",
+        ylab = "Frequência")
+
+library(lattice)
+
+xyplot(freq/total ~ dose, data = PaulinoEx10.1,
+       xlab = "Dose de radiação",
+       ylab = "Proporção de células")
+
+}
+\keyword{binomial}
+

man/PaulinoEx10.6.Rd

+% Generated by roxygen2: do not edit by hand
+% Please edit documentation in R/PaulinoEx10.6.R
+\name{PaulinoEx10.6}
+\alias{PaulinoEx10.6}
+\title{Hipertensão Arterial Medida Através da Sensibilidade ao Sal}
+\format{Um \code{data.frame} com 18 observações e 4 variáveis, em que
+
+\describe{
+
+\item{\code{estudo}}{Paciente avaliado no estudo 1 ou 2.}
+
+\item{\code{usual}}{Avaliação segundo o método usual (insensível,
+    inconclusivo ou sensível ao sal).}
+
+\item{\code{exper}}{Avaliação segundo o método experimental
+    (insensível, inconclusivo ou sensível ao sal).}
+
+\item{\code{freq}}{Número de pacientes avaliados.}
+
+}}
+\source{
+PAULINO; SINGER (2006), Exercício 10.6, pág. 368.
+}
+\description{
+Em um estudo sobre hipertensão arterial, pacientes foram
+    avaliados quanto a sensibilidade ao sal através de um método
+    usual e um método experimental (utiliza a fludrocortizona como
+    agente potencializador da sensibilidade). Sob cada método, o
+    paciente foi classificado em uma das três categorias: sensível ao
+    sal, inconclusivo e insensível ao sal.
+}
+\examples{
+
+data(PaulinoEx10.6)
+
+str(PaulinoEx10.6)
+
+xt <- xtabs(freq ~ ., data = PaulinoEx10.6)
+ftable(xt)
+
+library(lattice)
+
+barchart(xt,
+         horizontal = FALSE,
+         beside = FALSE,
+         stack = FALSE,
+         auto.key = list(space = "top", columns = 3, cex.title = 1,
+                         rectangles = TRUE, points = FALSE,
+                         title = "Método experimental"),
+         xlab = "Estudo",
+         ylab = "Frequências",
+         strip = strip.custom(
+             strip.names = TRUE,
+             var.name = "método usual"))
+
+}
+\keyword{TC}
+\keyword{dicotômica}
+

man/PaulinoTb10.4.Rd

+% Generated by roxygen2: do not edit by hand
+% Please edit documentation in R/PaulinoTb10.4.R
+\name{PaulinoTb10.4}
+\alias{PaulinoTb10.4}
+\title{Suscetibilidade à Síndrome de Malária Celebral}
+\format{Um \code{data.frame} com 8 observações e 4 variáveis, em que
+
+\describe{
+
+\item{\code{locus1}}{Genótipos localizados no locus 1.}
+
+\item{\code{locus2}}{Genótipos no locus 2.}
+
+\item{\code{smc}}{Suscetibilidade ao SMC (suscetíveis, resistentes).}
+
+\item{\code{freq}}{Número de camundongos.}
+
+}}
+\source{
+PAULINO; SINGER (2006), Tabela 10.4, pág. 361.
+}
+\description{
+Estudo de genética experimental cujo objetivo é mapear
+    a suscetibilidade à síndrome de malária celebral (SMC) em
+    camundongos. Para a realização do estudo, foram considerados os
+    genótipos em dois loci, identificados como relevantes para o
+    fenótipo (doença) em causas em animais de progenia F2 resultantes
+    do retrocruzamento da progenia F1 (obtida por cruzamento entre
+    uma estripe suscetível (s) e outra resistente (r)) com os seus
+    progenitores da estripe suscetível.
+}
+\examples{
+
+data(PaulinoTb10.4)
+
+str(PaulinoTb10.4)
+
+xt <- xtabs(freq ~ ., data = PaulinoTb10.4)
+ftable(xt)
+
+library(lattice)
+
+barchart(freq ~ locus1 | locus2, groups = smc,
+         data = PaulinoTb10.4,
+         horizontal = FALSE,
+         beside = FALSE,
+         stack = FALSE,
+         auto.key = list(space = "top", columns = 2, cex.title = 1,
+                         rectangles = TRUE, points = FALSE,
+                         title = "SMC"),
+         xlab = "Locus1",
+         ylab = "Frequências",
+         strip = strip.custom(
+             strip.names = TRUE,
+             var.name = "Locus2"))
+
+}
+\keyword{TC}
+\keyword{binomial}
+